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- PDB-5mn4: S. aureus FtsZ 12-316 F138A GDP Open form (1FOf) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mn4
タイトルS. aureus FtsZ 12-316 F138A GDP Open form (1FOf)
要素Cell division protein FtsZ
キーワードHYDROLASE / bacterial cell division / bacterial cytoskeleton / filamentous / gtpase
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast fission / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / cell division site / protein polymerization / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tubulin-like protein FtsZ/CetZ / Cell division protein FtsZ / Cell division protein FtsZ, conserved site / Cell division protein FtsZ, C-terminal / FtsZ family, C-terminal domain / FtsZ protein signature 1. / FtsZ protein signature 2. / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; ...Tubulin-like protein FtsZ/CetZ / Cell division protein FtsZ / Cell division protein FtsZ, conserved site / Cell division protein FtsZ, C-terminal / FtsZ family, C-terminal domain / FtsZ protein signature 1. / FtsZ protein signature 2. / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Cell division protein FtsZ
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Wagstaff, J.M. / Tsim, M. / Kureisaite-Ciziene, D. / Lowe, J.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)U105184326 英国
Wellcome Trust095514/Z/11/Z 英国
引用ジャーナル: MBio / 年: 2017
タイトル: A Polymerization-Associated Structural Switch in FtsZ That Enables Treadmilling of Model Filaments.
著者: Wagstaff, J.M. / Tsim, M. / Oliva, M.A. / Garcia-Sanchez, A. / Kureisaite-Ciziene, D. / Andreu, J.M. / Lowe, J.
履歴
登録2016年12月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月17日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division protein FtsZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0123
ポリマ－31,4511
非ポリマー5612
水4,522251
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area12890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.839, 51.116, 88.132
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.97, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Cell division protein FtsZ


分子量: 31450.535 Da / 分子数: 1 / 変異: F138A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: ftsZ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P0A031
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.8 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 12.5 % w/v PEG 1k, 12.5 % w/v PEG 3350, 12.5 % v/v MPD, 0.1 M bicine/Tris pH 8.5, 0.03 M NaF, NaBr and NaI

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.93 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 45872 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.652 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / CC1/2: 0.74 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VO8

3vo8


解像度: 1.5→41.147 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.14 / 位相誤差: 22.33
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2119 4352 4.9 %Random selection
Rwork0.1782 ---
obs0.1798 45872 94.77 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→41.147 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2187 0 36 251 2474
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092239
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1583030
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9661358
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067364
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006398
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.51710.28941440.30392858X-RAY DIFFRACTION95
1.5171-1.53490.32271270.29452734X-RAY DIFFRACTION94
1.5349-1.55360.3141370.29452776X-RAY DIFFRACTION93
1.5536-1.57330.32071150.29072904X-RAY DIFFRACTION94
1.5733-1.5940.36421390.26812751X-RAY DIFFRACTION94
1.594-1.61580.31241570.27262799X-RAY DIFFRACTION95
1.6158-1.63890.26681300.2622825X-RAY DIFFRACTION93
1.6389-1.66340.27561520.24272730X-RAY DIFFRACTION94
1.6634-1.68940.27411590.24522878X-RAY DIFFRACTION96
1.6894-1.71710.26311720.23832730X-RAY DIFFRACTION95
1.7171-1.74670.21672020.22462806X-RAY DIFFRACTION95
1.7467-1.77840.26851490.22032794X-RAY DIFFRACTION95
1.7784-1.81260.29351520.20922854X-RAY DIFFRACTION96
1.8126-1.84960.24311560.19792830X-RAY DIFFRACTION96
1.8496-1.88990.21681470.19652826X-RAY DIFFRACTION95
1.8899-1.93380.25181390.19212861X-RAY DIFFRACTION96
1.9338-1.98220.241240.18872753X-RAY DIFFRACTION91
1.9822-2.03580.22761460.1832819X-RAY DIFFRACTION96
2.0358-2.09570.21751290.18022901X-RAY DIFFRACTION96
2.0957-2.16330.16781300.16622841X-RAY DIFFRACTION96
2.1633-2.24060.22931560.17092872X-RAY DIFFRACTION96
2.2406-2.33030.22991550.16732919X-RAY DIFFRACTION97
2.3303-2.43640.20181400.17162882X-RAY DIFFRACTION97
2.4364-2.56480.20491240.16832787X-RAY DIFFRACTION93
2.5648-2.72550.20521340.15992860X-RAY DIFFRACTION97
2.7255-2.93590.19961600.16762855X-RAY DIFFRACTION96
2.9359-3.23120.17671330.15652855X-RAY DIFFRACTION96
3.2312-3.69850.16511780.15632714X-RAY DIFFRACTION92
3.6985-4.65870.16411460.1452749X-RAY DIFFRACTION93
4.6587-41.16210.24281200.16452769X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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