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- PDB-5mof: Ethylene Forming Enzyme from Pseudomonas syringae pv. phaseolicol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mof
タイトルEthylene Forming Enzyme from Pseudomonas syringae pv. phaseolicola - I222 crystal form in complex with manganese and 2-oxoglutarate
要素2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme
キーワードOXIDOREDUCTASE / 2-oxoglutarate and ferrous iron dependent oxygenase / ethylene forming / double stranded beta helix
機能・相同性
機能・相同性情報


2-oxoglutarate oxygenase/decarboxylase (ethylene-forming) activity / 2-oxoglutarate dioxygenase (ethene-forming) / 2-oxoglutarate/L-arginine monooxygenase/decarboxylase (succinate-forming) / ethylene biosynthetic process / dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Non-haem dioxygenase N-terminal domain / non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal / Isopenicillin N synthase-like, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Isopenicillin N synthase-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / : / 2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas savastanoi pv. phaseolicola (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者McDonough, M.A. / Zhang, Z. / Schofield, C.J.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structural and stereoelectronic insights into oxygenase-catalyzed formation of ethylene from 2-oxoglutarate.
著者: Zhang, Z. / Smart, T.J. / Choi, H. / Hardy, F. / Lohans, C.T. / Abboud, M.I. / Richardson, M.S.W. / Paton, R.S. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
履歴
登録2016年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月3日Group: Database references
改定 1.22017年5月10日Group: Database references
改定 2.02024年1月17日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3228
ポリマ－40,7001
非ポリマー6227
水8,413467
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.484, 97.850, 98.094
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-949-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme / Ethylene-forming enzyme / 2-oxoglutarate dioxygenase (ethylene-forming) / 2-oxoglutarate/L-arginine ...Ethylene-forming enzyme / 2-oxoglutarate dioxygenase (ethylene-forming) / 2-oxoglutarate/L-arginine monooxygenase/decarboxylase (succinate-forming)


分子量: 40699.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas savastanoi pv. phaseolicola (バクテリア)
遺伝子: efe
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P32021, 2-oxoglutarate dioxygenase (ethene-forming), EC: 1.14.11.34

-
非ポリマー , 5種, 474分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 467 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 17-20% PEG 3350, 100mM Bis-Tris Phosphate, 100mM Sodium potassium phosphate, 3mM manganese chloride, 10mM 2-oxoglutarate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→69.28 Å / Num. obs: 67866 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 11.68 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 430728 / Scaling rejects: 43
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.45-1.546.11.52120.5921100
4.35-69.286.40.0330.9951100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.1データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
xia2データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5LUN

5lun


解像度: 1.45→69.277 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.67
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1894 3369 4.98 %
Rwork0.1717 --
obs0.1726 67710 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 61.56 Å2 / Biso mean: 18.0431 Å2 / Biso min: 7.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→69.277 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2711 0 31 475 3217
Biso mean--27.9 29.27 -
残基数----343
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042969
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7274051
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064426
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005536
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1381113
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.45-1.47070.36511320.32962615274799
1.4707-1.49270.31491430.3222612275599
1.4927-1.5160.31631640.31092634279899
1.516-1.54090.3051200.29152676279699
1.5409-1.56740.29631210.27892666278799
1.5674-1.59590.30671350.270826562791100
1.5959-1.62660.27321420.250926482790100
1.6266-1.65980.24181390.243926632802100
1.6598-1.69590.25551600.232726262786100
1.6959-1.73540.27021490.217226532802100
1.7354-1.77880.2311320.203127132845100
1.7788-1.82690.21751340.191326232757100
1.8269-1.88070.16681530.172426752828100
1.8807-1.94140.19951240.16726902814100
1.9414-2.01080.17761340.163526672801100
2.0108-2.09130.18151530.149626802833100
2.0913-2.18640.17281370.141526832820100
2.1864-2.30170.15661330.138726962829100
2.3017-2.44590.16731330.131127022835100
2.4459-2.63480.1481160.135327482864100
2.6348-2.90.15051620.142926742836100
2.9-3.31960.17911510.146127432894100
3.3196-4.18230.14731270.126927572884100
4.1823-69.35570.15111750.161228413016100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.20080.12660.18374.2507-0.45981.2714-0.0589-0.14720.16840.17740.04290.089-0.1598-0.11080.01060.10020.02040.00470.0836-0.0430.075715.364648.448427.5565
20.11650.18460.35411.90550.22521.85520.0175-0.0499-0.07220.04660.01190.0010.17540.0272-0.00330.0655-0.0151-0.01360.10610.03030.115212.678120.307519.318
30.32320.22660.02631.01810.18570.3745-0.03080.02620.0405-0.0660.01490.03-0.0372-0.01880.02060.08-0.0026-0.01460.08560.01340.081712.803133.851112.1566
40.4550.02710.27641.0045-0.39060.9435-0.0222-0.00890.0239-0.00130.0121-0.05880.02020.0610.01580.0630.00590.00360.0792-0.00330.085924.717532.482425.19
52.52652.12150.41286.42382.74992.480.048-0.10930.0022-0.06890.0011-0.5956-0.14210.2369-0.02050.1039-0.0193-0.010.16710.03690.1529.75236.87148.8594
63.19490.6724-0.91495.0825-1.27453.9077-0.05170.0166-0.016-0.1897-0.2442-0.4910.04870.53730.25930.12630.0070.00510.19290.01830.122625.765926.9172-1.3716
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 41 )A3 - 41
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 42 through 93 )A42 - 93
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 94 through 175 )A94 - 175
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 176 through 293 )A176 - 293
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 294 through 317 )A294 - 317
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 318 through 345 )A318 - 345

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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