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- PDB-5miy: Crystal structure of the E3 ubiquitin ligase RavN from Legionella... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5miy
タイトルCrystal structure of the E3 ubiquitin ligase RavN from Legionella pneumophila
要素E3 ubiquitin ligase RavN
キーワードLIGASE / Legionella effector / E3 ubiquitin ligase / UNKNOWN FUNCTION
機能・相同性Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.717 Å
データ登録者Lucas, M. / Abascal-Palacios, G. / Rojas, A.L. / Hierro, A.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2014-59759-R スペイン
引用ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2018
タイトル: RavN is a member of a previously unrecognized group of Legionella pneumophila E3 ubiquitin ligases.
著者: Lin, Y.H. / Lucas, M. / Evans, T.R. / Abascal-Palacios, G. / Doms, A.G. / Beauchene, N.A. / Rojas, A.L. / Hierro, A. / Machner, M.P.
履歴
登録2016年11月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin ligase RavN
B: E3 ubiquitin ligase RavN
C: E3 ubiquitin ligase RavN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,30825
ポリマ－43,6573
非ポリマー1,65122
水4,270237
1
A: E3 ubiquitin ligase RavN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1079
ポリマ－14,5521
非ポリマー5548
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: E3 ubiquitin ligase RavN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1578
ポリマ－14,5521
非ポリマー6047
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: E3 ubiquitin ligase RavN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0458
ポリマ－14,5521
非ポリマー4927
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.160, 177.010, 79.450
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-388-

HOH

21B-391-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin ligase RavN


分子量: 14552.272 Da / 分子数: 3 / 断片: Residues 1-123 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
遺伝子: ERS253249_02460 / プラスミド: pGST-Parallel2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A130MLL2, ubiquitin-protein ligase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.24 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 1.5 M Ammonium sulphate, 0.1 M NaCitrate pH 5.4 and 0.2 M K/Na Tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97887 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月2日
放射モノクロメーター: Si(111) channel-cut, cryocooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97887 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→47.969 Å / Num. obs: 85768 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.228 % / Biso Wilson estimate: 31.64 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 1.065 / Net I/σ(I): 24.57 / Num. measured all: 1134512
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.72-1.8212.7410.8743.1417248413730135380.7190.9198.6
1.82-1.9513.3470.6394.8617295312959129580.9260.664100
1.95-2.113.5270.3569.1516347012085120850.9850.37100
2.1-2.313.4740.19415.9214978711117111170.9950.201100
2.3-2.5713.4810.11125.2113647010124101230.9980.115100
2.57-2.9713.4710.06439.08120392893789370.9990.067100
2.97-3.6313.3380.04157.91101545761476130.9990.042100
3.63-5.1212.6650.03470.7975409595559540.9990.035100
5.12-47.96912.1990.03271.8442002346634430.9990.03399.3

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位相決定

位相決定手法: 単一同系置換・異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
XSCALEデータスケーリング
SHELX位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XSCALEデータ削減
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.717→46.357 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1949 4287 5 %
Rwork0.1607 81455 -
obs0.1624 85742 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 107.85 Å2 / Biso mean: 48.0344 Å2 / Biso min: 21.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.717→46.357 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2997 0 89 237 3323
Biso mean--69.03 57.19 -
残基数----372
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.717-1.73610.37111330.34082529266293
1.7361-1.75660.30791410.296226632804100
1.7566-1.7780.29721410.278926792820100
1.778-1.80050.29651410.26126972838100
1.8005-1.82420.31271410.239426742815100
1.8242-1.84920.30361450.225827492894100
1.8492-1.87560.26531400.221926662806100
1.8756-1.90360.22341430.196827082851100
1.9036-1.93330.22471410.192126872828100
1.9333-1.9650.22921440.176427202864100
1.965-1.99890.19661400.173626882828100
1.9989-2.03530.2171430.174727112854100
2.0353-2.07440.21161410.158226762817100
2.0744-2.11670.1871420.147327122854100
2.1167-2.16280.17851440.148727352879100
2.1628-2.21310.171420.150726872829100
2.2131-2.26840.19211430.158727172860100
2.2684-2.32980.21891420.159427042846100
2.3298-2.39830.21111440.161327382882100
2.3983-2.47570.20931430.1627102853100
2.4757-2.56420.23321430.169827082851100
2.5642-2.66690.19431420.153427132855100
2.6669-2.78820.19211440.171727302874100
2.7882-2.93520.20081450.166727612906100
2.9352-3.11910.21391430.185427182861100
3.1191-3.35980.20351450.160327512896100
3.3598-3.69780.1811450.149627462891100
3.6978-4.23260.14531470.135527952942100
4.2326-5.33130.17721470.131827912938100
5.3313-46.37360.18191520.15812892304499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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