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- PDB-5mg9: Putative Ancestral Mamba toxin 1 (AncTx1-W28R/I38S) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mg9
タイトルPutative Ancestral Mamba toxin 1 (AncTx1-W28R/I38S)
要素AncTx1-W28R/I38S
キーワードTOXIN / Ancestral mamba snake toxin / three-finger fold / Ancestral toxin resurrection and engineering / aminergic toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / : / Snake toxin cobra-type / Snake three-finger toxin / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-1,2-PROPANEDIOL / gamma-Valerolactone / Toxin AdTx1
類似検索 - 構成要素
生物種Dendroaspis angusticeps (コブラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.801 Å
データ登録者Stura, E.A. / Tepshi, L. / Blanchet, G. / Mourier, G. / Servent, D.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Ancestral protein resurrection and engineering opportunities of the mamba aminergic toxins.
著者: Blanchet, G. / Alili, D. / Protte, A. / Upert, G. / Gilles, N. / Tepshi, L. / Stura, E.A. / Mourier, G. / Servent, D.
履歴
登録2016年11月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AncTx1-W28R/I38S
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8788
ポリマ－7,2551
非ポリマー6237
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area660 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area4760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.057, 41.057, 67.118
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 AncTx1-W28R/I38S / Toxin AdTx1 / Rho-elapitoxin-Da1a / Rho-EPTX-Da1a


分子量: 7255.345 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Putative ancetral mamba toxin, Residues 1 to 6 (LEU THR CYS VAL LYS SER ) match to UNP Q8QGR0 NXM11_DENAN 22 to 28, Residues 7 to 11 (LYS SER ILE PHE GLY ) match to UNP P85092 TXAD1_DENAN 7 ...詳細: Putative ancetral mamba toxin, Residues 1 to 6 (LEU THR CYS VAL LYS SER ) match to UNP Q8QGR0 NXM11_DENAN 22 to 28, Residues 7 to 11 (LYS SER ILE PHE GLY ) match to UNP P85092 TXAD1_DENAN 7 to 11, Residues 12 to 17 (VAL THR THR GLU ASP CYS ) match to UNP P18328 TXM2_DENAN 12 to 17, Residues 18 to 26 (PRO ASP GLY GLN ASN LEU CYS PHE LYS ) match to UNP P81030 TXM1_DENAN 18 to 26, Residues 27 to 31 (ARG ARG HIS TYR ILE ) match to UNP P86419 3SI1B_DENAN 27 to 31, Residues 32 to 34 (VAL PRO LYS ) match to UNP P85092 TXAD1_DENAN 32 to 34, Residues 35 to 37 (MET TYR ASP ) match to UNP Q8QGR0 NXM11_DENAN 56 to 58, Residues 38 to 48 (SER THR ARG GLY CYS ALA ALA THR CYS PRO ILE ) match to UNP P85092 TXAD1_DENAN 38 to 48, Residues 49 to 50 (ALA GLU ) match to UNP Q8QGR0 NXM11_DENAN 61 to 62, Residues 51 to 54 (ASN ARG ASP VAL ) match to UNP P82462 3SUC1_NAJKA 51 to 54, Residues 55 to 58 (ILE HIS CYS CYS ) match to UNP P85092 TXAD1_DENAN 55 to 58, Residues 59 to 62 (GLY THR ASP LYS ) match to UNP P18328 TXM2_DENAN 59 to 62, Residues 63 to 65 (CYS ASN GLU ) match to UNP P85092 TXAD1_DENAN 63 to 65,
由来: (合成) Dendroaspis angusticeps (コブラ) / 参照: UniProt: P85092*PLUS

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非ポリマー , 5種, 94分子

#2: 化合物 ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-YVR / gamma-Valerolactone / (S)-5-メチルテトラヒドロフラン-2-オン


分子量: 100.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H8O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Protein: lyophilized synthetic toxin at 5 mg/mL in 1 M Na Acetate pH 5.5. Precipitant: 1.9 M ammonium sulfate, 4 % MPD, 2 % 1,4-dioxane, 2 % gamma-valerolactone, 0.132 M sodium citrate, pH 5. ...詳細: Protein: lyophilized synthetic toxin at 5 mg/mL in 1 M Na Acetate pH 5.5. Precipitant: 1.9 M ammonium sulfate, 4 % MPD, 2 % 1,4-dioxane, 2 % gamma-valerolactone, 0.132 M sodium citrate, pH 5.5. Cryoprotectant: 80% saturated lithium sulfate, 10% Dioxane, 10% gamma-valerolactone
PH範囲: 5.5 / Temp details: Cooled incubator

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryostream
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月29日
詳細: Compound Refractive Lens Fully automatic data collection
放射モノクロメーター: diamond beam splitter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.965 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→35.556 Å / Num. obs: 11687 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 12.24
反射 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 1.53 / Mean I/σ(I) obs: 1.16 / CC1/2: 0.719 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IYE

4iye


解像度: 1.801→35.556 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2365 823 7.04 %
Rwork0.2032 --
obs0.2056 11685 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.801→35.556 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数500 0 36 87 623
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004551
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.809746
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.383339
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04780
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00493
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8006-1.91340.41171380.38691785X-RAY DIFFRACTION99
1.9134-2.06110.29921380.29281826X-RAY DIFFRACTION100
2.0611-2.26850.27151280.23611812X-RAY DIFFRACTION100
2.2685-2.59660.22441430.21271802X-RAY DIFFRACTION100
2.5966-3.27110.22971360.1991809X-RAY DIFFRACTION100
3.2711-35.56330.20591400.16171828X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.7852 Å / Origin y: -8.891 Å / Origin z: -8.7359 Å
111213212223313233
T0.2677 Å20.0655 Å2-0.0015 Å2-0.2705 Å20.0205 Å2--0.2316 Å2
L0.9453 °2-0.0395 °2-0.6787 °2-0.9564 °20.5933 °2--0.8977 °2
S-0.0078 Å °0.0458 Å °0.1231 Å °0.0705 Å °0.0276 Å °0.0113 Å °-0.158 Å °-0.1611 Å °0.0001 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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