登録情報 データベース : PDB / ID : 5mgd 構造の表示 ダウンロードとリンクタイトル STRUCTURE OF E298Q-BETA-GALACTOSIDASE FROM ASPERGILLUS NIGER IN COMPLEX WITH 6-Galactosyl-lactose 要素Probable beta-galactosidase A 詳細 キーワード HYDROLASE / TIM barrel / GH35 / GLYCOSIDE HYDROLASE / KINETICS / PROTEIN CONFORMATION / carbohydrate metabolism / b-galactosidase / Aspergillus niger / fungal protein / SUBSTRATE SPECIFICITY / prebiotics / galactooligosaccharides / GOS / recombinant / 6-Gal-Lac / 6-Galactosyllactose機能・相同性 機能・相同性情報分子機能 ドメイン・相同性 構成要素
oligosaccharide binding / lactose catabolic process / beta-galactosidase / vacuole / beta-galactosidase activity / polysaccharide catabolic process / carbohydrate metabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 beta-galactosidase, domain 2 / Beta-galactosidase, domain 2 / beta-galactosidase, domain 3 / Beta-galactosidase, domain 3 / Beta-galactosidase, domain 2 / Beta-galactosidase, domain 3 / Beta-galactosidase, domain 3 superfamily / Beta-galactosidase, domain 2 superfamily / Beta-galactosidase, domain 2 / Beta-galactosidase, domain 3 ... beta-galactosidase, domain 2 / Beta-galactosidase, domain 2 / beta-galactosidase, domain 3 / Beta-galactosidase, domain 3 / Beta-galactosidase, domain 2 / Beta-galactosidase, domain 3 / Beta-galactosidase, domain 3 superfamily / Beta-galactosidase, domain 2 superfamily / Beta-galactosidase, domain 2 / Beta-galactosidase, domain 3 / Beta-galactosidase, domain 2 / Beta-galactosidase jelly roll domain / Beta-galactosidase second all-beta domain / Glycoside hydrolase, family 35, conserved site / Glycosyl hydrolases family 35 putative active site. / Glycoside hydrolase 35, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 35 / Glycoside hydrolase, family 35 / 3-layer Sandwich / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性生物種 Aspergillus niger CBS 513.88 (黒麹菌)手法 X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度 : 2.15 Å 詳細データ登録者 Rico-Diaz, A. / Ramirez-Escudero, M. / Vizoso Vazquez, A. / Cerdan, M.E. / Becerra, M. / Sanz-Aparicio, J. 引用ジャーナル : FEBS J. / 年 : 2017タイトル : Structural features of Aspergillus niger beta-galactosidase define its activity against glycoside linkages.著者 : Rico-Diaz, A. / Ramirez-Escudero, M. / Vizoso-Vazquez, A. / Cerdan, M.E. / Becerra, M. / Sanz-Aparicio, J. 履歴 登録 2016年11月21日 登録サイト : PDBE / 処理サイト : PDBE改定 1.0 2017年4月19日 Provider : repository / タイプ : Initial release改定 1.1 2017年6月28日 Group : Database references / カテゴリ : citationItem : _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last改定 2.0 2020年7月29日 Group : Advisory / Atomic model ... Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ : atom_site / chem_comp ... atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item : _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ... _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id 解説 : Carbohydrate remediation / Provider : repository / タイプ : Remediation改定 2.1 2024年1月17日 Group : Data collection / Database references ... Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ : chem_comp / chem_comp_atom ... chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item : _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ... _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
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