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- PDB-5mq9: Crystal structure of Rae1 (YacP) from Bacillus subtilis (W164L mutant) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mq9
タイトルCrystal structure of Rae1 (YacP) from Bacillus subtilis (W164L mutant)
要素Uncharacterized protein YacP
キーワードTRANSLATION / B. subtilis / RNA maturation and decay / endonuclease / peptide toxin
機能・相同性NYN/PIN ribonuclease, YacP-like / YacP-like NYN domain / Uncharacterized protein YacP
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.174 Å
データ登録者Piton, J. / Gilet, L. / Pellegrini, O. / Leroy, M. / Figaro, S. / Condon, C.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2017
タイトル: Rae1/YacP, a new endoribonuclease involved in ribosome-dependent mRNA decay in Bacillus subtilis.
著者: Leroy, M. / Piton, J. / Gilet, L. / Pellegrini, O. / Proux, C. / Coppee, J.Y. / Figaro, S. / Condon, C.
履歴
登録2016年12月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月10日Group: Database references
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein YacP
B: Uncharacterized protein YacP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1185
ポリマ－41,8302
非ポリマー2883
水66737
1
A: Uncharacterized protein YacP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1073
ポリマ－20,9151
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Uncharacterized protein YacP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0112
ポリマ－20,9151
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.700, 63.950, 138.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein YacP


分子量: 20914.822 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: yacP, BSU00970 / プラスミド: pet28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P37574
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 / 詳細: 0.05 M sodium acetate, 2M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 1.3051 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3051 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.17→20 Å / Num. obs: 9099 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 68.77 Å2 / Net I/σ(I): 12.11

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.174→19.996 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 33.86 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3202 420 4.62 %RANDOM
Rwork0.2809 ---
obs0.2828 9096 99.91 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.174→19.996 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2449 0 15 37 2501
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032488
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4983361
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.211511
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038388
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002436
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1741-3.6310.38811300.31642850X-RAY DIFFRACTION100
3.631-4.56570.32311440.26832846X-RAY DIFFRACTION100
4.5657-19.99610.28911460.27252980X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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