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万見
- PDB-5mlz: Dolichyl phosphate mannose synthase in complex with GDP and Mg2+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mlz
タイトルDolichyl phosphate mannose synthase in complex with GDP and Mg2+
要素Dolichol monophosphate mannose synthase
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Dolichol phosphate mannose synthase / enzyme / integral membrane protein / protein glycosylation
機能・相同性
機能・相同性情報


dolichyl-phosphate beta-D-mannosyltransferase / dolichyl-phosphate beta-D-mannosyltransferase activity / dolichol metabolic process / dolichol-linked oligosaccharide biosynthetic process / GPI anchor biosynthetic process / protein O-linked mannosylation / polysaccharide biosynthetic process / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GtrA-like protein / DPM1-like / GtrA-like protein / Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Dolichol-phosphate mannosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Gandini, R. / Reichenbach, T. / Tan, T.C. / Divne, C.
資金援助 スウェーデン, 3件
組織認可番号国
Swedish Research Council2011-5768 スウェーデン
Swedish Research Council2013-5717 スウェーデン
Swedish Research Council2012-915 スウェーデン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structural basis for dolichylphosphate mannose biosynthesis.
著者: Gandini, R. / Reichenbach, T. / Tan, T.C. / Divne, C.
履歴
登録2016年12月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dolichol monophosphate mannose synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,79411
ポリマ－42,6851
非ポリマー2,10910
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4080 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area18540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.870, 146.210, 95.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Dolichol monophosphate mannose synthase


分子量: 42684.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal hexa-histdine tag and TEV protease cleavage site precedes the protein sequences
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (古細菌)
遺伝子: PF0058 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U4M3

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非ポリマー , 5種, 67分子

#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.84 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M potassium chloride, 0.1 M trisodium citrate (pH 5.5), 37% (v/v) pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), 50 mM Hepes (pH 7.5), 150 mM NaCl, 10% (v/v) glycerol, 0.05% LDAO, 5 mM GDP, 5 mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→42.95 Å / Num. obs: 43116 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 46.5 Å2 / Net I/σ(I): 29.2
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / CC1/2: 0.876 / Rsym value: 1.21 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2→41.016 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.3
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2571 1995 4.63 %
Rwork0.241 --
obs0.2418 43104 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→41.016 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2864 0 142 57 3063
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053079
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0514141
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3121176
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033451
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004494
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0001-2.05010.36721360.3662888X-RAY DIFFRACTION99
2.0501-2.10550.36761440.33032882X-RAY DIFFRACTION99
2.1055-2.16750.3371430.29472895X-RAY DIFFRACTION100
2.1675-2.23740.33881260.27542904X-RAY DIFFRACTION100
2.2374-2.31740.34111530.27622919X-RAY DIFFRACTION100
2.3174-2.41020.34041360.26632908X-RAY DIFFRACTION100
2.4102-2.51990.2611390.26712948X-RAY DIFFRACTION100
2.5199-2.65270.25021510.26052885X-RAY DIFFRACTION100
2.6527-2.81880.31891370.25752938X-RAY DIFFRACTION100
2.8188-3.03640.29891410.25592935X-RAY DIFFRACTION100
3.0364-3.34190.25341540.26382941X-RAY DIFFRACTION100
3.3419-3.82510.28551340.2432971X-RAY DIFFRACTION100
3.8251-4.81810.23381470.223000X-RAY DIFFRACTION100
4.8181-41.0250.20441540.20963095X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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