PDB-5mml: HYL-20k

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mml

タイトル

HYL-20k

要素

GLY-ILE-LEU-SER-SER-LEU-TRP-LYS-LYS-LEU-LYS-LYS-ILE-ILE-ALA-LYS

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / antimicrobial peptide

生物種

Hylaeus signatus (昆虫)

手法

溶液NMR

データ登録者

Hexnerova, R.

引用

ジャーナル: Pathog Dis / 年: 2017
タイトル: How proteases from Enterococcus faecalis contribute to its resistance to short alpha-helical antimicrobial peptides.
著者: Nesuta, O. / Budesinsky, M. / Hadravova, R. / Monincova, L. / Humpolickova, J. / Cerovsky, V.

履歴

登録	2016年12月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年9月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月8日	Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 2.0	2019年6月19日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_seq_map_depositor_info / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq / struct_site Item: _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id ..._atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mml.cif.gz	149.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mml.ent.gz	106.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mml.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5mml_validation.pdf.gz	507.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5mml_full_validation.pdf.gz	679.2 KB	表示
XML形式データ	5mml_validation.xml.gz	18.6 KB	表示
CIF形式データ	5mml_validation.cif.gz	23.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/5mml ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/5mml	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mmkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6f7o-d 2i9m-d 2mk7-d 2onw-1 6qxb-d 2m37-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)
その他のデータベース	BMRB: 34075HYL-20k

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GLY-ILE-LEU-SER-SER-LEU-TRP-LYS-LYS-LEU-LYS-LYS-ILE-ILE-ALA-LYS

1.83 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	30 / -
代表モデル

#1: タンパク質・ペプチド	GLY-ILE-LEU-SER-SER-LEU-TRP-LYS-LYS-LEU-LYS-LYS-ILE-ILE-ALA-LYS 分子量: 1829.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Hylaeus signatus (昆虫)

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-1H COSY
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細	タイプ: solution / 内容: 30 % CF3CD2OH trifluoroethanol, 90% H2O/10% D2O / Label: 1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 30 % / 構成要素: trifluoroethanol / Isotopic labeling: CF3CD2OH
試料状態	イオン強度: 0 Not defined / Label: 1 / pH: 4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software

名称	開発者	分類
TopSpin	Bruker Biospin	collection
TopSpin	Bruker Biospin	データ解析
Sparky	Goddard	chemical shift assignment
Sparky	Goddard	peak picking
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation

NMRアンサンブル

登録したコンフォーマーの数: 30

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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