[日本語] English
万見
- PDB-5mra: human SCBD (sorcin calcium binding domain) in complex with doxorubicin -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mra
タイトルhuman SCBD (sorcin calcium binding domain) in complex with doxorubicin
要素Sorcin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Sorcin (soluble resistance-related calcium binding protein)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of relaxation of muscle / regulation of cell communication by electrical coupling / negative regulation of cardiac muscle contraction / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / regulation of cardiac muscle cell contraction / Sodium/Calcium exchangers / Reduction of cytosolic Ca++ levels / negative regulation of heart rate / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / Ion transport by P-type ATPases ...regulation of relaxation of muscle / regulation of cell communication by electrical coupling / negative regulation of cardiac muscle contraction / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / regulation of cardiac muscle cell contraction / Sodium/Calcium exchangers / Reduction of cytosolic Ca++ levels / negative regulation of heart rate / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / Ion transport by P-type ATPases / regulation of calcium ion transport / transcription regulator inhibitor activity / Ion homeostasis / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / T-tubule / sarcoplasmic reticulum membrane / protein sequestering activity / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / sarcoplasmic reticulum / calcium channel regulator activity / Stimuli-sensing channels / Z disc / calcium ion transport / protease binding / DNA-binding transcription factor binding / transmembrane transporter binding / protein heterodimerization activity / signaling receptor binding / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EF-hand domain / EF-hand domain pair / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain ...EF-hand domain / EF-hand domain pair / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DOXORUBICIN / Sorcin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.74 Å
データ登録者Ilari, A. / Fiorillo, A. / Colotti, G. / Genovese, I.
引用ジャーナル: Cell Death Dis / 年: 2017
タイトル: Binding of doxorubicin to Sorcin impairs cell death and increases drug resistance in cancer cells.
著者: Genovese, I. / Fiorillo, A. / Ilari, A. / Masciarelli, S. / Fazi, F. / Colotti, G.
履歴
登録2016年12月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sorcin
B: Sorcin
C: Sorcin
D: Sorcin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,25816
ポリマ－75,3934
非ポリマー86512
水181
1
A: Sorcin
B: Sorcin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4409
ポリマ－37,6972
非ポリマー7437
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4880 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area15960 Å2
手法PISA
2
C: Sorcin
D: Sorcin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8187
ポリマ－37,6972
非ポリマー1225
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4340 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area16370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.229, 104.831, 113.273
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Sorcin / 22 kDa protein / CP-22 / CP22 / V19


分子量: 18848.330 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SRI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30626
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-DM2 / DOXORUBICIN / ADRIAMYCIN / ドキソルビシン


分子量: 543.519 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H29NO11 / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.13 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris pH=7, NaCl 2.5 M

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.74→76.94 Å / Num. obs: 11800 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.53 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 11.81
反射 シェル解像度: 3.74→3.96 Å / 冗長度: 6.47 % / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / CC1/2: 0.561 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UPG

4upg


解像度: 3.74→76.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU ML: 0.6 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.7 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28501 569 4.8 %RANDOM
Rwork0.19185 ---
obs0.19623 11193 99.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 177.223 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.39 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.22 Å20 Å2
3---8.61 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.74→76.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5226 0 53 1 5280
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.025376
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024910
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3241.9547277
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.001311241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.9885664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.36223.955268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.69915872
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0641541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2784
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026242
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021327
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it9.83717.7752668
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other9.83417.7742667
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it15.74626.6283328
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other15.74326.6293329
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.50118.2492708
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other8.518.2522709
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other14.18427.2073950
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined21.046492
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other21.0386493
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.74→3.833 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 46 -
Rwork0.35 765 -
obs--94.52 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る