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万見
- PDB-5mr4: Ligand-receptor complex. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mr4
タイトルLigand-receptor complex.
要素
  • GDNF family receptor alpha-2GFRα
  • Neurturin
キーワードSIGNALING PROTEIN / Complex / Signalling / Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


glial cell-derived neurotrophic factor receptor activity / glial cell-derived neurotrophic factor receptor binding / glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / nerve development / heparan sulfate binding / NCAM1 interactions / 神経堤 / extrinsic component of membrane / RET signaling / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway ...glial cell-derived neurotrophic factor receptor activity / glial cell-derived neurotrophic factor receptor binding / glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / nerve development / heparan sulfate binding / NCAM1 interactions / 神経堤 / extrinsic component of membrane / RET signaling / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / growth factor activity / receptor tyrosine kinase binding / neuron projection development / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / nervous system development / RAF/MAP kinase cascade / receptor complex / external side of plasma membrane / 神経繊維 / signaling receptor binding / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor alpha 2 / Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor, alpha 1/2 / Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor / GDNF receptor alpha / Glial cell line-derived neurotrophic factor family / GDNF/GAS1 / GDNF/GAS1 domain / GDNF/GAS1 domain / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain ...Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor alpha 2 / Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor, alpha 1/2 / Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor / GDNF receptor alpha / Glial cell line-derived neurotrophic factor family / GDNF/GAS1 / GDNF/GAS1 domain / GDNF/GAS1 domain / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / リボン / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ギ酸 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / GDNF family receptor alpha-2 / Neurturin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Sandmark, J. / Oster, L. / Aagaard, A. / Roth, R.G. / Dahl, G.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structure and biophysical characterization of the human full-length neurturin-GFRa2 complex: A role for heparan sulfate in signaling.
著者: Sandmark, J. / Dahl, G. / Oster, L. / Xu, B. / Johansson, P. / Akerud, T. / Aagaard, A. / Davidsson, P. / Bigalke, J.M. / Winzell, M.S. / Rainey, G.J. / Roth, R.G.
履歴
登録2016年12月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neurturin
B: Neurturin
C: GDNF family receptor alpha-2
D: GDNF family receptor alpha-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,5228
ポリマ－125,2784
非ポリマー2444
水6,359353
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8270 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area38870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.810, 125.811, 82.722
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.93, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Neurturin /


分子量: 11706.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NRTN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99748
#2: タンパク質 GDNF family receptor alpha-2 / GFRα / GFR-alpha-2 / GDNF receptor beta / GDNFR-beta / Neurturin receptor alpha / NTNR-alpha / RET ligand ...GFR-alpha-2 / GDNF receptor beta / GDNFR-beta / Neurturin receptor alpha / NTNR-alpha / RET ligand 2 / TGF-beta-related neurotrophic factor receptor 2


分子量: 50932.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GFRA2, GDNFRB, RETL2, TRNR2
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: O00451
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸 / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 8% Tacsimate, 8% PEG MME 5000 and 0.1 M HEPES pH 7.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.985 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.985 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→55.8 Å / Num. obs: 60705 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / Rmerge(I) obs: 0.75

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MR5, 5MR9

5mr5

5mr9


解像度: 2.4→49.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 5.537 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.215 / ESU R Free: 0.18 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22002 3073 5.1 %RANDOM
Rwork0.19503 ---
obs0.19633 57605 99.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 54.043 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å2-0 Å2-0.01 Å2
2--0.02 Å2-0 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→49.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6079 0 16 353 6448
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0196229
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.025722
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3871.9598398
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97313131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0515756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.24522.26323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.139151070
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2451586
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2879
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0217106
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021536
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3565.0493054
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.3575.0493055
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.1717.5443800
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.1727.5463801
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6725.653175
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.6525.6523169
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.3418.2264599
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.4339.1727085
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.44339.1097041
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 206 -
Rwork0.362 4265 -
obs--99.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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