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Yorodumi- PDB-5mp6: Structure of the Unliganded Fab from HIV-1 Neutralizing Antibody ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5mp6 | |||||||||
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Title | Structure of the Unliganded Fab from HIV-1 Neutralizing Antibody CAP248-2B that Binds to the gp120 C-terminus - gp41 Interface, at two Angstrom resolution. | |||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / HIV / neutralizing antibody / gp120 C-terminus / CAP248 / gp120-gp41 interface | |||||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Function and homology information | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.959 Å | |||||||||
Authors | Wibmer, C.K. / Gorman, J. / Kwong, P.D. | |||||||||
Citation | Journal: PLoS Pathog. / Year: 2017 Title: Structure and Recognition of a Novel HIV-1 gp120-gp41 Interface Antibody that Caused MPER Exposure through Viral Escape. Authors: Wibmer, C.K. / Gorman, J. / Ozorowski, G. / Bhiman, J.N. / Sheward, D.J. / Elliott, D.H. / Rouelle, J. / Smira, A. / Joyce, M.G. / Ndabambi, N. / Druz, A. / Asokan, M. / Burton, D.R. / ...Authors: Wibmer, C.K. / Gorman, J. / Ozorowski, G. / Bhiman, J.N. / Sheward, D.J. / Elliott, D.H. / Rouelle, J. / Smira, A. / Joyce, M.G. / Ndabambi, N. / Druz, A. / Asokan, M. / Burton, D.R. / Connors, M. / Abdool Karim, S.S. / Mascola, J.R. / Robinson, J.E. / Ward, A.B. / Williamson, C. / Kwong, P.D. / Morris, L. / Moore, P.L. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5mp6.cif.gz | 492.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5mp6.ent.gz | 414.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5mp6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5mp6_validation.pdf.gz | 473.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5mp6_full_validation.pdf.gz | 487.4 KB | Display | |
Data in XML | 5mp6_validation.xml.gz | 36.3 KB | Display | |
Data in CIF | 5mp6_validation.cif.gz | 51.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/5mp6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/5mp6 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5f89C 3b2uS 4qhkS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 25477.463 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell: B-cell / Cell line (production host): HEK293F / Production host: Homo sapiens (human) #2: Antibody | Mass: 23803.369 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell: B-cell / Cell line (production host): HEK293F / Production host: Homo sapiens (human) #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.01 Å3/Da / Density % sol: 38.76 % |
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Crystal grow | Temperature: 298.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 10.25% PEG4000 87.5 mM ammonium sulphate Cryoprotectant: 25% PEG400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 21, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.95→50 Å / Num. obs: 57572 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 31.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.115 / Χ2: 0.965 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 414268 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4QHK and 3B2U Resolution: 1.959→41.739 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.02
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.959→41.739 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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