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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5mjx | ||||||||||||||||||||
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タイトル | 2'F-ANA/DNA Chimeric TBA Quadruplex structure | ||||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / 2'F-ANA/DNA TBA Structure / Structure from MOLMOL | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | 溶液NMR / molecular dynamics | データ登録者 | Lietard, J. / Abou Assi, H. / Gomez-Pinto, I. / Gonzalez, C. / Somoza, M.M. / Damha, M.J. | 引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017 | タイトル: Mapping the affinity landscape of Thrombin-binding aptamers on 2 F-ANA/DNA chimeric G-Quadruplex microarrays. 著者: Lietard, J. / Abou Assi, H. / Gomez-Pinto, I. / Gonzalez, C. / Somoza, M.M. / Damha, M.J. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5mjx.cif.gz | 99.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5mjx.ent.gz | 80.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5mjx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5mjx_validation.pdf.gz | 400 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5mjx_full_validation.pdf.gz | 581.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5mjx_validation.xml.gz | 29.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5mjx_validation.cif.gz | 23.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/5mjx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/5mjx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 4761.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 1.0 mg/mL DNA (5'-D(*GP*GP*(FT)P*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*G)-3'), 90% H2O/10% D2O Label: 1H_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 濃度: 1.0 mg/mL 構成要素: DNA (5'-D(*GP*GP*(FT)P*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*G)-3') Isotopic labeling: natural abundance |
試料状態 | 詳細: 10mM NaPi, 25mM KCl / イオン強度: 10mM NaPi, 25mM KCl mM / Label: condicions_1 / pH: 7.0 / 圧: 1 atm / 温度: 279.6 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: minimized average structure | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 15 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |