PDB-5mpt: Structure of the citrinin polyketide synthase CMeT domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mpt

タイトル

Structure of the citrinin polyketide synthase CMeT domain

要素

Citrinin polyketide synthase

キーワード

TRANSFERASE / PKS / polyketide / natural product / domain deconstruction / citrinin / C-methylation / methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

secondary metabolite biosynthetic process / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / methyltransferase activity / fatty acid biosynthetic process / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Monascus purpureus (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.648 Å

データ登録者

Herbst, D.A. / Storm, P.A. / Townsend, C.A. / Maier, T.

資金援助

スイス,

米国, 3件

引用

ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2017
タイトル: Functional and Structural Analysis of Programmed C-Methylation in the Biosynthesis of the Fungal Polyketide Citrinin.
著者: Storm, P.A. / Herbst, D.A. / Maier, T. / Townsend, C.A.

履歴

登録	2016年12月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月8日	Group: Database references
改定 1.2	2017年3月29日	Group: Database references
改定 1.3	2017年6月21日	Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 1.4	2018年1月31日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mpt.cif.gz	239.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mpt.ent.gz	194.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mpt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5mpt_validation.pdf.gz	781.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5mpt_full_validation.pdf.gz	781.5 KB	表示
XML形式データ	5mpt_validation.xml.gz	17.9 KB	表示
CIF形式データ	5mpt_validation.cif.gz	26.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/5mpt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/5mpt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4g8o-3 4ga7-2 5u4s-d 1uhg-2 3ut3-1 5om6-1 5ez7-d 1jrr-d 4ga7-1 5ts2-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (15) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Citrinin polyketide synthase

ヘテロ分子

47.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.370, 98.370, 133.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Citrinin polyketide synthase / Non-reducing polyketide synthase citS 分子量: 46759.641 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Q65Z23 residues 1780-2182 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Monascus purpureus (菌類) / 遺伝子: pksCT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q65Z23, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	Significant difference density for an unidentified ligand is observed in the active site

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	2.73	55.01
2	2.47	50.22

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
290.15	1	蒸気拡散法, シッティングドロップ法	6.5	0.1 M BIS-TRIS pH 6.57, 25% (w/v) PEG MME 2K
290.15	2	蒸気拡散法, シッティングドロップ法		0.1 M BIS-TRIS pH 6.21, 21.4% (w/v) PEG MME 2K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3	100	2

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SLS	X06DA	1	0.99998
シンクロトロン	SLS	X06DA	2	1.90747
シンクロトロン	SLS	X06DA	3	0.97929

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
DECTRIS PILATUS 2M-F	1	PIXEL	2016年8月22日
DECTRIS PILATUS 2M-F	2	PIXEL	2016年9月9日
DECTRIS PILATUS 2M-F	3	PIXEL	2016年9月9日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2
3	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	3

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.99998	1
2	1.90747	1
3	0.97929	1

反射

B_iso Wilson estimate: 35.937 Å² / Entry-ID: 5MPT

解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	冗長度 (%)	CC_1/2	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	Net I/σ(I)
1.648-71.804	57453	98.9	6.644	0.999	0.08	1	10.61
2.05-71.845	59253	97.9	8.5	0.998	0.084	2	15.62
1.85-50.21	76184	99.8	10.4	0.999	0.135	3	13.75

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
1.648-1.6896	6.623	1.596	1.37	0.76	1	94.3
2.05-2.1	2.6	1.029	1.38	0.711	2	81.7
1.85-1.9	10.2	2.742	1.12	0.571	3	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SHELXDE		位相決定
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.648→71.804 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 37.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2173	2009	3.5 %
R_work	0.1872	-	-
obs	0.1883	57412	98.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.648→71.804 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3002	0	34	274	3310

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3164
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.975	4306
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.283	1931
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	493
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	562

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6484-1.6896	0.4603	134	0.4534	3754	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6896-1.7353	0.4082	144	0.3953	3945	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7353-1.7864	0.3499	144	0.3507	3991	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7864-1.844	0.4062	144	0.3345	3958	X-RAY DIFFRACTION	99
1.844-1.9099	0.3909	142	0.3678	3901	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9099-1.9864	0.336	142	0.301	3932	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9864-2.0768	0.2777	146	0.229	4003	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0768-2.1863	0.2622	146	0.2107	4025	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1863-2.3233	0.2772	141	0.2407	3884	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3233-2.5027	0.2057	145	0.1749	4015	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5027-2.7546	0.1795	145	0.1611	3989	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7546-3.1532	0.233	145	0.1699	3984	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1532-3.9726	0.1749	145	0.1594	4004	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9726-71.8719	0.1523	146	0.1308	4018	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0224	-0.0038	0.0217	0.0924	-0.0777	0.0514	-0.0992	0.006	0.1581	0.0491	0.0337	-0.0318	-0.015	-0.018	0	0.1911	-0.0115	-0.0247	0.1768	-0.0302	0.2858	-2.8847	45.7603	14.7493
2	0.0248	0.0011	0.0025	0.0027	-0.008	0.0155	0.0081	-0.0603	0.1209	-0.0249	-0.0594	0.2077	0.0646	-0.0124	0	0.2156	-0.0293	0.024	0.1992	-0.0363	0.3427	-29.2577	25.0363	13.6641
3	0.0507	0.0438	-0.0001	0.0538	-0.0508	0.0996	-0.0207	0.0712	0.0374	0.1642	-0.0731	-0.0127	0.0692	-0.0191	-0	0.3192	-0.039	0.0372	0.2154	-0.0399	0.2726	-30.3924	10.8128	21.4816
4	0.0465	0.0213	-0.0483	0.0143	-0.0143	0.1304	-0.1443	0.0208	-0.0068	-0.1368	0.0129	0.1919	0.069	0.0114	-0.0002	0.2229	-0.0176	-0.0229	0.1945	-0.0113	0.2513	-24.0171	21.8853	3.2527
5	0.0169	0.0049	0.0228	-0.0006	0.0052	0.0203	0.129	0.0041	0.1079	-0.0424	-0.0635	0.0479	0.0155	0.0017	-0	0.1916	0.0011	-0.0053	0.1888	0.0195	0.2353	-6.8487	43.3318	9.2741
6	0.0985	-0.0734	-0.0285	0.0974	-0.0505	0.1032	0.122	0.2611	-0.0175	-0.1229	-0.1344	-0.0893	0	0.0573	-0.0295	0.2544	0.0333	0.0217	0.2698	-0.0018	0.1255	1.4805	37.7869	1.7237
7	0.2088	0.3378	-0.1886	0.6133	-0.2273	0.3289	0.0742	0.126	-0.1851	-0.0818	-0.2462	-0.1176	0.0547	0.04	-0.3608	0.2487	0.1248	0.0038	0.2368	-0.1148	0.0906	4.0529	28.7703	0.1576
8	0.0339	-0.0147	0.0315	0.0434	0.016	0.0402	0.0707	-0.0371	-0.1371	-0.0048	-0.0419	-0.0617	0.0168	0.0228	0	0.1947	0.0035	-0.0281	0.184	0.0302	0.202	0.1102	28.1546	15.381
9	0.0593	0.0114	0.0775	0.0631	0.1232	0.2753	-0.0642	-0.1044	-0.1712	0.1638	-0.0906	0.03	-0.0192	-0.0435	-0.0361	0.2208	-0.0265	-0.023	0.2216	0.071	0.2828	-12.6193	19.0109	16.7083
10	0.2091	0.0858	0.0094	0.1395	0.0071	0.1051	0.0866	-0.1533	0.0093	0.1378	-0.1188	0.006	-0.0336	0.0202	-0.1099	0.2658	-0.0323	-0.0123	0.237	-0.0119	0.0424	-4.3439	35.2774	22.0374

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1785 through 1812 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1813 through 1840 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1841 through 1898 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 1899 through 1958 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 1959 through 1978 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 1979 through 2021 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 2022 through 2059 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 2060 through 2098 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 2099 through 2125 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 2126 through 2163 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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