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- PDB-5msd: Structure of the A domain of carboxylic acid reductase (CAR) from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5msd
タイトルStructure of the A domain of carboxylic acid reductase (CAR) from Nocardia iowensis in complex with AMP and benzoic acid
要素Carboxylic acid reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / adenylation domain / carboxylic acid reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxylate reductase (NADP+) / aryl-aldehyde dehydrogenase (NADP+) activity / long-chain fatty acid-CoA ligase activity / 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / biosynthetic process / phosphopantetheine binding / NADP binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Carboxylic acid reductase / Thioester reductase-like domain / Fatty acyl-coenzyme A reductase, NAD-binding domain / Male sterility protein / ANL, N-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain ...Carboxylic acid reductase / Thioester reductase-like domain / Fatty acyl-coenzyme A reductase, NAD-binding domain / Male sterility protein / ANL, N-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / BENZOIC ACID / Carboxylic acid reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Nocardia iowensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Dunstan, M.S. / Leys, D.
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Structures of carboxylic acid reductase reveal domain dynamics underlying catalysis.
著者: Gahloth, D. / Dunstan, M.S. / Quaglia, D. / Klumbys, E. / Lockhart-Cairns, M.P. / Hill, A.M. / Derrington, S.R. / Scrutton, N.S. / Turner, N.J. / Leys, D.
履歴
登録2017年1月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.country / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.22017年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.32017年8月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.52024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carboxylic acid reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,9493
ポリマ－128,4801
非ポリマー4692
水10,629590
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1140 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area26490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.650, 54.499, 66.365
Angle α, β, γ (deg.)93.37, 97.68, 102.44
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Carboxylic acid reductase / CAR / ATP/NADPH-dependent carboxylic acid reductase / Aryl aldehyde oxidoreductase


分子量: 128479.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nocardia iowensis (バクテリア) / 遺伝子: car / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q6RKB1, 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる, carboxylate reductase (NADP+)
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 590 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Crystals of A domain CARni (30mg/ml) were obtained using the sitting-drop vapour-diffusion and grew within 7 days at 4 degrees in 0.12 M ethylene glycols 0.1 M Tris-Bicine pH 8.5 30% glycerol/PEG 4K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→29.061 Å / Num. obs: 63656 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 2.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 9.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MSC

5msc


解像度: 1.71→29.061 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 24.72
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2146 3195 5.02 %
Rwork0.1802 --
obs0.1818 63652 82.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.71→29.061 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4932 0 32 590 5554
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085062
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2016889
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6331875
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041788
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006907
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7096-1.73520.4206560.33631050X-RAY DIFFRACTION33
1.7352-1.76230.3456620.31931228X-RAY DIFFRACTION38
1.7623-1.79120.3935780.29281371X-RAY DIFFRACTION44
1.7912-1.8220.3082860.28241590X-RAY DIFFRACTION50
1.822-1.85520.30241060.261749X-RAY DIFFRACTION56
1.8552-1.89080.28131050.24882062X-RAY DIFFRACTION64
1.8908-1.92940.25981160.2372364X-RAY DIFFRACTION75
1.9294-1.97140.26381840.22262830X-RAY DIFFRACTION90
1.9714-2.01720.26241550.20672983X-RAY DIFFRACTION93
2.0172-2.06760.25021210.20963030X-RAY DIFFRACTION95
2.0676-2.12350.21831870.19983055X-RAY DIFFRACTION97
2.1235-2.1860.21261720.19623085X-RAY DIFFRACTION97
2.186-2.25650.25241670.19313100X-RAY DIFFRACTION97
2.2565-2.33720.21691650.18513037X-RAY DIFFRACTION97
2.3372-2.43070.21941770.1963068X-RAY DIFFRACTION97
2.4307-2.54120.22871740.193101X-RAY DIFFRACTION98
2.5412-2.67510.2241540.19093116X-RAY DIFFRACTION97
2.6751-2.84260.21621630.19493082X-RAY DIFFRACTION98
2.8426-3.06190.22691600.19273129X-RAY DIFFRACTION98
3.0619-3.36960.21761380.17663095X-RAY DIFFRACTION97
3.3696-3.85620.18781460.15563132X-RAY DIFFRACTION98
3.8562-4.85480.17071530.14053121X-RAY DIFFRACTION98
4.8548-29.06540.1921700.16063079X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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