PDB-5mpx: Crystal structure of Arabidopsis thaliana RNA editing factor MORF...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mpx

タイトル

Crystal structure of Arabidopsis thaliana RNA editing factor MORF1, space group P2(1)

要素

Multiple organellar RNA editing factor 1, mitochondrial

キーワード

PLANT PROTEIN / NFLD-related fold

機能・相同性

機能・相同性情報

mitochondrial mRNA modification / chloroplast RNA modification / mitochondrial RNA modification / cytidine to uridine editing / chloroplast / mRNA processing / protein dimerization activity / mitochondrion
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.938 Å

データ登録者

Haag, S. / Schindler, M. / Berndt, L. / Brennicke, A. / Takenaka, M. / Weber, G.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Crystal structures of the Arabidopsis thaliana organellar RNA editing factors MORF1 and MORF9.
著者: Haag, S. / Schindler, M. / Berndt, L. / Brennicke, A. / Takenaka, M. / Weber, G.

履歴

登録	2016年12月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月17日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mpx.cif.gz	205 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mpx.ent.gz	165.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mpx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5mpx_validation.pdf.gz	323.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5mpx_full_validation.pdf.gz	327.2 KB	表示
XML形式データ	5mpx_validation.xml.gz	24.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/5mpx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/5mpx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mpwSC 5mpyC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mpw-d 5m1t-d 5vr6-d 5hcw-d 3uy6-d 3khc-d 3ndp-d 1rj6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Multiple organellar RNA editing factor 1, mitochondrial

B: Multiple organellar RNA editing factor 1, mitochondrial

C: Multiple organellar RNA editing factor 1, mitochondrial

D: Multiple organellar RNA editing factor 1, mitochondrial

ヘテロ分子

52.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.892, 69.818, 69.324
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.950, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Multiple organellar RNA editing factor 1, mitochondrial / RNA editing-interacting protein 8 分子量: 13017.480 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: MORF1, RIP8, At4g20020 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O49429
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.38 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0,1 M Bicine, pH 9.0 and 2.4 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1.771 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.771 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: l,-k,h / Fraction: 0.14
反射	解像度: 1.938→50 Å / Num. obs: 44847 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 6.1 % / R_sym value: 0.11 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 1.94→1.99 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.32 / Num. unique all: 2880 / CC_1/2: 0.569 / R_sym value: 0.63 / % possible all: 83.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5MPW

5mpw

解像度: 1.938→34.807 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 23.38

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1917	1116	2.49 %
R_work	0.1628	-	-
obs	0.1631	44844	96.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 126.21 Å² / B_iso mean: 32.3157 Å² / B_iso min: 12.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.938→34.807 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3644	0	35	416	4095
B_iso mean	-	-	55.64	34.52	-
残基数	-	-	-	-	460

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3758
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.83	5090
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	528
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	668
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.578	2242

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9429-2.0312	0.2763	130	0.2415	5231	5361	92
2.0312-2.1382	0.2647	134	0.2186	5374	5508	94
2.1382-2.272	0.2532	133	0.213	5382	5515	94
2.272-2.4472	0.223	134	0.1973	5452	5586	95
2.4472-2.693	0.219	136	0.1831	5490	5626	96
2.693-3.0816	0.1973	138	0.173	5549	5687	97
3.0816-3.8783	0.1848	139	0.1408	5591	5730	97
3.8783-20.6596	0.13	140	0.1171	5623	5763	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.0867	-4.2644	-3.3725	3.3057	1.7392	1.7135	-0.1029	-0.4438	-0.3636	0.0083	0.0291	0.1684	-0.1317	0.3381	-0.0046	0.2125	-0.0547	0.0113	0.2419	-0.0251	0.1752	-0.1813	6.3132	-22.188
2	3.1231	0.5328	-0.4992	3.0829	-0.5039	2.6775	0.1645	-0.3672	0.0945	0.1764	-0.1831	-0.0172	-0.2806	0.0967	0.024	0.1471	-0.0211	-0.0215	0.2277	-0.0037	0.1105	23.5126	5.3977	-35.8797
3	5.7061	2.8595	-1.1425	2.1132	1.5648	7.83	0.2677	-0.7543	-0.4613	0.3851	-0.2815	0.2616	0.6819	-0.0158	0.109	0.2212	-0.0493	-0.0806	0.2743	0.0688	0.2392	33.0306	-1.9778	-30.8961
4	0.008	-0.0572	0.0691	0.3884	-0.5121	0.8616	0.0682	0.7149	-0.5	-0.0777	0.1202	-0.1551	0.0788	-0.0888	-0.1116	0.2224	-0.0184	-0.0022	0.3044	-0.079	0.2303	-7.4257	-5.254	-32.1953
5	3.2873	0.9163	0.7133	4.4242	-0.1437	5.2821	0.0458	0.4758	-0.3601	-0.3643	-0.0148	-0.2199	0.1576	0.262	0.0237	0.1937	0.044	-0.0036	0.1938	-0.0456	0.1272	18.7545	-8.5895	-52.68
6	3.3882	0.4562	-0.0048	3.5975	-0.3094	3.6778	-0.0275	0.1047	-0.0054	-0.0608	0.0542	0.3043	0.0065	-0.4407	-0.0164	0.1487	0.0351	-0.0266	0.2512	-0.0358	0.1037	9.3147	-4.1889	-48.8712
7	3.1734	2.8913	-4.9645	8.7953	-5.4612	8.0349	0.3154	-0.2455	0.5431	-0.0438	-0.2023	0.2172	-0.4139	-0.18	-0.024	0.2945	0.097	-0.0763	0.307	-0.0439	0.2231	10.4515	1.8895	-60.3656
8	0.0671	-0.2463	-0.3497	0.9834	1.2958	1.7859	0.0667	-0.1676	-0.1019	0.204	-0.0196	0.1263	0.0745	0.0376	-0.0129	0.2025	-0.0017	0.0076	0.2698	0.0119	0.2357	11.335	-6.8646	-32.1536
9	0.7335	0.104	-0.8118	3.8313	-0.3161	4.8776	-0.1694	-0.1994	-0.2147	0.478	0.0912	0.4891	0.4895	-0.218	0.0427	0.2706	-0.0313	0.0674	0.2086	0.0252	0.1954	-11.7238	-8.5767	-11.8709
10	3.9094	-0.2051	-0.804	4.0269	-0.6429	2.8215	-0.1303	-0.1426	0.0664	0.0323	0.0504	-0.016	-0.0351	0.4165	0.0466	0.2023	-0.0118	-0.0233	0.205	0.0301	0.0654	-5.1194	-3.0078	-18.6656
11	5.9583	-3.9259	-1.997	5.9228	4.5038	4.9279	-0.078	0.114	0.4325	-0.0142	-0.0835	-0.3993	-0.811	0.2212	0.165	0.5267	0.0291	-0.0436	0.3516	0.0227	0.1261	-6.6837	-1.0074	-2.6471
12	5.1398	-0.1275	-0.5859	0.0556	0.047	0.083	-0.1362	-0.291	0.1278	-0.2127	0.082	0.0158	0.0577	0.0812	0.0201	0.2581	0.0158	0.0144	0.2044	-0.0155	0.2154	6.0352	7.3046	-39.5984
13	4.4522	0.7349	0.4474	4.6052	-2.3297	2.8516	-0.04	-0.8515	0.3485	0.7889	-0.0423	0.5441	-0.3796	-0.5758	-0.0585	0.2619	-0.0116	0.0262	0.3508	-0.1145	0.2792	-20.3779	8.7998	-18.5045
14	8.1975	1.3451	-5.2843	5.3617	-2.7388	8.434	0.1172	-0.385	0.6296	0.3134	-0.3309	0.6828	-0.2472	-0.4128	0.0751	0.1831	0.0294	-0.0253	0.2417	-0.1388	0.2735	-23.2703	13.2895	-25.1877
15	3.6237	1.273	0.2435	3.0919	0.2011	2.9862	-0.0125	0.1251	0.0678	-0.0925	-0.0591	0.0887	-0.0033	-0.164	0.0546	0.117	0.013	-0.0244	0.132	-0.0248	0.1521	-15.4586	7.0012	-29.9716
16	4.013	2.2216	-1.1187	7.333	-2.1647	5.7031	0.0579	0.1699	-0.67	-0.1448	0.118	-0.241	0.3978	0.2381	-0.0665	0.1792	0.0227	-0.1242	0.2218	-0.041	0.3905	-27.0231	1.8754	-33.8548

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 76 through 88 )	A	76 - 88
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 89 through 179 )	A	89 - 179
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 180 through 190 )	A	180 - 190
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 76 through 88 )	B	76 - 88
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 89 through 120 )	B	89 - 120
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 121 through 179 )	B	121 - 179
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 180 through 190 )	B	180 - 190
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 76 through 88 )	C	76 - 88
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 89 through 147 )	C	89 - 147
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 148 through 179 )	C	148 - 179
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 180 through 190 )	C	180 - 190
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 76 through 88 )	D	76 - 88
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 89 through 104 )	D	89 - 104
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 105 through 120 )	D	105 - 120
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 121 through 179 )	D	121 - 179
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 180 through 190 )	D	180 - 190

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関連情報:EMDBヘッダ

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