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- PDB-5mnd: SFX structure of Cydia pomonella granulovirus using a double flow... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mnd
タイトルSFX structure of Cydia pomonella granulovirus using a double flow-focusing nozzle
要素Granulin
キーワードVIRAL PROTEIN / SFX / granulovirus / in vivo crystals / nanocrystals
機能・相同性Polyhedrin / Polyhedrin / viral occlusion body / structural molecule activity / Granulin
機能・相同性情報
生物種Cydia pomonella granulosis virus (ウイルス)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Oberthuer, D. / Chapman, H. / Doerner, K. / Xavier, P.L.
資金援助 ドイツ, 米国, 4件
組織認可番号国
BMBF05E13GU1 ドイツ
BMBF05K13GUK ドイツ
BMBF05K2012 ドイツ
National Science Foundation (NSF, United States)1231306). 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Double-flow focused liquid injector for efficient serial femtosecond crystallography.
著者: Oberthuer, D. / Knoska, J. / Wiedorn, M.O. / Beyerlein, K.R. / Bushnell, D.A. / Kovaleva, E.G. / Heymann, M. / Gumprecht, L. / Kirian, R.A. / Barty, A. / Mariani, V. / Tolstikova, A. / ...著者: Oberthuer, D. / Knoska, J. / Wiedorn, M.O. / Beyerlein, K.R. / Bushnell, D.A. / Kovaleva, E.G. / Heymann, M. / Gumprecht, L. / Kirian, R.A. / Barty, A. / Mariani, V. / Tolstikova, A. / Adriano, L. / Awel, S. / Barthelmess, M. / Dorner, K. / Xavier, P.L. / Yefanov, O. / James, D.R. / Nelson, G. / Wang, D. / Calvey, G. / Chen, Y. / Schmidt, A. / Szczepek, M. / Frielingsdorf, S. / Lenz, O. / Snell, E. / Robinson, P.J. / Sarler, B. / Belsak, G. / Macek, M. / Wilde, F. / Aquila, A. / Boutet, S. / Liang, M. / Hunter, M.S. / Scheerer, P. / Lipscomb, J.D. / Weierstall, U. / Kornberg, R.D. / Spence, J.C. / Pollack, L. / Chapman, H.N. / Bajt, S.
履歴
登録2016年12月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22018年11月14日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn / Item: _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment
改定 1.32022年3月30日Group: Advisory / Author supporting evidence / Database references
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Granulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7841
ポリマ－28,7841
非ポリマー00
水1,44180
1
A: Granulin
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)345,40612
ポリマ－345,40612
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_575-x,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_559-x,y,-z+41
crystal symmetry operation4_579x,-y+2,-z+41
crystal symmetry operation5_366z-2,x+1,y+11
crystal symmetry operation6_368z-2,-x+1,-y+31
crystal symmetry operation7_766-z+2,-x+1,y+11
crystal symmetry operation8_768-z+2,x+1,-y+31
crystal symmetry operation9_447y-1,z-1,x+21
crystal symmetry operation10_647-y+1,z-1,-x+21
crystal symmetry operation11_487y-1,-z+3,-x+21
crystal symmetry operation12_687-y+1,-z+3,x+21
Buried area51470 Å2
ΔGint-339 kcal/mol
Surface area151650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.400, 103.400, 103.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Space group name HallI223
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: z,x,y
#3: y,z,x
#4: -y,-z,x
#5: z,-x,-y
#6: -y,z,-x
#7: -z,-x,y
#8: -z,x,-y
#9: y,-z,-x
#10: x,-y,-z
#11: -x,y,-z
#12: -x,-y,z
#13: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#14: z+1/2,x+1/2,y+1/2
#15: y+1/2,z+1/2,x+1/2
#16: -y+1/2,-z+1/2,x+1/2
#17: z+1/2,-x+1/2,-y+1/2
#18: -y+1/2,z+1/2,-x+1/2
#19: -z+1/2,-x+1/2,y+1/2
#20: -z+1/2,x+1/2,-y+1/2
#21: y+1/2,-z+1/2,-x+1/2
#22: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#23: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#24: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-376-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Granulin / Matrix protein


分子量: 28783.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cydia pomonella granulosis virus (isolate Mexico/1963) (ウイルス)
参照: UniProt: P87577
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 23.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: in cell
詳細: We used Madex HP (Certisusa). Madex HP contains about 1E13 virus occlusion bodies (OB) per liter and the OBs were purified from the aqueous suspension by applying iterative washing and ...詳細: We used Madex HP (Certisusa). Madex HP contains about 1E13 virus occlusion bodies (OB) per liter and the OBs were purified from the aqueous suspension by applying iterative washing and centrifugation cycles. The pellet was then re-suspended in ultra-pure water at pH7. After 3h of incubation at room temperature the supernatant, containing the almost pure OBs, was removed from the pellet and subjected to filtration steps through a sequence of stainless steel filters with decreasing pore sizes (20 um, 10 um, 5 um, 2 um, 0.5 m; all IDEX). To increase the concentration of CpGV to the desired 1E11 particles/ml for injection at LCLS, the suspension was subjected to centrifugation at 21,000 g, the supernatant was removed, and the pellet re-suspended. Size distribution and particle concentration was estimated using a Nanosight LM14 instrument (Malvern).

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データ収集

回折平均測定温度: 293.15 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.5498 Å
検出器タイプ: CS-PAD CXI-2 / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5498 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→32.7 Å / Num. obs: 6052 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 1755.5 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 35.21
反射 シェル解像度: 2.56→2.651 Å / 冗長度: 351.9 % / Mean I/σ(I) obs: 8.57 / CC1/2: 0.965 / % possible all: 96.96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11_2567精密化
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5G0Z

5g0z


解像度: 2.56→32.7 Å / SU ML: 0.331465050494 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.385 / 位相誤差: 20.3617872178
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 601 9.93060145406 %Rfree from 5G0Z
Rwork0.154 ---
obs0.16 6052 99.2293818659 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 21.0136272722 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.56→32.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2031 0 0 80 2111
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002706421870682102
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5422547166552854
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0449375355728299
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00292430002288372
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.25070220061259
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.56-2.820.3031420.2061329X-RAY DIFFRACTION97.1598414795
2.82-3.220.2211580.1641337X-RAY DIFFRACTION100
3.22-4.060.1811610.1391360X-RAY DIFFRACTION100
4.06-32.70.1821400.1411425X-RAY DIFFRACTION99.8086734694

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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