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- PDB-5ml3: The crystal structure of PDE6D in complex to Deltasonamide1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ml3
タイトルThe crystal structure of PDE6D in complex to Deltasonamide1
要素Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Prenyl binding protein / farnesylated KRas / plasma membrane / Arl2
機能・相同性
機能・相同性情報


ARL13B-mediated ciliary trafficking of INPP5E / GTPase inhibitor activity / response to stimulus / visual perception / cytoplasmic vesicle membrane / small GTPase binding / cilium / RAS processing / cytoplasmic vesicle / cytoskeleton ...ARL13B-mediated ciliary trafficking of INPP5E / GTPase inhibitor activity / response to stimulus / visual perception / cytoplasmic vesicle membrane / small GTPase binding / cilium / RAS processing / cytoplasmic vesicle / cytoskeleton / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
GMP phosphodiesterase, delta subunit / Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3', 5'-cyclic phosphodiesterase, delta subunit / GMP phosphodiesterase, delta subunit / GMP phosphodiesterase, delta subunit superfamily / GMP-PDE, delta subunit / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Distorted Sandwich / Immunoglobulin E-set / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DL3 / Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Fansa, E.K. / Martin-Gago, P. / Waldmann, H. / Wittinghofer, A.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
SFBSFB 642 ドイツ
European Research CouncilERC Grant 268782 ドイツ
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2017
タイトル: A PDE6 delta-KRas Inhibitor Chemotype with up to Seven H-Bonds and Picomolar Affinity that Prevents Efficient Inhibitor Release by Arl2.
著者: Martin-Gago, P. / Fansa, E.K. / Klein, C.H. / Murarka, S. / Janning, P. / Schurmann, M. / Metz, M. / Ismail, S. / Schultz-Fademrecht, C. / Baumann, M. / Bastiaens, P.I. / Wittinghofer, A. / Waldmann, H.
履歴
登録2016年12月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月22日Group: Database references
改定 1.22024年1月17日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9572
ポリマ－17,3101
非ポリマー6471
水3,243180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.010, 56.010, 115.090
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta / GMP-PDE delta / Protein p17


分子量: 17309.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE6D, PDED / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43924
#2: 化合物 ChemComp-DL3 / ~{N}1-[(4-chlorophenyl)methyl]-~{N}1-cyclopentyl-~{N}4-[[2-(methylamino)pyrimidin-4-yl]methyl]-~{N}4-(piperidin-4-ylmethyl)benzene-1,4-disulfonamide


分子量: 647.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H39ClN6O4S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.2 M NaOAc, 0.1 M Na3Cit, pH 5.5, 10 % PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→44.7 Å / Num. obs: 39854 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 1.4→1.5 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3T5G

3t5g


解像度: 1.4→44.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 0.908 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.056
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2034 2098 5 %RANDOM
Rwork0.1891 ---
obs0.1898 39854 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 61.31 Å2 / Biso mean: 20.788 Å2 / Biso min: 10.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.36 Å20.36 Å2-0 Å2
2--0.36 Å2-0 Å2
3----1.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→44.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1193 0 43 180 1416
Biso mean--21.73 33.46 -
残基数----149
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.021320
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021276
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6651.9851792
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9983.0132934
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0395159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.2622.95161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.86115235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3451512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2195
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021460
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02328
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 153 -
Rwork0.267 2902 -
all-3055 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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