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- PDB-5mre: Structure of the yeast mitochondrial ribosome - Class B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mre
タイトルStructure of the yeast mitochondrial ribosome - Class B
要素
  • (unknown protein sequence ...) x 2
  • 15S ribosomal RNA
  • 21S ribosomal RNA
  • bL17m
  • bL19m
  • bL21m
  • bL27m
  • bL28m
  • bL31m
  • bL32m
  • bL33m
  • bL34m
  • bL35m
  • bL36m
  • bL9m
  • bS16m
  • bS18m
  • bS1m
  • bS21m
  • bS6m
  • mL38
  • mL40
  • mL41
  • mL43
  • mL44
  • mL46
  • mL49
  • mL50
  • mL57
  • mL58
  • mL59
  • mL60
  • mL67
  • mS23
  • mS26
  • mS29
  • mS33
  • mS35
  • mS37
  • mS38
  • mS41
  • mS42
  • mS43
  • mS44
  • mS45
  • mS46
  • mS47
  • tRNA
  • uL13m
  • uL14m
  • uL15m
  • uL16m
  • uL22m
  • uL23m
  • uL24m
  • uL29m
  • uL2m
  • uL30m
  • uL3m
  • uL4m
  • uL5m
  • uL6m
  • uS10m
  • uS11m
  • uS12m
  • uS13m
  • uS14m
  • uS15m
  • uS17m
  • uS19m
  • uS2m
  • uS3m
  • uS4m
  • uS5m
  • uS7m
  • uS8m
  • uS9m
キーワードRIBOSOME / yeast / mitochondrial / saccharomyces cerevisiae
機能・相同性
機能・相同性情報


Branched-chain amino acid catabolism / positive regulation of mitochondrial DNA replication / 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase / 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase activity / mitochondrial translational initiation / valine catabolic process / mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / DNA strand exchange activity / mitochondrial genome maintenance / Mitochondrial protein degradation ...Branched-chain amino acid catabolism / positive regulation of mitochondrial DNA replication / 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase / 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase activity / mitochondrial translational initiation / valine catabolic process / mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / DNA strand exchange activity / mitochondrial genome maintenance / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial ribosome assembly / ribonuclease III activity / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial ribosome / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial translation / sporulation resulting in formation of a cellular spore / superoxide dismutase activity / RNA processing / cell redox homeostasis / mRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / double-stranded RNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / peroxisome / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit assembly / single-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / DNA recombination / cytosolic large ribosomal subunit / mitochondrial inner membrane / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / mRNA binding / regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
54S ribosomal protein L8, C-terminal / Ribosomal L27 protein, C-terminal / Ribosomal L27 protein C-terminal domain / 54S ribosomal protein L8 C-terminal domain / Large ribosomal subunit protein uL24m / Ribosomal protein VAR1 / Mitochondrial ribosomal protein (VAR1) / Ribosomal protein L31, mitochondrial / Ribosomal protein L20, mitochondrial / Mitochondrial homologous recombination protein 1 ...54S ribosomal protein L8, C-terminal / Ribosomal L27 protein, C-terminal / Ribosomal L27 protein C-terminal domain / 54S ribosomal protein L8 C-terminal domain / Large ribosomal subunit protein uL24m / Ribosomal protein VAR1 / Mitochondrial ribosomal protein (VAR1) / Ribosomal protein L31, mitochondrial / Ribosomal protein L20, mitochondrial / Mitochondrial homologous recombination protein 1 / 54S ribosomal protein L25 / 54S ribosomal protein L15, mitochondrial / MRPL25 domain / 54S ribosomal protein L28, mitochondrial / 54S ribosomal protein L3, double-stranded RNA binding domain / Mitochondrial ribosomal protein subunit L20 / Transcriptional regulation of mitochondrial recombination / Mitochondrial ribosomal protein mL59 / Mitochondrial ribosomal protein L31 / 54S ribosomal protein L36, yeast / : / : / : / Ribosomal protein L31p, N-terminal / Mitochondrial ribosomal protein MRP51, fungi / Mitochondrial ribosomal protein S25 / Ribosomal protein S24, mitochondrial / Ribosomal protein S23, mitochondrial, fungi / Mitochondrial ribosomal protein subunit / Mitochondrial ribosomal protein S25 / Ribosomal protein MRP10, mitochondrial / Ribosomal protein S35, mitochondrial / Eukaryotic mitochondrial regulator protein / IGR protein motif / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, HIBYL-CoA-H type / Enoyl-CoA hydratase/isomerase domain / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Protein Fyv4 / IGR protein motif / IGR / Ribonuclease-III-like / Ribonuclease III domain / : / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / Ribosomal protein S27/S33, mitochondrial / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal subunit S27 / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial, conserved domain / Mitochondrial ribosomal subunit protein / Ribosomal protein L28/L40, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L28 / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / : / Ribosomal protein L49/IMG2 / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial large subunit ribosomal protein (Img2) / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / Ribosomal protein L46, N-terminal / 39S mitochondrial ribosomal protein L46 / Ribosomal protein L50, mitochondria / Ribosomal protein L27/L41, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L27 / Ribosomal subunit 39S / 39S ribosomal protein L46, mitochondrial / : / 39S ribosomal protein L43/54S ribosomal protein L51 / Ribosomal protein L47, mitochondrial / MRP-L47 superfamily, mitochondrial / Mitochondrial 39-S ribosomal protein L47 (MRP-L47) / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Phosphatidylethanolamine-binding protein, eukaryotic / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain / PEBP-like superfamily / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / CHCH / CHCH domain / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L16 signature 1.
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL36m / Small ribosomal subunit protein mS37 / Small ribosomal subunit protein uS3m / Small ribosomal subunit protein mS43 / Small ribosomal subunit protein uS14m ...GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL36m / Small ribosomal subunit protein mS37 / Small ribosomal subunit protein uS3m / Small ribosomal subunit protein mS43 / Small ribosomal subunit protein uS14m / Small ribosomal subunit protein mS27 / Large ribosomal subunit protein bL27m / Large ribosomal subunit protein mL60 / Small ribosomal subunit protein mS26 / Large ribosomal subunit protein uL30m / Small ribosomal subunit protein uS15m / Large ribosomal subunit protein bL17m / Large ribosomal subunit protein mL58 / Large ribosomal subunit protein mL59 / Large ribosomal subunit protein bL32m / Large ribosomal subunit protein bL19m / Large ribosomal subunit protein mL49 / Small ribosomal subunit protein uS4m / Small ribosomal subunit protein bS6m / Small ribosomal subunit protein mS47 / Large ribosomal subunit protein uL3m / Small ribosomal subunit protein mS38 / Large ribosomal subunit protein uL23m / Large ribosomal subunit protein uL2m / Small ribosomal subunit protein uS2m / Large ribosomal subunit protein uL6m / Small ribosomal subunit protein uS5m / Large ribosomal subunit protein uL14m / Large ribosomal subunit protein mL44 / Large ribosomal subunit protein uL29m / Large ribosomal subunit protein uL5m / Large ribosomal subunit protein uL15m / Large ribosomal subunit protein mL57 / Large ribosomal subunit protein bL28m / Large ribosomal subunit protein mL41 / Large ribosomal subunit protein mL40 / Large ribosomal subunit protein mL46 / Large ribosomal subunit protein bL31m / Large ribosomal subunit protein bL33m / Large ribosomal subunit protein uL24m / Large ribosomal subunit protein uL16m / Small ribosomal subunit protein uS9m / Small ribosomal subunit protein bS21m / Small ribosomal subunit protein mS41 / Small ribosomal subunit protein bS18m / Small ribosomal subunit protein mS23 / Large ribosomal subunit protein bL21m / Small ribosomal subunit protein uS11m / Small ribosomal subunit protein mS42 / Small ribosomal subunit protein uS7m / Large ribosomal subunit protein uL4m / Small ribosomal subunit protein mS45 / Small ribosomal subunit protein mS33 / Large ribosomal subunit protein bL9m / Small ribosomal subunit protein uS12m / Small ribosomal subunit protein uS19m / Large ribosomal subunit protein uL22m / Large ribosomal subunit protein bL35m / Small ribosomal subunit protein uS13m / Small ribosomal subunit protein mS29 / Large ribosomal subunit protein mL50 / Small ribosomal subunit protein bS16m / Small ribosomal subunit protein bS1m / Small ribosomal subunit protein uS10m / Small ribosomal subunit protein uS17m / Small ribosomal subunit protein mS46 / Small ribosomal subunit protein uS8m / Small ribosomal subunit protein mS35 / Large ribosomal subunit protein bL34m / Large ribosomal subunit protein mL43 / Large ribosomal subunit protein mL67 / Large ribosomal subunit protein mL38 / Large ribosomal subunit protein uL13m
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.75 Å
データ登録者Desai, N. / Brown, A. / Amunts, A. / Ramakrishnan, V.
資金援助 英国, 5件
組織認可番号国
Wellcome TrustWT096570 英国
Wellcome Trust110301/Z/15/Z 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_U105184332 英国
Agouron Institute 英国
Louis-Jeantet Foundation 英国
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: The structure of the yeast mitochondrial ribosome.
著者: Nirupa Desai / Alan Brown / Alexey Amunts / V Ramakrishnan /
要旨: Mitochondria have specialized ribosomes (mitoribosomes) dedicated to the expression of the genetic information encoded by their genomes. Here, using electron cryomicroscopy, we have determined the ...Mitochondria have specialized ribosomes (mitoribosomes) dedicated to the expression of the genetic information encoded by their genomes. Here, using electron cryomicroscopy, we have determined the structure of the 75-component yeast mitoribosome to an overall resolution of 3.3 angstroms. The mitoribosomal small subunit has been built de novo and includes 15S ribosomal RNA (rRNA) and 34 proteins, including 14 without homologs in the evolutionarily related bacterial ribosome. Yeast-specific rRNA and protein elements, including the acquisition of a putatively active enzyme, give the mitoribosome a distinct architecture compared to the mammalian mitoribosome. At an expanded messenger RNA channel exit, there is a binding platform for translational activators that regulate translation in yeast but not mammalian mitochondria. The structure provides insights into the evolution and species-specific specialization of mitochondrial translation.
履歴
登録2016年12月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: em_image_scans / pdbx_struct_conn_angle
改定 1.22018年2月7日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / Item: _entity.pdbx_description
改定 1.32018年11月21日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3552
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 21S ribosomal RNA
B: uL2m
C: uL3m
D: uL4m
E: uL5m
F: uL6m
G: bL9m
H: uL13m
I: uL14m
J: uL15m
K: uL16m
L: bL17m
M: bL19m
N: bL21m
O: uL22m
P: uL23m
Q: uL24m
R: bL27m
S: bL28m
T: uL29m
U: uL30m
V: bL31m
W: bL32m
X: bL33m
Y: bL34m
Z: bL35m
0: bL36m
1: mL38
2: mL40
3: mL41
4: mL43
5: mL44
6: mL46
7: mL49
8: mL50
9: mL57
a: mL58
b: mL59
c: mL60
d: mL67
AA: bS1m
BB: uS2m
CC: uS3m
DD: uS4m
EE: uS5m
FF: bS6m
GG: uS7m
HH: uS8m
II: uS9m
JJ: uS10m
KK: uS11m
LL: uS12m
MM: uS13m
NN: uS14m
OO: uS15m
PP: bS16m
QQ: uS17m
RR: bS18m
SS: uS19m
TT: bS21m
UU: mS23
VV: mS26
WW: mS29
XX: mS33
YY: mS35
ZZ: mS37
11: mS38
22: mS41
33: mS42
44: mS43
55: mS44
66: mS45
77: mS46
88: mS47
aa: 15S ribosomal RNA
bb: tRNA
cc: unknown protein sequence 1
dd: unknown protein sequence 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,325,586381
ポリマ－3,317,72278
非ポリマー7,864303
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 Aaabb

#1: RNA鎖 21S ribosomal RNA


分子量: 1057789.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#75: RNA鎖 15S ribosomal RNA


分子量: 528784.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#76: RNA鎖 tRNA


分子量: 24422.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
タンパク質 , 70種, 70分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXZ123456...

#2: タンパク質 uL2m / 54S ribosomal protein RML2 / mitochondrial / L2


分子量: 43870.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32611
#3: タンパク質 uL3m / 54S ribosomal protein L9 / mitochondrial / YmL9


分子量: 27528.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P31334
#4: タンパク質 uL4m / 54S ribosomal protein YmL6 / mitochondrial


分子量: 28254.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P51998
#5: タンパク質 uL5m / 54S ribosomal protein L7 / mitochondrial / YmL5 / YmL7


分子量: 31014.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36519
#6: タンパク質 uL6m / 54S ribosomal protein L6 / mitochondrial / YmL16


分子量: 21690.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32904
#7: タンパク質 bL9m / 54S ribosomal protein L50 / mitochondrial


分子量: 8763.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53724
#8: タンパク質 uL13m / 54S ribosomal protein L23 / mitochondrial / YmL23


分子量: 18125.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12487
#9: タンパク質 uL14m / 54S ribosomal protein L38 / mitochondrial / YmL38


分子量: 14929.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P35996
#10: タンパク質 uL15m / 54S ribosomal protein L10 / mitochondrial / YmL10/YmL18


分子量: 24765.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36520
#11: タンパク質 uL16m / 54S ribosomal protein L16 / mitochondrial / YmL47


分子量: 22347.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38064
#12: タンパク質 bL17m / 54S ribosomal protein L8 / mitochondrial / YmL8


分子量: 26858.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P22353
#13: タンパク質 bL19m / 54S ribosomal protein IMG1 / mitochondrial / Integrity of mitochondrial genome protein 1 / PetCR46


分子量: 17179.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25626
#14: タンパク質 bL21m / 54S ribosomal protein L49 / mitochondrial / YmL49


分子量: 13507.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40858
#15: タンパク質 uL22m / 54S ribosomal protein L22 / mitochondrial


分子量: 25964.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53881
#16: タンパク質 uL23m / 54S ribosomal protein L41 / mitochondrial / YmL41


分子量: 24529.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32387
#17: タンパク質 uL24m / 54S ribosomal protein L40 / mitochondrial / YmL40


分子量: 33676.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36534
#18: タンパク質 bL27m / 54S ribosomal protein L2 / mitochondrial / YMR6 / YmL2


分子量: 39516.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P12687
#19: タンパク質 bL28m / 54S ribosomal protein L24 / mitochondrial / YmL14/YmL24


分子量: 25193.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36525
#20: タンパク質 uL29m / 54S ribosomal protein L4 / mitochondrial / YmL4


分子量: 26410.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36517
#21: タンパク質 uL30m / 54S ribosomal protein L33 / mitochondrial / YmL33


分子量: 9088.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20084
#22: タンパク質 bL31m / 54S ribosomal protein L36 / mitochondrial / YmL36


分子量: 20125.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36531
#23: タンパク質 bL32m / 54S ribosomal protein L32 / mitochondrial / YmL32


分子量: 13409.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25348
#24: タンパク質 bL33m / 54S ribosomal protein L39 / mitochondrial / YmL39


分子量: 7275.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36533
#26: タンパク質 bL35m / Putative mitochondrial ribosomal protein YNL122C


分子量: 7206.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53921
#28: タンパク質 mL38 / 54S ribosomal protein L35 / mitochondrial / YmL35


分子量: 40703.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q06678
#29: タンパク質 mL40 / 54S ribosomal protein L28 / mitochondrial / YmL28


分子量: 13464.595 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36527
#30: タンパク質 mL41 / 54S ribosomal protein L27 / mitochondrial / YmL27


分子量: 14841.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36526
#31: タンパク質 mL43 / 54S ribosomal protein L51 / mitochondrial


分子量: 15909.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q06090
#32: タンパク質 mL44 / 54S ribosomal protein L3 / mitochondrial / YmL3


分子量: 36326.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36516
#33: タンパク質 mL46 / 54S ribosomal protein L17 / mitochondrial / YmL17/YmL30


分子量: 32261.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36528
#34: タンパク質 mL49 / 54S ribosomal protein IMG2 / mitochondrial / Integrity of mitochondrial genome protein 2


分子量: 12182.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25642
#35: タンパク質 mL50 / 54S ribosomal protein L13 / mitochondrial / YmL13


分子量: 30317.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02204
#36: タンパク質 mL57 / 54S ribosomal protein L15 / mitochondrial / YmL15


分子量: 23816.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36523
#37: タンパク質 mL58 / 54S ribosomal protein L20 / mitochondrial / YmL20


分子量: 20507.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P22354
#38: タンパク質 mL59 / 54S ribosomal protein L25 / mitochondrial / YmL25


分子量: 18408.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P23369
#39: タンパク質 mL60 / 54S ribosomal protein L31 / mitochondrial / YmL31


分子量: 14277.905 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P14063
#40: タンパク質 mL67 / Mitochondrial homologous recombination protein 1 / Cross-linked transcription component 1


分子量: 25712.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q06630
#41: タンパク質 bS1m / 37S ribosomal protein MRP51 / mitochondrial


分子量: 39507.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02950
#42: タンパク質 uS2m / 37S ribosomal protein MRP4 / mitochondrial


分子量: 29585.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32902
#43: タンパク質 uS3m / Ribosomal protein VAR1 / mitochondrial


分子量: 47170.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P02381
#44: タンパク質 uS4m / 37S ribosomal protein NAM9 / mitochondrial / Nuclear accommodation of mitochondria protein 9


分子量: 56450.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P27929
#45: タンパク質 uS5m / 37S ribosomal protein S5 / mitochondrial


分子量: 33240.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P33759
#46: タンパク質 bS6m / 37S ribosomal protein MRP17 / mitochondrial / YmS16


分子量: 14310.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P28778
#47: タンパク質 uS7m / 37S ribosomal protein S7 / mitochondrial


分子量: 18271.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P47150
#48: タンパク質 uS8m / 37S ribosomal protein S8 / mitochondrial


分子量: 17365.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03799
#49: タンパク質 uS9m / 37S ribosomal protein S9 / mitochondrial


分子量: 27960.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38120
#50: タンパク質 uS10m / 37S ribosomal protein S10 / mitochondrial


分子量: 21395.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03201
#51: タンパク質 uS11m / 37S ribosomal protein S18 / mitochondrial / YmS18


分子量: 16716.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P42847
#52: タンパク質 uS12m / 37S ribosomal protein S12 / mitochondrial


分子量: 13552.800 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53732
#53: タンパク質 uS13m / 37S ribosomal protein SWS2 / mitochondrial / Sick without securin protein 2


分子量: 13474.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53937
#54: タンパク質 uS14m / 37S ribosomal protein MRP2 / mitochondrial


分子量: 13563.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P10663
#55: タンパク質 uS15m / 37S ribosomal protein S28 / mitochondrial


分子量: 29522.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P21771
#56: タンパク質 bS16m / 37S ribosomal protein S16 / mitochondrial


分子量: 13402.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02608
#57: タンパク質 uS17m / 37S ribosomal protein S17 / mitochondrial


分子量: 27683.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03246
#58: タンパク質 bS18m / 37S ribosomal protein RSM18 / mitochondrial


分子量: 11447.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40033
#59: タンパク質 uS19m / 37S ribosomal protein S19 / mitochondrial


分子量: 9037.476 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53733
#60: タンパク質 bS21m / 37S ribosomal protein MRP21 / mitochondrial


分子量: 10872.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38175
#61: タンパク質 mS23 / 37S ribosomal protein S25 / mitochondrial


分子量: 27101.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40496
#62: タンパク質 mS26 / 37S ribosomal protein PET123 / mitochondrial


分子量: 26737.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P17558
#63: タンパク質 mS29 / 37S ribosomal protein S23 / mitochondrial / DAP-3


分子量: 45650.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q01163
#64: タンパク質 mS33 / Mitochondrial 37S ribosomal protein S27


分子量: 11030.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53305
#65: タンパク質 mS35 / 37S ribosomal protein S24 / mitochondrial / Mitochondrial ribosomal small subunit protein 24


分子量: 32334.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03976
#66: タンパク質 mS37 / 37S ribosomal protein MRP10 / mitochondrial / YmS-T


分子量: 10305.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: O75012
#68: タンパク質 mS41 / Protein FYV4 / mitochondrial / Function required for yeast viability protein 4


分子量: 11796.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38783
#69: タンパク質 mS42 / 37S ribosomal protein S26 / mitochondrial


分子量: 29036.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P47141
#70: タンパク質 mS43 / 37S ribosomal protein MRP1 / mitochondrial


分子量: 36775.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P10662
#71: タンパク質 mS44 / 37S ribosomal protein MRP13 / mitochondrial / YmS-A


分子量: 39045.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P12686
#72: タンパク質 mS45 / 37S ribosomal protein S35 / mitochondrial


分子量: 36763.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53292
#73: タンパク質 mS46 / 37S ribosomal protein RSM28 / mitochondrial


分子量: 18897.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03430
#74: タンパク質 mS47 / 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase / mitochondrial / 3-hydroxyisobutyryl-coenzyme A hydrolase / HIBYL-CoA-H


分子量: 51367.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P28817, 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase

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タンパク質・ペプチド , 3種, 3分子 Y011

#25: タンパク質・ペプチド bL34m / 54S ribosomal protein L34 / mitochondrial / L34mt


分子量: 5465.526 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q04598
#27: タンパク質・ペプチド bL36m / 54S ribosomal protein RTC6 / mitochondrial / Restriction of telomere capping protein 6 / ...54S ribosomal protein RTC6 / mitochondrial / Restriction of telomere capping protein 6 / Translation associated element 4


分子量: 4653.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: O14464
#67: タンパク質・ペプチド mS38 / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24


分子量: 4383.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32344

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Unknown protein sequence ... , 2種, 2分子 ccdd

#77: タンパク質 unknown protein sequence 1


分子量: 8017.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#78: タンパク質 unknown protein sequence 2


分子量: 12868.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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非ポリマー , 4種, 303分子

#79: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#80: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#81: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#82: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: yeast mitochondrial ribosome - Class B / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#78 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 23.5 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4RELION1.4CTF補正
10RELION1.4初期オイラー角割当
11RELION1.4最終オイラー角割当
12RELION1.4分類
13RELION1.4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 55448 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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