PDB-5mjw: Structure of Psb29 at 1.55A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mjw

タイトル

Structure of Psb29 at 1.55A

要素

Protein Thf1

キーワード

PHOTOSYNTHESIS / photosystem II FtsH

機能・相同性

Protein Thf1 / Thylakoid formation protein / plasma membrane-derived thylakoid photosystem II / photosystem II assembly / Protein Thf1

機能・相同性情報

生物種

Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.47 Å

データ登録者

Murray, J.W. / Kozlo, A.

引用

ジャーナル: Philos. Trans. R. Soc. Lond., B, Biol. Sci.
年: 2017
タイトル: Structure of Psb29/Thf1 and its association with the FtsH protease complex involved in photosystem II repair in cyanobacteria.
著者: Bec Kova, M. / Yu, J. / Krynicka, V. / Kozlo, A. / Shao, S. / Konik, P. / Komenda, J. / Murray, J.W. / Nixon, P.J.

履歴

登録	2016年12月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mjw.cif.gz	95.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mjw.ent.gz	72.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mjw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5mjw_validation.pdf.gz	430.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5mjw_full_validation.pdf.gz	430.9 KB	表示
XML形式データ	5mjw_validation.xml.gz	8.6 KB	表示
CIF形式データ	5mjw_validation.cif.gz	10.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/5mjw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/5mjw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mjoSC 5mjrC 5mlfC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3vmq-1 3vmt-2 3vmq-2 3vh7-d 4dk2-d 4l8o-d 2dum-1 1kld-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein Thf1

27.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.850, 86.610, 116.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Protein Thf1 分子量: 27268.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 遺伝子: thf1, tlr1134 / プラスミド: pRSETa modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KRX / 参照: UniProt: Q8DJT8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.16 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2M sodium malonate, pH 7, 20% w/v/ PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.47→55.26 Å / Num. obs: 11662 / % possible obs: 99.64 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.34 % / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/av σ(I): 16.5176 / Net I/σ(I): 6.2893
反射シェル	解像度: 2.47→2.53 Å / 冗長度: 6.45 % / R_merge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 0.67 / % possible all: 98.77

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5MJO

5mjo

解像度: 2.47→55.26 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 18.463 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.315 / ESU R Free: 0.237 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24978	555	4.8 %	RANDOM
R_work	0.2176	-	-	-
obs	0.21913	11106	99.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 75.277 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.42 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.47→55.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1578	0	0	7	1585

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	1613
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1490
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.191	1.961	2186
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.932	3	3451
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.205	5	194
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.098	23.81	84
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.928	15	276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.445	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	242
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	1786
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	332
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.011	4.413	779
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.011	4.41	778
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.687	6.617	972
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.687	6.62	973
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.925	4.521	834
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.925	4.516	832
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.595	6.741	1214
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.963	51.558	1765
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.962	51.582	1766
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.47→2.534 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.328	39	-
R_work	0.267	795	-
obs	-	-	98.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.2691	-1.8498	-7.689	6.4835	4.4213	21.7635	0.1928	-0.0069	0.1562	-0.2481	-0.0994	0.0811	-0.2122	0.0698	-0.0934	0.2287	-0.037	0.0157	0.0139	0.0083	0.0545	2.411	-5.383	11.205
2	5.8025	-0.289	3.786	3.5677	-1.2937	25.6877	-0.016	0.2081	-0.1527	0.002	0.0543	-0.0133	0.2579	0.1227	-0.0383	0.2166	0.0175	0.0114	0.0203	-0.0317	0.0751	-2.036	-14.844	-17.117
3	3.019	0.5117	2.7917	3.5423	2.7504	10.6085	0.1102	-0.3241	-0.2118	0.698	0.0084	0.4146	0.6925	-0.5492	-0.1186	0.3631	-0.0329	0.0744	0.2886	-0.0041	0.1199	-12.076	-19.273	-12.433
4	8.5323	3.3613	4.9266	6.9749	1.6857	5.7476	0.3421	0.0622	0.1859	0.3784	-0.3508	0.664	-0.252	-0.8827	0.0086	0.3388	0.1887	0.1082	0.4196	0.0037	0.1893	-13.286	-10.186	-13.433
5	7.0496	2.4258	6.3074	7.2549	2.0371	6.5353	0.5771	-0.793	-0.5885	0.1526	0.1075	0.2528	0.5215	-0.5941	-0.6845	0.139	-0.1306	-0.1028	0.2842	0.0801	0.2731	-22.397	-26.974	-27.87
6	13.681	4.4599	2.0694	9.9112	-1.1764	4.4877	0.4305	-0.5924	-0.2061	-0.0465	0.0315	0.1786	0.5445	-0.3862	-0.462	0.2475	-0.0385	-0.1046	0.1941	-0.0116	0.0772	-11.841	-27.49	-23.802
7	71.6767	8.4461	-25.4158	9.7245	-11.6618	17.626	-0.6534	0.0193	-0.5609	-0.0978	0.5432	0.0189	0.2555	-0.4514	0.1102	1.2718	-0.1509	-0.2766	1.0335	0.0706	0.9501	-11.18	-41.09	-22.21
8	9.4603	0.9996	4.3144	8.2147	-0.2187	9.1727	0.5531	0.9417	-1.1387	-0.8349	0.4254	-0.2398	1.0495	-0.1541	-0.9785	0.6253	-0.0614	-0.1856	0.2239	-0.1256	0.2935	-9.625	-33.788	-32.225
9	5.8504	-4.2371	6.9289	3.0925	-5.4551	34.6758	0.7409	-0.2377	-0.3782	-0.5144	0.1491	0.1677	1.3489	0.9362	-0.89	0.5139	0.0022	-0.0868	0.1841	-0.0568	0.9371	-2.747	-31.87	-20.8
10	6.7048	-6.1407	-5.8748	14.1251	14.0522	50.356	-0.5283	-0.0338	-0.0093	0.3833	0.0888	0.7213	-0.2656	-1.1816	0.4395	0.3575	0.0404	-0.1156	0.3588	0.0122	0.3449	-4.808	-30.184	0.133

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 22
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	23 - 47
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	48 - 72
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	73 - 90
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	91 - 126
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	127 - 149
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	150 - 156
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	157 - 170
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	171 - 182
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	183 - 198

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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