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万見
- PDB-5mqc: Structure of black queen cell virus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mqc
タイトルStructure of black queen cell virus
要素
  • VP1
  • VP2
  • VP3
キーワードVIRUS / Apis mellifera / honey bee / honeybee / Picornavirales / Dicistroviridae / Cripavirus / virion / capsid
機能・相同性
機能・相同性情報


structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Dicistrovirus, capsid-polyprotein, C-terminal / CRPV capsid protein like / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Black queen cell virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Spurny, R. / Kiem, H.H.T. / Plevka, P.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
European Regional Development FundCZ.1.05/1.1.00/02.0070 チェコ
引用ジャーナル: J. Virol. / 年: 2017
タイトル: Virion Structure of Black Queen Cell Virus, a Common Honeybee Pathogen.
著者: Spurny, R. / Pridal, A. / Palkova, L. / Kiem, H.K. / de Miranda, J.R. / Plevka, P.
履歴
登録2016年12月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月15日Group: Database references
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP1
C: VP3
B: VP2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,6293
ポリマ－87,6293
非ポリマー00
水00
1
A: VP1
C: VP3
B: VP2
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,257,737180
ポリマ－5,257,737180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: VP1
C: VP3
B: VP2
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 438 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)438,14515
ポリマ－438,14515
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: VP1
C: VP3
B: VP2
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 526 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)525,77418
ポリマ－525,77418
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
単位格子
Length a, b, c (Å)332.914, 350.962, 362.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 VP1


分子量: 31222.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Black queen cell virus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9J7C2
#2: タンパク質 VP3


分子量: 30108.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Black queen cell virus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9J7C2
#3: タンパク質 VP2


分子量: 26297.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Black queen cell virus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9J7C2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→39.81 Å / Num. obs: 193433 / % possible obs: 68.1 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.208 / Net I/σ(I): 3.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1b35

1b35


解像度: 3.4→39.81 Å / 交差検証法: NONE /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.2466 --
obs-193433 68.1 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→39.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6115 0 0 0 6115

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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