PDB-5mno: Cationic trypsin in complex with N-amidinopiperidine (deuterated ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mno

タイトル

Cationic trypsin in complex with N-amidinopiperidine (deuterated sample at 295 K)

要素

Cationic trypsin

キーワード

HYDROLASE / hydrogen bonding / protonation / protein-ligand interaction

機能・相同性

機能・相同性情報

trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.96 Å

データ登録者

Schiebel, J. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Intriguing role of water in protein-ligand binding studied by neutron crystallography on trypsin complexes.
著者: Schiebel, J. / Gaspari, R. / Wulsdorf, T. / Ngo, K. / Sohn, C. / Schrader, T.E. / Cavalli, A. / Ostermann, A. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2016年12月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月12日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mno.cif.gz	127.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mno.ent.gz	99.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mno.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5mno_validation.pdf.gz	430.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5mno_full_validation.pdf.gz	430.6 KB	表示
XML形式データ	5mno_validation.xml.gz	12 KB	表示
CIF形式データ	5mno_validation.cif.gz	17.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/5mno ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/5mno	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mneC 5mnfC 5mngC 5mnhC 5mnnC 5mnqC 5mnzC 5mo0C 5mo2C 5mopC 5moqC 5mosC 4i8hS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1o2q-d 6swv-d 1xuk-d 3mfj-d 2by9-d 3rxr-d 5mna-d 1o3o-d 1xui-d 1btw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (2) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Cationic trypsin

ヘテロ分子

23.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.903, 58.646, 67.615
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cationic trypsin / Beta-trypsin 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-MRZ / piperidine-1-carboximidamide / ピペリジン-1-カルボアミジン分子量: 127.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃N₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.29 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5, 16-16.5% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 295 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.7749 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.7749 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.96→42.621 Å / Num. obs: 132628 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 8.681 % / R_merge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 28.43
反射シェル	解像度: 0.96→1.02 Å / 冗長度: 8.412 % / R_merge(I) obs: 0.566 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1-2155)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4I8H

4i8h

解像度: 0.96→27.451 Å / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 6.77

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1058	6624	5 %	Random selection
R_work	0.0943	-	-	-
obs	0.0948	132539	99.4 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.96→27.451 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1612	0	20	169	1801

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1916
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.088	2652
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.616	703
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.099	288
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	354

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.9603-0.9712	0.1702	215	0.1674	4083	X-RAY DIFFRACTION	98
0.9712-0.9826	0.1685	219	0.1515	4162	X-RAY DIFFRACTION	99
0.9826-0.9946	0.1677	218	0.1412	4138	X-RAY DIFFRACTION	99
0.9946-1.0072	0.1609	218	0.1304	4140	X-RAY DIFFRACTION	99
1.0072-1.0204	0.1168	218	0.1158	4165	X-RAY DIFFRACTION	99
1.0204-1.0344	0.1341	219	0.1055	4160	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0344-1.0492	0.1031	220	0.0885	4174	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0492-1.0648	0.0926	216	0.0826	4116	X-RAY DIFFRACTION	99
1.0648-1.0815	0.0782	219	0.0733	4146	X-RAY DIFFRACTION	99
1.0815-1.0992	0.0837	219	0.0673	4161	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0992-1.1182	0.0715	218	0.0628	4146	X-RAY DIFFRACTION	99
1.1182-1.1385	0.0625	218	0.0585	4140	X-RAY DIFFRACTION	99
1.1385-1.1604	0.0649	222	0.0551	4214	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1604-1.1841	0.0727	219	0.0583	4161	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1841-1.2098	0.0683	222	0.0604	4209	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2098-1.238	0.0731	217	0.0599	4149	X-RAY DIFFRACTION	100
1.238-1.2689	0.0712	221	0.0604	4202	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2689-1.3032	0.0887	222	0.0637	4219	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3032-1.3416	0.0753	220	0.0644	4176	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3416-1.3849	0.0807	221	0.0656	4190	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3849-1.4344	0.0787	220	0.0662	4185	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4344-1.4918	0.0778	222	0.067	4205	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4918-1.5597	0.0834	221	0.0697	4208	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5597-1.6419	0.0809	224	0.0729	4258	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6419-1.7448	0.0891	223	0.079	4227	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7448-1.8795	0.0918	225	0.0858	4263	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8795-2.0685	0.1032	223	0.0875	4271	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0685-2.3677	0.0993	225	0.0943	4272	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3677-2.9825	0.136	227	0.1243	4307	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9825-27.4627	0.1446	233	0.1326	4468	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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