PDB-5mp6: Structure of the Unliganded Fab from HIV-1 Neutralizing Antibody ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mp6

タイトル

Structure of the Unliganded Fab from HIV-1 Neutralizing Antibody CAP248-2B that Binds to the gp120 C-terminus - gp41 Interface, at two Angstrom resolution.

要素

CAP248-2B Heavy Chain
CAP248-2B Light Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / HIV / neutralizing antibody / gp120 C-terminus / CAP248 / gp120-gp41 interface

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.959 Å

データ登録者

Wibmer, C.K. / Gorman, J. / Kwong, P.D.

引用

ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2017
タイトル: Structure and Recognition of a Novel HIV-1 gp120-gp41 Interface Antibody that Caused MPER Exposure through Viral Escape.
著者: Wibmer, C.K. / Gorman, J. / Ozorowski, G. / Bhiman, J.N. / Sheward, D.J. / Elliott, D.H. / Rouelle, J. / Smira, A. / Joyce, M.G. / Ndabambi, N. / Druz, A. / Asokan, M. / Burton, D.R. / ...

履歴

登録	2016年12月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月29日	Group: Database references
改定 2.0	2020年3月11日	Group: Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 2.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mp6.cif.gz	492.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mp6.ent.gz	414.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mp6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5mp6_validation.pdf.gz	473.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5mp6_full_validation.pdf.gz	487.4 KB	表示
XML形式データ	5mp6_validation.xml.gz	36.3 KB	表示
CIF形式データ	5mp6_validation.cif.gz	51.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/5mp6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/5mp6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5f89C 3b2uS 4qhkS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6cz5-d 3bev-d 3vcl-d 6gh4-2 4d0d-2 5xmf-d 4nsk-d 3vrj-d 1uxw-d 4cvx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

P: CAP248-2B Heavy Chain

Q: CAP248-2B Light Chain

H: CAP248-2B Heavy Chain

L: CAP248-2B Light Chain

ヘテロ分子

99.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

P: CAP248-2B Heavy Chain

Q: CAP248-2B Light Chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

H: CAP248-2B Heavy Chain

L: CAP248-2B Light Chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.003, 85.903, 126.277
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	CAP248-2B Heavy Chain 分子量: 25477.463 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: B-cell / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	CAP248-2B Light Chain 分子量: 23803.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: B-cell / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO₄ / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: B-cell / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.76 %
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 10.25% PEG4000 87.5 mM ammonium sulphate Cryoprotectant: 25% PEG400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 57572 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 31.32 Å² / R_merge(I) obs: 0.106 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.115 / Χ²: 0.965 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 414268

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.95-1.98	5.7	0.679	2821	0.787	0.3	0.744	0.613	99.9
1.98-2.02	6.3	0.608	2851	0.831	0.255	0.66	0.631	99.9
2.02-2.06	6.7	0.508	2838	0.884	0.207	0.549	0.69	100
2.06-2.1	7.1	0.46	2842	0.9	0.184	0.496	0.748	100
2.1-2.15	7.3	0.426	2817	0.926	0.168	0.458	0.762	100
2.15-2.2	7.4	0.381	2887	0.934	0.149	0.409	0.796	100
2.2-2.25	7.5	0.347	2819	0.949	0.135	0.373	0.834	100
2.25-2.31	7.5	0.315	2842	0.957	0.123	0.338	0.864	100
2.31-2.38	7.5	0.268	2885	0.97	0.105	0.288	0.91	100
2.38-2.46	7.5	0.247	2830	0.968	0.097	0.266	0.975	100
2.46-2.54	7.5	0.213	2885	0.977	0.083	0.229	1.044	100
2.54-2.65	7.5	0.181	2828	0.984	0.071	0.195	1.172	100
2.65-2.77	7.4	0.15	2894	0.988	0.059	0.161	1.047	100
2.77-2.91	7.5	0.126	2880	0.99	0.05	0.136	1.167	100
2.91-3.1	7.5	0.104	2882	0.993	0.041	0.112	1.064	100
3.1-3.33	7.4	0.09	2878	0.993	0.035	0.097	1.054	100
3.33-3.67	7.4	0.076	2906	0.996	0.03	0.082	1.03	100
3.67-4.2	7.3	0.068	2931	0.995	0.027	0.074	1.059	99.9
4.2-5.29	7.2	0.073	2958	0.991	0.029	0.078	1.195	99.8
5.29-50	6.9	0.088	3098	0.987	0.036	0.096	1.434	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4QHK and 3B2U

4qhk

3b2u

解像度: 1.959→41.739 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.02

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2399	2000	3.48 %
R_work	0.1978	-	-
obs	0.1992	57501	99.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.959→41.739 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6555	0	70	370	6995

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6824
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.798	9343
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.517	4044
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	1062
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1170

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9591-2.0081	0.3164	133	0.2526	3680	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0081-2.0624	0.2648	140	0.2277	3915	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0624-2.1231	0.266	142	0.2163	3930	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1231-2.1916	0.2657	142	0.2149	3945	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1916-2.2699	0.2732	143	0.2073	3944	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2699-2.3608	0.2447	141	0.2114	3943	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3608-2.4682	0.2785	143	0.2072	3954	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4682-2.5983	0.2784	142	0.2057	3960	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5983-2.7611	0.2607	143	0.2164	3965	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7611-2.9742	0.2896	145	0.2234	4002	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9742-3.2734	0.2751	143	0.2081	3973	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2734-3.7469	0.2151	145	0.184	4032	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7469-4.7196	0.1583	146	0.1601	4044	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7196-41.7487	0.2561	152	0.1981	4214	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9129	-0.1854	0.0542	3.2046	-2.1841	1.976	0.1241	-0.1542	0.1373	0.4348	-0.084	-0.063	-0.3534	0.2395	-0.0117	0.2478	-0.0487	-0.0025	0.2243	-0.0438	0.1594	100.6097	95.7148	-1.2224
2	2.489	-1.2214	-0.4198	1.6699	1.0952	4.0029	-0.4641	0.9008	-0.1157	-1.2982	0.3736	-0.0691	0.9737	-0.9864	0.0752	1.0394	-0.3876	-0.0434	0.707	0.0442	0.2723	93.1166	67.5662	-3.477
3	4.1659	-0.2583	-0.8048	4.5889	-1.1084	4.5267	-0.0361	-0.1538	0.1646	0.1018	0.1767	0.0661	-0.0533	-0.1842	-0.1142	0.144	0.0229	0.0064	0.2235	-0.0007	0.1562	79.6066	98.3081	-3.4367
4	3.4909	-0.8861	-0.3496	2.3543	1.2735	2.3766	0.2489	-0.4685	-0.6129	-0.6134	-0.1297	-0.1569	0.0135	-0.4394	-0.0937	0.9388	-0.1574	-0.0184	0.825	0.1593	0.8948	79.7483	63.4014	7.5335
5	3.2159	-1.1847	-1.0598	2.5407	0.671	2.4924	0.125	0.0599	-0.149	-0.1213	-0.0559	0.0919	0.1499	-0.0491	-0.0511	0.1896	-0.0102	-0.0576	0.1756	0.0139	0.1713	79.0858	82.0601	30.4685
6	4.4197	1.8994	2.0976	3.8954	1.7275	4.4833	0.2908	-0.8019	0.0658	0.4972	-0.2818	-0.0786	-0.0298	-0.058	-0.0092	0.2666	-0.0042	0.0281	0.4034	0.0558	0.2313	111.0669	88.0078	36.1287
7	4.9447	0.9731	0.2323	3.1658	-0.5333	1.8206	0.0003	0.0588	0.0599	-0.1914	0.0497	0.0554	0.0866	-0.0378	-0.0646	0.1651	0.0299	-0.0016	0.1494	0.013	0.1316	77.8656	101.4303	25.1239
8	3.7468	-2.768	0.3586	5.5155	-0.6796	1.1235	0.0294	-0.233	-0.1117	0.0287	0.0159	0.125	0.0275	0.019	-0.0418	0.1463	-0.0186	-0.0268	0.2457	-0.0073	0.1642	116.9131	96.2563	23.6678

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'P' and (resid 2 through 122 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'P' and (resid 123 through 224 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'Q' and (resid 2 through 119 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'Q' and (resid 120 through 222 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resid 2 through 122 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 123 through 217 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'L' and (resid 2 through 119 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'L' and (resid 120 through 213 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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