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- PDB-5mnt: Bacteriophage Qbeta maturation protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mnt
タイトルBacteriophage Qbeta maturation protein
要素A2 maturation protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / virus attachment / minor capsid protein
機能・相同性
機能・相同性情報


suppression by virus of host cell wall biogenesis / suppression by virus of host peptidoglycan biosynthetic process / viral release via suppression of host peptidoglycan biosynthetic process / virion attachment to host cell pilus / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / viral release from host cell by cytolysis / virion component
類似検索 - 分子機能
Assembly protein / Phage maturation protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Maturation protein A2
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage Qbeta (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者Rumnieks, J. / Tars, K.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Crystal Structure of the Maturation Protein from Bacteriophage Q beta.
著者: Rumnieks, J. / Tars, K.
履歴
登録2016年12月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月1日Group: Database references
改定 1.22017年3月8日Group: Database references
改定 1.32018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: A2 maturation protein
B: A2 maturation protein
C: A2 maturation protein
D: A2 maturation protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,5044
ポリマ－194,5044
非ポリマー00
水00
1
A: A2 maturation protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6261
ポリマ－48,6261
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: A2 maturation protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6261
ポリマ－48,6261
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: A2 maturation protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6261
ポリマ－48,6261
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: A2 maturation protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6261
ポリマ－48,6261
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.789, 232.515, 353.473
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
A2 maturation protein


分子量: 48626.012 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage Qbeta (ファージ)
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): AI / 参照: UniProt: Q8LTE2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 40 mM potassium dihydrogen phosphate, 17% PEG 8000, 20% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.32→176.74 Å / Num. all: 256850 / Num. obs: 67077 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.176 / Net I/σ(I): 8.74
反射 シェル解像度: 3.32→3.52 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.913 / Mean I/σ(I) obs: 1.42 / CC1/2: 0.518 / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.32→176.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 32.667 / SU ML: 0.446 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.994 / ESU R Free: 0.444 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27936 3335 5 %RANDOM
Rwork0.22824 ---
obs0.23073 63534 96.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 96.203 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.86 Å2-0 Å20 Å2
2--5.13 Å20 Å2
3---1.72 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.32→176.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13774 0 0 0 13774
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01914147
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0213342
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3681.94219196
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.964330434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.37451676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.75322.301743
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.724152290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.61615152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.22035
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02116141
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023731
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.3339.456716
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.3339.4496715
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.14314.1768388
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.14314.1778389
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2369.7917431
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.2359.7917431
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.28514.53110808
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.87915839
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.87915840
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.32→3.406 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.45 220 -
Rwork0.406 4363 -
obs--90.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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