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万見
- PDB-5mqh: Structure of the Phosphatase Domain of the Cell Fate Determinant ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mqh
タイトルStructure of the Phosphatase Domain of the Cell Fate Determinant SpoIIE from Bacillus subtilis in a crystal form without domain swapping
要素Serine phosphatase
キーワードTRANSFERASE / Sporulation / Phosphatase / PP2C / Manganese
機能・相同性
機能・相同性情報


endospore-forming forespore / myosin phosphatase activity / sporulation resulting in formation of a cellular spore / protein-serine/threonine phosphatase / phosphatase activity / membrane => GO:0016020 / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Stage II sporulation protein E / Stage II sporulation protein E, N-terminal / Stage II sporulation protein E N-terminal / Stage II sporulation protein E (SpoIIE) / Sigma factor PP2C-like phosphatases / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine phosphatase / Stage II sporulation protein E
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Levdikov, V.M. / Wilkinson, A.J. / Blagova, E.V.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust082829 英国
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: A widespread family of serine/threonine protein phosphatases shares a common regulatory switch with proteasomal proteases.
著者: Bradshaw, N. / Levdikov, V.M. / Zimanyi, C.M. / Gaudet, R. / Wilkinson, A.J. / Losick, R.
#1: ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2012
タイトル: Structure of the phosphatase domain of the cell fate determinant SpoIIE from Bacillus subtilis.
著者: Levdikov, V.M. / Blagova, E.V. / Rawlings, A.E. / Jameson, K. / Tunaley, J. / Hart, D.J. / Barak, I. / Wilkinson, A.J.
#2: ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: Asymmetric division triggers cell-specific gene expression through coupled capture and stabilization of a phosphatase.
著者: Bradshaw, N. / Losick, R.
履歴
登録2016年12月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine phosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4171
ポリマ－27,4171
非ポリマー00
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.285, 122.506, 81.617
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-633-

GLY

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要素

#1: タンパク質 Serine phosphatase


分子量: 27417.348 Da / 分子数: 1 / 変異: A624I / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The mutation Ala624 to Ile was introduced to reduce successfully the extent of domain swapping.
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: SC09_Contig28orf00413 / プラスミド: pETYSBLIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0D1KMY9, UniProt: P37475*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.13 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 2M Sodium formate, 0.1M Sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→61.34 Å / Num. obs: 10961 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル解像度: 2.44→2.48 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / CC1/2: 0.874 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3T9L

3t9l


解像度: 2.45→48.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 13.871 / SU ML: 0.296 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.402 / ESU R Free: 0.29 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27751 512 4.8 %RANDOM
Rwork0.21055 ---
obs0.21386 10188 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 66.958 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.16 Å2-0 Å20 Å2
2--3.07 Å2-0 Å2
3---1.09 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.45→48.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1761 0 0 33 1794
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0191780
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021705
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6481.9682398
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99133969
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5155226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.93225.20573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.0115337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.432158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021948
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02320
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.5016.498910
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.4336.492909
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.9199.7191134
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.9229.7291135
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.3177.171869
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.3147.18870
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.44810.5081265
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.97377.4471917
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.97877.3981915
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.514 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 41 -
Rwork0.402 722 -
obs--99.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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