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万見
- PDB-5mqw: High-speed fixed-target serial virus crystallography -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mqw
タイトルHigh-speed fixed-target serial virus crystallography
要素Polyhedrin
キーワードVIRAL PROTEIN / cypovirus polyhedrin / CPV18
機能・相同性Cypovirus polyhedrin, Cypovirus 1 type / Cypovirus polyhedrin protein / ATP binding / metal ion binding / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Polyhedrin
機能・相同性情報
生物種Operophtera brumata cypovirus 18 (ウイルス)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Roedig, P. / Ginn, H.M. / Pakendorf, T. / Sutton, G. / Harlos, K. / Walter, T.S. / Meyer, J. / Fischer, P. / Duman, R. / Vartiainen, I. ...Roedig, P. / Ginn, H.M. / Pakendorf, T. / Sutton, G. / Harlos, K. / Walter, T.S. / Meyer, J. / Fischer, P. / Duman, R. / Vartiainen, I. / Reime, B. / Warmer, M. / Brewster, A.S. / Young, I.D. / Michels-Clark, T. / Sauter, N.K. / Sikorsky, M. / Nelson, S. / Damiani, D.S. / Alonso-Mori, R. / Ren, J. / Fry, E.E. / David, C. / Stuart, D.I. / Wagner, A. / Meents, A.
引用ジャーナル: Nat. Methods / 年: 2017
タイトル: High-speed fixed-target serial virus crystallography.
著者: Roedig, P. / Ginn, H.M. / Pakendorf, T. / Sutton, G. / Harlos, K. / Walter, T.S. / Meyer, J. / Fischer, P. / Duman, R. / Vartiainen, I. / Reime, B. / Warmer, M. / Brewster, A.S. / Young, I.D. ...著者: Roedig, P. / Ginn, H.M. / Pakendorf, T. / Sutton, G. / Harlos, K. / Walter, T.S. / Meyer, J. / Fischer, P. / Duman, R. / Vartiainen, I. / Reime, B. / Warmer, M. / Brewster, A.S. / Young, I.D. / Michels-Clark, T. / Sauter, N.K. / Kotecha, A. / Kelly, J. / Rowlands, D.J. / Sikorsky, M. / Nelson, S. / Damiani, D.S. / Alonso-Mori, R. / Ren, J. / Fry, E.E. / David, C. / Stuart, D.I. / Wagner, A. / Meents, A.
履歴
登録2016年12月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32018年1月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42018年11月14日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn / Item: _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment
改定 1.52024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyhedrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3915
ポリマ－28,3011
非ポリマー1,0904
水4,342241
1
A: Polyhedrin
ヘテロ分子

A: Polyhedrin
ヘテロ分子

A: Polyhedrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,17415
ポリマ－84,9043
非ポリマー3,27012
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_766-z+2,-x+1,y+11
crystal symmetry operation10_647-y+1,z-1,-x+21
Buried area13400 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area34790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.800, 102.800, 102.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-405-

HOH

21A-614-

HOH

31A-625-

HOH

41A-640-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Polyhedrin


分子量: 28301.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Operophtera brumata cypovirus 18 (ウイルス)
発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q30C70

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非ポリマー , 5種, 245分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 301 K / 手法: in cell / pH: 7.5 / 詳細: Crystals grew within insect cell, incubated at 301K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: XPP / 波長: 1.301 Å
検出器タイプ: CS-PAD XPP / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.301 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 7231 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 113.9 % / CC1/2: 0.993 / R split: 0.092 / Rpim(I) all: 0.019 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 24.9 % / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / CC1/2: 0.908 / R split: 0.3 / Rpim(I) all: 0.045 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1-2155_9999: ???)精密化
cctbx.xfelデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OTS

4ots


解像度: 2.4→29.676 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.49 / 位相誤差: 13.09
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1461 358 4.96 %
Rwork0.1121 --
obs0.1138 7225 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.676 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2001 0 65 241 2307
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032124
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7432901
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8941240
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05291
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004373
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4005-2.74760.19311220.14262252X-RAY DIFFRACTION100
2.7476-3.46080.15661150.10962273X-RAY DIFFRACTION100
3.4608-29.67810.11851210.10012342X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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