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- PDB-5mo4: ABL1 kinase (T334I_D382N) in complex with asciminib and nilotinib -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mo4
タイトルABL1 kinase (T334I_D382N) in complex with asciminib and nilotinib
要素Tyrosine-protein kinase ABL1
キーワードTRANSFERASE / Kinase / drug / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of actin filament binding / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / protein localization to cytoplasmic microtubule plus-end / DN4 thymocyte differentiation / DNA conformation change / response to epinephrine / activation of protein kinase C activity / phospholipase C-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / podocyte apoptotic process / delta-catenin binding ...positive regulation of actin filament binding / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / protein localization to cytoplasmic microtubule plus-end / DN4 thymocyte differentiation / DNA conformation change / response to epinephrine / activation of protein kinase C activity / phospholipase C-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / podocyte apoptotic process / delta-catenin binding / Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / transitional one stage B cell differentiation / regulation of postsynaptic specialization assembly / regulation of modification of synaptic structure / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase activity / cerebellum morphogenesis / neuroepithelial cell differentiation / B cell proliferation involved in immune response / : / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / positive regulation of extracellular matrix organization / microspike assembly / B-1 B cell homeostasis / neuropilin signaling pathway / neuropilin binding / mitochondrial depolarization / bubble DNA binding / regulation of cell motility / positive regulation of establishment of T cell polarity / activated T cell proliferation / cellular response to dopamine / myoblast proliferation / positive regulation of blood vessel branching / proline-rich region binding / syntaxin binding / regulation of Cdc42 protein signal transduction / mitogen-activated protein kinase binding / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of dendrite development / regulation of axon extension / regulation of T cell differentiation / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / cardiac muscle cell proliferation / negative regulation of cell-cell adhesion / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / positive regulation of osteoblast proliferation / Myogenesis / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / regulation of microtubule polymerization / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / Bergmann glial cell differentiation / vascular endothelial cell response to oscillatory fluid shear stress / regulation of endocytosis / associative learning / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of long-term synaptic potentiation / neuromuscular process controlling balance / negative regulation of mitotic cell cycle / actin monomer binding / signal transduction in response to DNA damage / negative regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of focal adhesion assembly / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / canonical NF-kappaB signal transduction / BMP signaling pathway / ephrin receptor signaling pathway / positive regulation of T cell migration / endothelial cell migration / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / mismatch repair / regulation of cell adhesion / positive regulation of vasoconstriction / four-way junction DNA binding / spleen development / positive regulation of stress fiber assembly / ephrin receptor binding / ruffle / ERK1 and ERK2 cascade / actin filament polymerization / phosphotyrosine residue binding / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of interleukin-2 production / substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of mitotic cell cycle / SH2 domain binding / protein kinase C binding / response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / thymus development / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / integrin-mediated signaling pathway / post-embryonic development / B cell receptor signaling pathway
類似検索 - 分子機能
F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain ...F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
asciminib / Nilotinib / Tyrosine-protein kinase ABL1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Cowan-Jacob, S.W.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: The allosteric inhibitor ABL001 enables dual targeting of BCR-ABL1.
著者: Wylie, A.A. / Schoepfer, J. / Jahnke, W. / Cowan-Jacob, S.W. / Loo, A. / Furet, P. / Marzinzik, A.L. / Pelle, X. / Donovan, J. / Zhu, W. / Buonamici, S. / Hassan, A.Q. / Lombardo, F. / Iyer, ...著者: Wylie, A.A. / Schoepfer, J. / Jahnke, W. / Cowan-Jacob, S.W. / Loo, A. / Furet, P. / Marzinzik, A.L. / Pelle, X. / Donovan, J. / Zhu, W. / Buonamici, S. / Hassan, A.Q. / Lombardo, F. / Iyer, V. / Palmer, M. / Berellini, G. / Dodd, S. / Thohan, S. / Bitter, H. / Branford, S. / Ross, D.M. / Hughes, T.P. / Petruzzelli, L. / Vanasse, K.G. / Warmuth, M. / Hofmann, F. / Keen, N.J. / Sellers, W.R.
履歴
登録2016年12月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月12日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1633
ポリマ－56,1831
非ポリマー9792
水5,531307
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area20120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.280, 124.130, 74.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-957-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase ABL1 / Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 1 / Abelson tyrosine-protein kinase 1 / Proto- ...Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 1 / Abelson tyrosine-protein kinase 1 / Proto-oncogene c-Abl / p150


分子量: 56183.176 Da / 分子数: 1 / 変異: T334I D382N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABL1, ABL, JTK7 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P00519, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-NIL / Nilotinib / 4-methyl-N-[3-(4-methyl-1H-imidazol-1-yl)-5-(trifluoromethyl)phenyl]-3-[(4-pyridin-3-ylpyrimidin-2-yl)amino]benzamide / ニロチニブ


分子量: 529.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H22F3N7O / コメント: 薬剤, 抗がん剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-AY7 / asciminib


分子量: 449.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H18ClF2N5O3 / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.57 % / 解説: flat rods
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Reservoir: 18 % (W/V) PEG 3350, 0.2 M POTASSIUM FORMATE, 0.1 M TRIS PH 7.5 Protein: 35.7 MG/ML 20 MM TRIS PH 8, 200 MM NACL, 2 MM TCEP Protocol: 0.6 UL protein solution plus 0.6 UL reservoir solution

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.166→59.14 Å / Num. obs: 29197 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 39.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 2.166→2.173 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.599 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROCデータ削減
XDS(VERSION December 6データ削減
SCALAデータスケーリング
BUSTER2.11.4精密化
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.17→59.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9422 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9259 / SU R Cruickshank DPI: 0.206 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.218 / SU Rfree Blow DPI: 0.173 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.17
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 1439 4.96 %RANDOM
Rwork0.1818 ---
obs0.1836 29028 98.49 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.1567 Å20 Å20 Å2
2--2.196 Å20 Å2
3----6.3527 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.238 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→59.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3393 0 70 307 3770
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013560HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.054848HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1175SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes77HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes520HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3560HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.19
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.4
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion443SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4126SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.17→2.25 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 131 4.68 %
Rwork0.2272 2668 -
all0.2283 2799 -
obs--98.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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