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- PDB-5mr7: Crystal structure of the DBD domain of human Grhl2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mr7
タイトルCrystal structure of the DBD domain of human Grhl2
要素Grainyhead-like protein 2 homolog
キーワードTRANSCRIPTION / transcription factor / DNA-binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelium migration / epithelial cell morphogenesis involved in placental branching / lung lobe morphogenesis / cardiac ventricle morphogenesis / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / lung epithelial cell differentiation / anterior neural tube closure / epithelial cell morphogenesis / bicellular tight junction assembly / embryonic cranial skeleton morphogenesis ...epithelium migration / epithelial cell morphogenesis involved in placental branching / lung lobe morphogenesis / cardiac ventricle morphogenesis / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / lung epithelial cell differentiation / anterior neural tube closure / epithelial cell morphogenesis / bicellular tight junction assembly / embryonic cranial skeleton morphogenesis / cell junction assembly / camera-type eye development / neural tube development / DNA-binding transcription activator activity / embryonic digit morphogenesis / face development / : / keratinocyte differentiation / neural tube closure / brain development / multicellular organism growth / chromatin DNA binding / cell-cell junction / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / cell adhesion / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus
類似検索 - 分子機能
CP2 transcription factor / : / CP2 transcription factor / Grh/CP2 DNA-binding (DB) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Grainyhead-like protein 2 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Schuetz, A. / Ming, Q. / Roske, Y. / Heinemann, U.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Structural basis of gene regulation by the Grainyhead/CP2 transcription factor family.
著者: Ming, Q. / Roske, Y. / Schuetz, A. / Walentin, K. / Ibraimi, I. / Schmidt-Ott, K.M. / Heinemann, U.
履歴
登録2016年12月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Grainyhead-like protein 2 homolog
B: Grainyhead-like protein 2 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8742
ポリマ－63,8742
非ポリマー00
水81145
1
A: Grainyhead-like protein 2 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9371
ポリマ－31,9371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Grainyhead-like protein 2 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9371
ポリマ－31,9371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.193, 48.274, 101.304
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Grainyhead-like protein 2 homolog / Brother of mammalian grainyhead / Transcription factor CP2-like 3


分子量: 31936.902 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 217-492 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRHL2, BOM, TFCP2L3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6ISB3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.17 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: reservoir with 21% PEG 3350, 0.2 M sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.497→43.37 Å / Num. obs: 17882 / % possible obs: 99.03 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 57.09 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1049 / Net I/σ(I): 11.01
反射 シェル解像度: 2.497→2.586 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.9103 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 1757 / % possible all: 97.61

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MPH

5mph


解像度: 2.5→43.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU R Cruickshank DPI: 0.399 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.381 / SU Rfree Blow DPI: 0.235 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.241
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 892 5 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.198 17837 99.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 89.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0384 Å20 Å2-11.4044 Å2
2--1.2728 Å20 Å2
3----1.2344 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.42 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→43.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3194 0 0 45 3239
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013264HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.14399HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1150SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes87HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes455HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3264HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.6
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion431SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3551SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2411 141 4.99 %
Rwork0.2156 2686 -
all0.2169 2827 -
obs--99.09 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2087-0.6345-2.92633.19731.38783.9552-0.23010.3173-0.3702-0.0977-0.38360.34470.3393-0.5890.61370.4039-0.05590.6091-0.532-0.0756-0.121713.5991-18.48448.1617
23.1728-0.1909-3.22593.20880.76684.5124-0.0245-0.0671-0.08010.15030.008-0.0321-0.02820.14490.01650.4395-0.05660.6678-0.6248-0.0421-0.13841.3797-1.486138.5396
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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