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- PDB-5mp6: Structure of the Unliganded Fab from HIV-1 Neutralizing Antibody ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mp6
タイトルStructure of the Unliganded Fab from HIV-1 Neutralizing Antibody CAP248-2B that Binds to the gp120 C-terminus - gp41 Interface, at two Angstrom resolution.
要素
  • CAP248-2B Heavy Chain
  • CAP248-2B Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV / neutralizing antibody / gp120 C-terminus / CAP248 / gp120-gp41 interface
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.959 Å
データ登録者Wibmer, C.K. / Gorman, J. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2017
タイトル: Structure and Recognition of a Novel HIV-1 gp120-gp41 Interface Antibody that Caused MPER Exposure through Viral Escape.
著者: Wibmer, C.K. / Gorman, J. / Ozorowski, G. / Bhiman, J.N. / Sheward, D.J. / Elliott, D.H. / Rouelle, J. / Smira, A. / Joyce, M.G. / Ndabambi, N. / Druz, A. / Asokan, M. / Burton, D.R. / ...著者: Wibmer, C.K. / Gorman, J. / Ozorowski, G. / Bhiman, J.N. / Sheward, D.J. / Elliott, D.H. / Rouelle, J. / Smira, A. / Joyce, M.G. / Ndabambi, N. / Druz, A. / Asokan, M. / Burton, D.R. / Connors, M. / Abdool Karim, S.S. / Mascola, J.R. / Robinson, J.E. / Ward, A.B. / Williamson, C. / Kwong, P.D. / Morris, L. / Moore, P.L.
履歴
登録2016年12月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月29日Group: Database references
改定 2.02020年3月11日Group: Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: CAP248-2B Heavy Chain
Q: CAP248-2B Light Chain
H: CAP248-2B Heavy Chain
L: CAP248-2B Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,90718
ポリマ－98,5624
非ポリマー1,34514
水6,666370
1
P: CAP248-2B Heavy Chain
Q: CAP248-2B Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5695
ポリマ－49,2812
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4240 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area19580 Å2
手法PISA
2
H: CAP248-2B Heavy Chain
L: CAP248-2B Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,33813
ポリマ－49,2812
非ポリマー1,05711
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5540 Å2
ΔGint-143 kcal/mol
Surface area20460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.003, 85.903, 126.277
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 CAP248-2B Heavy Chain


分子量: 25477.463 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: B-cell / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 CAP248-2B Light Chain


分子量: 23803.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: B-cell / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO4 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: B-cell / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.76 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10.25% PEG4000 87.5 mM ammonium sulphate Cryoprotectant: 25% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 57572 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 31.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.115 / Χ2: 0.965 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 414268
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.95-1.985.70.67928210.7870.30.7440.61399.9
1.98-2.026.30.60828510.8310.2550.660.63199.9
2.02-2.066.70.50828380.8840.2070.5490.69100
2.06-2.17.10.4628420.90.1840.4960.748100
2.1-2.157.30.42628170.9260.1680.4580.762100
2.15-2.27.40.38128870.9340.1490.4090.796100
2.2-2.257.50.34728190.9490.1350.3730.834100
2.25-2.317.50.31528420.9570.1230.3380.864100
2.31-2.387.50.26828850.970.1050.2880.91100
2.38-2.467.50.24728300.9680.0970.2660.975100
2.46-2.547.50.21328850.9770.0830.2291.044100
2.54-2.657.50.18128280.9840.0710.1951.172100
2.65-2.777.40.1528940.9880.0590.1611.047100
2.77-2.917.50.12628800.990.050.1361.167100
2.91-3.17.50.10428820.9930.0410.1121.064100
3.1-3.337.40.0928780.9930.0350.0971.054100
3.33-3.677.40.07629060.9960.030.0821.03100
3.67-4.27.30.06829310.9950.0270.0741.05999.9
4.2-5.297.20.07329580.9910.0290.0781.19599.8
5.29-506.90.08830980.9870.0360.0961.43499.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QHK and 3B2U

4qhk

3b2u


解像度: 1.959→41.739 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.02
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2399 2000 3.48 %
Rwork0.1978 --
obs0.1992 57501 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.959→41.739 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6555 0 70 370 6995
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046824
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7989343
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.5174044
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491062
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051170
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9591-2.00810.31641330.25263680X-RAY DIFFRACTION94
2.0081-2.06240.26481400.22773915X-RAY DIFFRACTION100
2.0624-2.12310.2661420.21633930X-RAY DIFFRACTION100
2.1231-2.19160.26571420.21493945X-RAY DIFFRACTION100
2.1916-2.26990.27321430.20733944X-RAY DIFFRACTION100
2.2699-2.36080.24471410.21143943X-RAY DIFFRACTION100
2.3608-2.46820.27851430.20723954X-RAY DIFFRACTION100
2.4682-2.59830.27841420.20573960X-RAY DIFFRACTION100
2.5983-2.76110.26071430.21643965X-RAY DIFFRACTION100
2.7611-2.97420.28961450.22344002X-RAY DIFFRACTION100
2.9742-3.27340.27511430.20813973X-RAY DIFFRACTION100
3.2734-3.74690.21511450.1844032X-RAY DIFFRACTION100
3.7469-4.71960.15831460.16014044X-RAY DIFFRACTION100
4.7196-41.74870.25611520.19814214X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9129-0.18540.05423.2046-2.18411.9760.1241-0.15420.13730.4348-0.084-0.063-0.35340.2395-0.01170.2478-0.0487-0.00250.2243-0.04380.1594100.609795.7148-1.2224
22.489-1.2214-0.41981.66991.09524.0029-0.46410.9008-0.1157-1.29820.3736-0.06910.9737-0.98640.07521.0394-0.3876-0.04340.7070.04420.272393.116667.5662-3.477
34.1659-0.2583-0.80484.5889-1.10844.5267-0.0361-0.15380.16460.10180.17670.0661-0.0533-0.1842-0.11420.1440.02290.00640.2235-0.00070.156279.606698.3081-3.4367
43.4909-0.8861-0.34962.35431.27352.37660.2489-0.4685-0.6129-0.6134-0.1297-0.15690.0135-0.4394-0.09370.9388-0.1574-0.01840.8250.15930.894879.748363.40147.5335
53.2159-1.1847-1.05982.54070.6712.49240.1250.0599-0.149-0.1213-0.05590.09190.1499-0.0491-0.05110.1896-0.0102-0.05760.17560.01390.171379.085882.060130.4685
64.41971.89942.09763.89541.72754.48330.2908-0.80190.06580.4972-0.2818-0.0786-0.0298-0.058-0.00920.2666-0.00420.02810.40340.05580.2313111.066988.007836.1287
74.94470.97310.23233.1658-0.53331.82060.00030.05880.0599-0.19140.04970.05540.0866-0.0378-0.06460.16510.0299-0.00160.14940.0130.131677.8656101.430325.1239
83.7468-2.7680.35865.5155-0.67961.12350.0294-0.233-0.11170.02870.01590.1250.02750.019-0.04180.1463-0.0186-0.02680.2457-0.00730.1642116.913196.256323.6678
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'P' and (resid 2 through 122 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'P' and (resid 123 through 224 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'Q' and (resid 2 through 119 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'Q' and (resid 120 through 222 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 2 through 122 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 123 through 217 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 2 through 119 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 120 through 213 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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