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万見
- PDB-5mil: Pirating conserved phage mechanisms promotes promiscuous staphylo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mil
タイトルPirating conserved phage mechanisms promotes promiscuous staphylococcal pathogenicity islands transfer.
要素DUTPase family protein
キーワードHYDROLASE / dUTPase / dimeric dUTPase / Deoxyuridine triphosphatase
機能・相同性Dimeric dUTPase Dut-like / dUTPase/dCTP pyrophosphatase / dUTPase / 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE / : / ORF026
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Donderis, J. / Marina, A. / Penades, J.R.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Pirating conserved phage mechanisms promotes promiscuous staphylococcal pathogenicity island transfer.
著者: Bowring, J. / Neamah, M.M. / Donderis, J. / Mir-Sanchis, I. / Alite, C. / Ciges-Tomas, J.R. / Maiques, E. / Medmedov, I. / Marina, A. / Penades, J.R.
履歴
登録2016年11月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DUTPase family protein
B: DUTPase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8228
ポリマ－45,7902
非ポリマー1,0326
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4560 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area13420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.470, 88.840, 54.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.68, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 DUTPase family protein


分子量: 22895.021 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: SAMEA2445607_02743 / プラスミド: pET28a / 詳細 (発現宿主): His-tag in N-terminus / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A163S774, UniProt: Q4ZDP4*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-DUP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE / α,β-イミノ-dUTP


分子量: 467.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O13P3
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.01 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M magnesium chloride, 0.1M Tris pH8.5, 20% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97928 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97928 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→54.13 Å / Num. obs: 18124 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / Rmerge(I) obs: 0.308 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→28.839 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 25.19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2442 979 5.41 %
Rwork0.186 --
obs0.1892 18094 97.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→28.839 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2372 0 60 74 2506
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082476
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1383379
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.988851
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044389
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006426
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.21070.27481440.19872418X-RAY DIFFRACTION98
2.2107-2.34920.32971260.20732453X-RAY DIFFRACTION98
2.3492-2.53050.26091220.19962416X-RAY DIFFRACTION97
2.5305-2.78490.23221700.20592394X-RAY DIFFRACTION97
2.7849-3.18750.29711350.20812481X-RAY DIFFRACTION99
3.1875-4.01410.22751360.17192463X-RAY DIFFRACTION98
4.0141-28.84160.20741460.16632490X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.16230.14460.13120.39150.12810.84320.0397-0.11470.17710.0659-0.10570.03080.0413-0.2014-0.02170.1340.0131-0.00370.1469-0.0480.189623.573130.778145.9666
20.11730.0077-0.15210.0003-0.00620.19810.0335-0.18410.1113-0.0152-0.1361-0.1589-0.0072-0.0063-0.02070.4869-0.03210.06940.2831-0.19940.202236.104744.298551.9771
30.1728-0.12880.33940.8607-0.12990.68850.2693-0.18550.0607-0.4110.0377-0.6306-0.09520.45720.22430.2075-0.05620.07170.3461-0.08880.445436.300128.412238.7286
40.1357-0.2736-0.15430.69910.53180.3907-0.0589-0.37690.35-0.1519-0.06380.1037-0.3378-0.3580.01880.10690.0175-0.02810.3365-0.06310.217921.436936.402247.0728
50.3897-0.0184-0.03580.01110.03140.08270.00220.3545-0.29560.1213-0.220.20150.09-0.2247-0.03920.5268-0.0440.0440.3135-0.0740.285423.40823.619824.7471
60.1367-0.0010.06720.17510.0520.0470.1761-0.07520.0723-0.082-0.13460.0444-0.19970.1080.01050.1491-0.03250.01680.1401-0.02920.14223.66316.596742.6412
70.0384-0.04410.06070.124-0.09470.08720.03730.0552-0.21-0.05010.01780.04960.1512-0.0703-0.00030.2421-0.00790.01450.1987-0.00050.198522.3649.17133.5343
80.7033-0.0623-0.20160.0171-0.00960.11830.36570.05460.13580.12310.0667-0.1924-0.01390.18280.05070.5355-0.0485-0.01830.2514-0.10040.308735.2492-2.112528.6154
90.0681-0.0902-0.0560.18470.08520.04850.3092-0.12960.059-0.1146-0.14850.0350.06780.21420.00190.4418-0.0221-0.11180.5662-0.0170.459432.5994.132446.7845
100.26050.24150.07650.32810.21330.22750.0139-0.45940.12840.1521-0.3118-0.35020.2319-0.0729-0.04060.15880.05340.00070.31120.03570.276437.274214.668640.1758
110.63640.3539-0.69010.2921-0.1291.4091-0.19990.036-0.263-0.0482-0.0972-0.01720.3489-0.1635-0.69680.2506-0.0122-0.00890.1953-0.04220.14520.68514.714134.257
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 82 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 83 through 96 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 97 through 121 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 122 through 160 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 3 through 28 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 29 through 60 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 61 through 81 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 82 through 95 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 96 through 106 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 107 through 121 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 122 through 158 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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