[日本語] English
万見
- PDB-5mkg: PA3825-EAL Ca-CdG Structure -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mkg
タイトルPA3825-EAL Ca-CdG Structure
要素(Diguanylate phosphodiesterase) x 2
キーワードHYDROLASE / EAL / Phosphodiesterase / biofilm formation / P Aeruginosa / PA3825
機能・相同性EAL domain / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / Chem-C2E / :
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Horrell, S. / Bellini, D. / Strange, R. / Wagner, A. / Walsh, M.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Dimerisation induced formation of the active site and the identification of three metal sites in EAL-phosphodiesterases.
著者: Bellini, D. / Horrell, S. / Hutchin, A. / Phippen, C.W. / Strange, R.W. / Cai, Y. / Wagner, A. / Webb, J.S. / Tews, I. / Walsh, M.A.
履歴
登録2016年12月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月1日Group: Database references
置き換え2019年5月8日ID: 4Y9O
改定 1.22019年5月8日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_data_processing_status / pdbx_database_PDB_obs_spr ...pdbx_data_processing_status / pdbx_database_PDB_obs_spr / pdbx_database_proc / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.32019年7月3日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: database_PDB_remark / entity_src_gen
Item: _database_PDB_remark.text / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._database_PDB_remark.text / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42024年6月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Diguanylate phosphodiesterase
B: Diguanylate phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,28311
ポリマ－56,6222
非ポリマー1,6619
水1,36976
1
A: Diguanylate phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2215
ポリマ－28,4101
非ポリマー8114
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Diguanylate phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0626
ポリマ－28,2111
非ポリマー8515
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.230, 59.400, 92.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.030, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _ / Auth seq-ID: 6 - 259

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
1AA2 - 255
2BB1 - 254

-
要素

#1: タンパク質 Diguanylate phosphodiesterase


分子量: 28410.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: AO964_02925 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): LEMO21 / 参照: UniProt: A0A140SMD7
#2: タンパク質 Diguanylate phosphodiesterase


分子量: 28211.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: AO964_02925 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): LEMO21 / 参照: UniProt: A0A140SMD7
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 6-11% iso-propanol, 0.1 M Mes pH 6.5, 0.1 M sodium acetate pH 4.5 and 0.2 M calcium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→51.29 Å / Num. obs: 20405 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 17.3 / Num. measured all: 91744 / Scaling rejects: 0
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.44-2.54.80.8410.774199
10.91-51.294.30.0190.999195.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.2.17データスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
xia2データ削減
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.44→51.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 12.206 / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.683 / ESU R Free: 0.327 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 1060 5.2 %RANDOM
Rwork0.2377 ---
obs0.2401 19345 98.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 117.07 Å2 / Biso mean: 59.8 Å2 / Biso min: 28.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.42 Å20 Å2-0.99 Å2
2--1.81 Å2-0 Å2
3---1.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.44→51.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3891 0 99 76 4066
Biso mean--46.53 53.05 -
残基数----497
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0194074
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023807
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3732.0155545
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93338804
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1095493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.90623.315184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.92215675
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9281536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2624
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214467
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02833
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 13986 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.44→2.503 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 71 -
Rwork0.326 1420 -
all-1491 -
obs--98.94 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る