PDB-5mif: Crystal structure of carboxyl esterase 2 (TmelEST2) from mycorrhi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mif

タイトル

Crystal structure of carboxyl esterase 2 (TmelEST2) from mycorrhizal fungus Tuber melanosporum

要素

'Carboxyl esterase 2

キーワード

HYDROLASE / lipase alpha/beta hydrolase fold archaebacterial-like enzymes

機能・相同性

Alpha/beta hydrolase fold-3 / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / (Perigord truffle) hypothetical protein

機能・相同性情報

生物種

Tuber melanosporum Mel28 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.141 Å

データ登録者

Zanotti, G. / Vallese, F. / Cavazzini, D. / Ottonello, S.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: A family of archaea-like carboxylesterases preferentially expressed in the symbiotic phase of the mycorrhizal fungus Tuber melanosporum.
著者: Cavazzini, D. / Grossi, G. / Levati, E. / Vallese, F. / Montanini, B. / Bolchi, A. / Zanotti, G. / Ottonello, S.

履歴

登録	2016年11月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月30日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / Item: _audit_author.name / _citation.title
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mif.cif.gz	254.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mif.ent.gz	204.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mif.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5mif_validation.pdf.gz	958.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5mif_full_validation.pdf.gz	982.5 KB	表示
XML形式データ	5mif_validation.xml.gz	50.8 KB	表示
CIF形式データ	5mif_validation.cif.gz	72.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/5mif ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/5mif	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5miiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6rky-2 1hfb-2 3w2j-d 1jrc-d 3w9b-1 6rky-1 4jd4-d 2ik2-2 3w7k-d 5mii-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 'Carboxyl esterase 2

B: 'Carboxyl esterase 2

C: 'Carboxyl esterase 2

D: 'Carboxyl esterase 2

ヘテロ分子

150 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 'Carboxyl esterase 2

C: 'Carboxyl esterase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 'Carboxyl esterase 2

D: 'Carboxyl esterase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	158.898, 158.898, 226.809
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-504- HOH

#1: タンパク質	'Carboxyl esterase 2 分子量: 37443.684 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tuber melanosporum Mel28 (菌類) / 遺伝子: GSTUM_00003552001 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus RIL / 参照: UniProt: D5GA36
#2: 化合物	ChemComp-TRT / FRAGMENT OF TRITON X-100 / 1-{2-[2-(2-METHOXYETHOXY)ETHOXY]ETHOXY}-4-(1,1,3,3-TETRAMETHYLBUTYL)BENZENE 分子量: 352.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆O₄ / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 692 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 18 mg/ml in 25 mM Tris-HCl pH 8.0, 0.1M NaCl, 2% v/v Triton X-100) and 20% polyethylene glycol 3350 in 0.2 M KNO3 (pH 6.0)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.14→47.28 Å / Num. obs: 93001 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.1 % / R_merge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 71.46
反射シェル	解像度: 2.14→2.26 Å / 冗長度: 10.6 % / R_merge(I) obs: 0.711 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1647	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: in house

解像度: 2.141→47.276 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.95

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2077	8795	4.99 %	Random selection
R_work	0.1805	-	-	-
obs	0.1819	176177	99.79 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.141→47.276 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9227	0	50	692	9969

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	9505
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.159	12929
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.007	3497
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	1454
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1672

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1407-2.165	0.3022	285	0.2635	5289	X-RAY DIFFRACTION	94
2.165-2.1905	0.2783	291	0.2517	5596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1905-2.2172	0.271	297	0.2431	5608	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2172-2.2453	0.2895	292	0.242	5571	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2453-2.2748	0.2899	296	0.2309	5617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2748-2.306	0.2536	292	0.2281	5585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.306-2.3389	0.2809	296	0.2205	5551	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3389-2.3738	0.2282	292	0.217	5613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3738-2.4109	0.2641	302	0.2172	5613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4109-2.4504	0.2539	292	0.2038	5543	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4504-2.4927	0.2558	288	0.2217	5598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4927-2.538	0.2345	287	0.2205	5603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.538-2.5868	0.2237	296	0.2054	5583	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5868-2.6396	0.2613	292	0.2028	5625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6396-2.697	0.2355	296	0.2017	5580	X-RAY DIFFRACTION	100
2.697-2.7597	0.2529	290	0.1893	5565	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7597-2.8287	0.2179	294	0.2031	5596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8287-2.9052	0.2369	294	0.2114	5561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9052-2.9907	0.233	291	0.2055	5612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9907-3.0872	0.2478	294	0.2119	5564	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0872-3.1975	0.2657	297	0.2082	5600	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1975-3.3255	0.2307	294	0.2012	5602	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3255-3.4768	0.2249	297	0.1857	5585	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4768-3.6601	0.1953	288	0.1848	5579	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6601-3.8893	0.217	288	0.1719	5617	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8893-4.1894	0.1719	300	0.1487	5604	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1894-4.6107	0.1468	293	0.1328	5561	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6107-5.2771	0.1623	293	0.1363	5592	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2771-6.6456	0.1627	297	0.1484	5599	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6456-47.288	0.1535	291	0.1489	5570	X-RAY DIFFRACTION	99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)