PDB-5mi5: BtGH84 mutant with covalent modification by MA3 in complex with PUGNAc

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mi5

タイトル

BtGH84 mutant with covalent modification by MA3 in complex with PUGNAc

要素

O-GlcNAcase BT_4395

キーワード

HYDROLASE / activator

機能・相同性

機能・相同性情報

protein O-GlcNAcase / protein deglycosylation / [protein]-3-O-(N-acetyl-D-glucosaminyl)-L-serine/L-threonine O-N-acetyl-alpha-D-glucosaminase activity / beta-N-acetylglucosaminidase activity / carbohydrate metabolic process / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Darby, J.F. / Davies, G.J. / Hubbard, R.E.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2017
タイトル: Increase of enzyme activity through specific covalent modification with fragments.
著者: Darby, J.F. / Atobe, M. / Firth, J.D. / Bond, P. / Davies, G.J. / O'Brien, P. / Hubbard, R.E.

履歴

登録	2016年11月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mi5.cif.gz	297.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mi5.ent.gz	237.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mi5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/5mi5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/5mi5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mi4C 5mi6C 5mi7C 2choS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mi6-d 5fl0-2 5mi7-d 4ur9-2 5abh-2 5abg-2 5abg-1 5abe-1 5abh-1 5abf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (9)

登録構造単位

A: O-GlcNAcase BT_4395

ヘテロ分子

84.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	198.221, 52.120, 112.779
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.24, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	O-GlcNAcase BT_4395 / Beta-N-acetylglucosaminidase / Beta-N-acetylhexosaminidase / Beta-hexosaminidase / Hexosaminidase B ...Beta-N-acetylglucosaminidase / Beta-N-acetylhexosaminidase / Beta-hexosaminidase / Hexosaminidase B / N-acetyl-beta-glucosaminidase 分子量: 83601.453 Da / 分子数: 1 / 変異: C420S, Y550C, C654S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア) 株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_4395 / プラスミド: YSBLLICPET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) 参照: UniProt: Q89ZI2, protein O-GlcNAcase, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 化合物	ChemComp-OAN / O-(2-ACETAMIDO-2-DEOXY D-GLUCOPYRANOSYLIDENE) AMINO-N-PHENYLCARBAMATE / PUGNAc / PUGNAc 分子量: 353.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₉N₃O₇ / コメント: 阻害剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-7NQ / ~{N}-(4-ethoxyquinazolin-2-yl)propanamide 分子量: 245.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₅N₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.58 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 4% PEG 8K, 125mM Imidazole, 3% TMAO, 15% ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月1日
放射	モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→51.815 Å / Num. obs: 58090 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.9 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 4.3
反射シェル	解像度: 2.15→2.21 Å / R_merge(I) obs: 0.588

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2CHO

2cho

解像度: 2.15→51.815 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.53 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2717	5498	5.01 %
R_work	0.2326	-	-
obs	0.2345	58090	97.24 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→51.815 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5485	0	44	252	5781

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	5667
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.634	7666
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.983	4787
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	814
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	989

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1501-2.1745	0.4429	184	0.4292	3546	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1745-2.2001	0.3968	202	0.4056	3347	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2001-2.2269	0.4385	196	0.374	3451	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2269-2.2551	0.4042	195	0.3766	3461	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2551-2.2848	0.3863	188	0.3721	3422	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2848-2.3161	0.3264	187	0.3484	3418	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3161-2.3492	0.4133	174	0.3227	3530	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3492-2.3842	0.3751	207	0.3244	3468	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3842-2.4215	0.3207	176	0.3209	3365	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4215-2.4612	0.3694	171	0.3113	3388	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4612-2.5036	0.3426	155	0.3013	3447	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5036-2.5491	0.368	195	0.286	3411	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5491-2.5982	0.2881	173	0.2687	3489	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5982-2.6512	0.3512	197	0.2641	3448	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6512-2.7088	0.3316	168	0.2562	3525	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7088-2.7719	0.2698	181	0.2566	3502	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7719-2.8412	0.2335	170	0.2284	3521	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8412-2.918	0.3074	164	0.2307	3517	X-RAY DIFFRACTION	97
2.918-3.0038	0.2602	209	0.2356	3473	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0038-3.1008	0.2934	182	0.228	3480	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1008-3.2116	0.2616	206	0.2209	3388	X-RAY DIFFRACTION	96
3.2116-3.3402	0.2541	202	0.2346	3479	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3402-3.4921	0.2641	164	0.2304	3554	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4921-3.6762	0.2506	156	0.1961	3534	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6762-3.9065	0.2003	185	0.1841	3533	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9065-4.208	0.2083	197	0.1892	3519	X-RAY DIFFRACTION	99
4.208-4.6312	0.2171	191	0.1703	3457	X-RAY DIFFRACTION	97
4.6312-5.3008	0.2452	173	0.1717	3512	X-RAY DIFFRACTION	98
5.3008-6.6761	0.2419	186	0.2047	3556	X-RAY DIFFRACTION	99
6.6761-51.8299	0.2031	164	0.1815	3521	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9894	-0.1185	-0.0079	2.016	0.2457	2.1169	0.1301	-0.2156	-0.1198	0.3139	-0.0994	0.0085	0.1047	-0.3101	-0.0554	0.5379	-0.0362	-0.1226	0.3354	0.041	0.2757	15.2049	-4.3992	47.7601
2	0.9162	0.3358	0.1492	1.4015	0.3002	0.9724	0.0078	0.0376	-0.0516	-0.0286	0.0093	-0.2537	-0.0399	0.1234	-0.0124	0.1815	0.0086	0.0184	0.2449	-0.0036	0.2499	30.0548	8.6293	22.4968
3	0.9712	0.377	0.2654	1.2143	0.3245	1.3014	0.1631	0.0516	-0.1693	-0.1895	0.0013	-0.0751	0.477	0.035	-0.1505	0.421	0.0639	-0.0865	0.2372	0.0035	0.2585	11.9649	-17.2697	5.254
4	0.3573	0.0506	0.061	1.6596	-0.3017	0.663	-0.0224	0.1338	0.0487	-0.5044	0.0491	-0.3046	0.0752	0.1252	0.0034	0.3641	0.0583	0.0631	0.3375	-0.0203	0.3037	15.666	-8.3589	-12.3214
5	0.8817	-0.159	0.0656	0.6041	0.2281	0.1067	0.0499	0.1677	0.0291	-0.6949	-0.1634	-0.64	-0.0902	0.4674	-0.092	0.7615	0.0161	0.3761	0.9081	0.1086	0.8602	27.1509	9.1265	-24.5512
6	2.3972	-1.1555	0.5357	3.9643	-0.2246	2.0312	-0.06	-0.2271	-0.1	-0.0023	0.0777	-0.2854	0.0597	0.2927	0.0321	0.3337	-0.0185	0.2406	0.5725	0.0091	0.7033	21.2713	8.1767	-15.0743

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 4:128)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 129:407)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 408:523)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 524:645)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 646:707)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 708:715)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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