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- PDB-5mq1: Crystal structure of the BRD7 bromodomain in complex with BI-9564 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mq1
タイトルCrystal structure of the BRD7 bromodomain in complex with BI-9564
要素Bromodomain-containing protein 7
キーワードTRANSCRIPTION / Bromodomain
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / RSC-type complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of T cell differentiation / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of myoblast differentiation / Regulation of TP53 Activity through Acetylation ...regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / RSC-type complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of T cell differentiation / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of myoblast differentiation / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / regulation of mitotic cell cycle / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / positive regulation of cell differentiation / lysine-acetylated histone binding / Wnt signaling pathway / kinetochore / nuclear matrix / transcription corepressor activity / p53 binding / histone binding / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF3512 / Domain of unknown function (DUF3512) / : / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily ...Protein of unknown function DUF3512 / Domain of unknown function (DUF3512) / : / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5U6 / Bromodomain-containing protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Diaz-Saez, L. / Martin, L.J. / Panagakou, I. / Picaud, S. / Krojer, T. / von Delft, F. / Knapp, S. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. ...Diaz-Saez, L. / Martin, L.J. / Panagakou, I. / Picaud, S. / Krojer, T. / von Delft, F. / Knapp, S. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Huber, K. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the BRD7 bromodomain in complex with BI-9564
著者: Diaz-Saez, L. / Martin, L.J. / Panagakou, I. / Picaud, S. / Krojer, T. / von Delft, F. / Knapp, S. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Huber, K. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2016年12月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,47319
ポリマ－13,1751
非ポリマー1,29818
水4,035224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2440 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area7700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.870, 125.255, 37.353
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-701-

ZN

21A-706-

MG

31A-1007-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 7 / 75 kDa bromodomain protein / Protein CELTIX-1


分子量: 13175.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD7, BP75, CELTIX1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta pRARE2 / 参照: UniProt: Q9NPI1

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非ポリマー , 6種, 242分子

#2: 化合物 ChemComp-5U6 / 4-[4-[(dimethylamino)methyl]-2,5-dimethoxy-phenyl]-2-methyl-2,7-naphthyridin-1-one / BI-9564


分子量: 353.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23N3O3
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.85 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG6000, 10%EDO, 0.1 M HEPES pH 7.0, 0.01 M ZnCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→35.42 Å / Num. obs: 25529 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.6 % / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: BRD9 in complex with TB-472

解像度: 1.5→35.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 1.203 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.068 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19033 1286 5 %RANDOM
Rwork0.16191 ---
obs0.16337 24238 99.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 13.488 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.39 Å20 Å20 Å2
2---0.6 Å20 Å2
3---0.21 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.5→35.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数880 0 76 224 1180
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.021138
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021125
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9422.0311543
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1163.0052667
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9735146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.55726.03853
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.03715244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg5.229154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2163
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02203
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0581.043483
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0541.041482
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8221.558615
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8211.561616
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5751.27655
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.5451.271655
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.2991.78903
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.06314.7781386
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.51412.9681304
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 105 -
Rwork0.278 1752 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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