PDB-5mhm: FXIIIa in complex with the inhibitor ZED1630

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mhm

タイトル

FXIIIa in complex with the inhibitor ZED1630

要素

Coagulation factor XIII A chain
inhibitor ZED1630

キーワード

HYDROLASE / factor XIII / inhibition / transglutaminase

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-glutamine gamma-glutamyltransferase / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / transferase complex / peptide cross-linking / blood coagulation, fibrin clot formation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / platelet alpha granule lumen / blood coagulation / Platelet degranulation / : ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.12 Å

データ登録者

Stieler, M. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: FXIIIa in complex with the inhibitor Mi0621
著者: Stieler, M. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2016年11月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / struct_conn / struct_conn_type Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 2.1	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mhm.cif.gz	570.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mhm.ent.gz	464.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mhm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5mhm_validation.pdf.gz	485.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5mhm_full_validation.pdf.gz	494.5 KB	表示
XML形式データ	5mhm_validation.xml.gz	56.7 KB	表示
CIF形式データ	5mhm_validation.cif.gz	82.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/5mhm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/5mhm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mhlC 5mhnC 4kty C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mhn-2 4kty-1 5mhn-1 5mhl-1 6u2k-d 5iuk-1 4kty-2 5izv-4 5iuj-2 5mho-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (14) #25 - 2002年1月トロンビン (Thrombin) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Coagulation factor XIII A chain

B: Coagulation factor XIII A chain

H: inhibitor ZED1630

O: inhibitor ZED1630

ヘテロ分子

172 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Coagulation factor XIII A chain

H: inhibitor ZED1630

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
85.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Coagulation factor XIII A chain

O: inhibitor ZED1630

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
85.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.912, 80.715, 103.190
Angle α, β, γ (deg.)	88.44, 76.60, 81.79
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABHO

#1: タンパク質	Coagulation factor XIII A chain / Coagulation factor XIIIa / Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase A chain / Transglutaminase A chain 分子量: 84206.039 Da / 分子数: 2 / 変異: T649I, Q651E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F13A1, F13A 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P00488, protein-glutamine gamma-glutamyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド	inhibitor ZED1630 分子量: 935.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

#1: タンパク質

Coagulation factor XIII A chain / Coagulation factor XIIIa / Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase A chain / Transglutaminase A chain

分子量: 84206.039 Da / 分子数: 2 / 変異: T649I, Q651E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F13A1, F13A
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P00488, protein-glutamine gamma-glutamyltransferase

#2: タンパク質・ペプチド

inhibitor ZED1630

分子量: 935.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 860分子

#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 841 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.4 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 170 mM ammonium sulfate, 85 mM sodium cacodylate, 25.5 % PEG8000, 15 % glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.12→25 Å / Num. obs: 97508 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.2 % / R_sym value: 0.083 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 2.12→2.17 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 94.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

解像度: 2.12→24.88 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.07

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.213	4899	5.03 %	Random selection
R_work	0.17	-	-	-
obs	0.172	97449	96.9 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.12→24.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10788	0	69	841	11698

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	11209
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.043	15216
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.807	6633
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	1681
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2005

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1175-2.1416	0.3284	129	0.245	2790	X-RAY DIFFRACTION	88
2.1416-2.1668	0.2693	162	0.2329	3007	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1668-2.1932	0.2674	167	0.2312	3096	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1932-2.2209	0.2472	160	0.2254	2981	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2209-2.2501	0.2659	177	0.2089	3077	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2501-2.2809	0.2835	171	0.2087	3036	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2809-2.3135	0.2444	180	0.2006	3069	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3135-2.348	0.2596	140	0.2019	3134	X-RAY DIFFRACTION	97
2.348-2.3847	0.2751	169	0.2017	3057	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3847-2.4237	0.2768	176	0.2043	3064	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4237-2.4655	0.2844	167	0.2055	3097	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4655-2.5103	0.284	166	0.1927	3100	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5103-2.5585	0.2551	168	0.192	3106	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5585-2.6107	0.2646	169	0.183	3081	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6107-2.6674	0.2519	162	0.1802	3101	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6674-2.7294	0.2633	142	0.1788	3135	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7294-2.7975	0.2222	150	0.177	3105	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7975-2.8731	0.1975	171	0.1692	3154	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8731-2.9575	0.1855	172	0.1647	3060	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9575-3.0528	0.2233	163	0.1638	3090	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0528-3.1617	0.2116	173	0.1637	3166	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1617-3.288	0.2081	145	0.1623	3109	X-RAY DIFFRACTION	98
3.288-3.4373	0.1826	144	0.152	3116	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4373-3.618	0.1583	159	0.1421	3138	X-RAY DIFFRACTION	98
3.618-3.8439	0.1706	163	0.1464	3159	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8439-4.1394	0.1843	171	0.142	3107	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1394-4.5537	0.1666	166	0.1303	3069	X-RAY DIFFRACTION	97
4.5537-5.2074	0.1587	175	0.1351	3138	X-RAY DIFFRACTION	98
5.2074-6.5409	0.197	189	0.1704	3106	X-RAY DIFFRACTION	98
6.5409-24.8769	0.198	153	0.1719	3102	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8246	0.0176	0.9902	0.6418	-0.0215	3.3398	0.1014	-0.0317	-0.0173	-0.0772	-0.0464	0.1386	0.0637	-0.1874	-0.0472	0.1634	0.0017	-0.0136	0.1313	-0.0123	0.184	31.2937	59.2428	-30.1424
2	0.8413	-0.1275	0.4221	1.0679	0.3306	1.5704	-0.0418	-0.1168	0.0195	0.1934	-0.0057	-0.0595	-0.0194	-0.1356	0.0523	0.1602	0.0027	0.0098	0.1419	0.0025	0.1176	44.9797	69.601	-3.4403
3	1.4666	-0.085	0.5446	1.0358	0.0102	1.6925	-0.0248	-0.1585	0.0332	0.3575	0.0448	-0.3681	0.1255	0.2269	-0.0261	0.2706	0.0197	-0.0763	0.1845	-0.0034	0.2592	59.1213	59.0367	3.0636
4	4.0229	-1.2355	-0.1159	0.8526	0.1542	0.6528	-0.1769	-0.3155	-0.0202	0.1363	0.1047	-0.2754	0.0179	0.0911	0.0492	0.2798	0.0297	-0.0701	0.2074	0.0146	0.3662	67.4965	36.0807	-1.2654
5	5.1377	-0.6475	1.538	6.2069	-0.6728	5.2094	-0.2667	0.3678	-0.1232	-0.2552	0.525	-0.0526	0.1524	-0.2333	-0.2731	0.3109	-0.0185	0.0385	0.2828	0.0037	0.2009	39.4155	15.4658	-12.2209
6	0.6639	-0.0393	0.6359	0.8963	-0.0958	3.2249	0.0766	0.0025	-0.0107	-0.0377	-0.0348	0.141	0.053	-0.1559	-0.0436	0.1258	0.0043	0.0074	0.1222	0.0009	0.1777	37.5825	19.5075	19.3146
7	0.9549	-0.1655	0.2424	1.0648	0.1497	0.8488	-0.0394	-0.1685	0.0516	0.2725	0.0105	-0.1232	0.0041	0.0097	0.023	0.2697	-0.0282	-0.0107	0.1544	0.0104	0.1463	58.764	21.8749	51.2508
8	4.5612	0.6982	0.6738	0.6289	0.6165	0.7333	-0.0459	-0.0493	-0.2633	0.1279	0.0328	-0.1826	0.049	0.1012	0.0127	0.2981	-0.008	-0.071	0.1813	0.0463	0.3129	71.7304	-6.5285	49.0175
9	4.8207	-1.269	0.8262	5.4825	0.0446	4.2308	-0.0531	0.3054	-0.4167	-0.2585	0.2719	0.1685	0.0534	-0.4137	-0.2152	0.2843	-0.0131	-0.0261	0.2142	0.0396	0.2276	45.2975	-26.9017	35.7571
10	5.468	-0.6887	2.2206	5.0602	0.2666	5.1313	-0.1288	-0.1437	-0.0822	-0.0953	0.4747	0.5021	-0.2198	-0.8504	-0.3309	0.3208	-0.0125	-0.0014	0.2968	0.1217	0.2672	39.3385	-20.4348	37.404

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 15:192)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 193:318)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 319:497)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 498:628)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 629:726)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 15:189)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 190:516)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 517:629)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 630:691)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 692:725)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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