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- PDB-5mrr: Crystal structure of L1 protease of Lysobacter sp. XL1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mrr
タイトルCrystal structure of L1 protease of Lysobacter sp. XL1
要素Lytic endopeptidase preproenzyme
キーワードHYDROLASE / Bacteriolytic protease L1 / Lysobacter sp. XL1 / Crystals
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Alpha-lytic protease prodomain / Streptogrisin prodomain / Peptidase S1A, alpha-lytic prodomain / Alpha-lytic protease prodomain / Peptidase S1A, streptogrisin / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold ...Alpha-lytic protease prodomain / Streptogrisin prodomain / Peptidase S1A, alpha-lytic prodomain / Alpha-lytic protease prodomain / Peptidase S1A, streptogrisin / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lytic endopeptidase preproenzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Lysobacter sp.
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Gabdulkhakov, A. / Tishchenko, S. / Lisov, A. / Leontievsky, A.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of L1 protease of Lysobacter sp. XL1
著者: Gabdulkhakov, A. / Tishchenko, S. / Lisov, A. / Leontievsky, A.
履歴
登録2016年12月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lytic endopeptidase preproenzyme
B: Lytic endopeptidase preproenzyme
C: Lytic endopeptidase preproenzyme
D: Lytic endopeptidase preproenzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,14830
ポリマ－79,3924
非ポリマー1,75626
水11,007611
1
A: Lytic endopeptidase preproenzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1787
ポリマ－19,8481
非ポリマー3306
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lytic endopeptidase preproenzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4539
ポリマ－19,8481
非ポリマー6058
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Lytic endopeptidase preproenzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3878
ポリマ－19,8481
非ポリマー5397
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Lytic endopeptidase preproenzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1306
ポリマ－19,8481
非ポリマー2825
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.710, 96.480, 118.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Lytic endopeptidase preproenzyme


分子量: 19848.051 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lysobacter sp. (strain XL1) (バクテリア)
遺伝子: alpA / プラスミド: pAproZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D2K8B3

-
非ポリマー , 6種, 637分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 611 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.23 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1,4M Lithium sulphate, 0,1M BisTris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→50 Å / Num. obs: 199062 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.98 % / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 1.25→1.34 Å / 冗長度: 4.98 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2alp

2alp


解像度: 1.35→19.985 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.97 / 位相誤差: 18.08
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1904 14854 4.89 %
Rwork0.157 --
obs0.1586 158793 98.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→19.985 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5560 0 92 611 6263
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066017
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8518198
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.4852150
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09903
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051099
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.35-1.36530.3144960.2719502X-RAY DIFFRACTION97
1.3653-1.38140.30145280.26569386X-RAY DIFFRACTION96
1.3814-1.39820.29735320.26039463X-RAY DIFFRACTION97
1.3982-1.41590.29244700.24079527X-RAY DIFFRACTION97
1.4159-1.43460.26645340.22849442X-RAY DIFFRACTION97
1.4346-1.45420.25214650.21459613X-RAY DIFFRACTION97
1.4542-1.4750.24295030.21019533X-RAY DIFFRACTION97
1.475-1.4970.23345020.20329573X-RAY DIFFRACTION98
1.497-1.52040.2414490.20289703X-RAY DIFFRACTION98
1.5204-1.54530.25064430.19229637X-RAY DIFFRACTION98
1.5453-1.57190.2254850.17939639X-RAY DIFFRACTION98
1.5719-1.60050.21185040.16859714X-RAY DIFFRACTION99
1.6005-1.63130.21345040.16399679X-RAY DIFFRACTION99
1.6313-1.66450.2165030.16369591X-RAY DIFFRACTION98
1.6645-1.70070.21774750.16229502X-RAY DIFFRACTION96
1.7007-1.74030.20144910.15849701X-RAY DIFFRACTION99
1.7403-1.78380.20115010.14689681X-RAY DIFFRACTION99
1.7838-1.8320.18145020.14239786X-RAY DIFFRACTION100
1.832-1.88580.17484770.13259751X-RAY DIFFRACTION99
1.8858-1.94660.16884880.13349781X-RAY DIFFRACTION100
1.9466-2.01620.17785180.13429731X-RAY DIFFRACTION100
2.0162-2.09680.17894560.12579851X-RAY DIFFRACTION100
2.0968-2.19210.16325300.13219679X-RAY DIFFRACTION99
2.1921-2.30750.1744970.13569649X-RAY DIFFRACTION98
2.3075-2.45190.19554830.149475X-RAY DIFFRACTION97
2.4519-2.64080.1795420.15019693X-RAY DIFFRACTION100
2.6408-2.90580.1864790.15329797X-RAY DIFFRACTION100
2.9058-3.32460.16675510.1559717X-RAY DIFFRACTION100
3.3246-4.18230.15634570.14289674X-RAY DIFFRACTION99
4.1823-19.98730.15084890.14639619X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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