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- PDB-5mg5: A multi-component acyltransferase PhlABC from Pseudomonas protege... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mg5
タイトルA multi-component acyltransferase PhlABC from Pseudomonas protegens soaked with the monoacetylphloroglucinol (MAPG)
要素
  • (2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis ...) x 2
  • Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase
キーワードTRANSFERASE / acyltransferase / Pseudomonas protegens / PhlABC / multi-component / MAPG
機能・相同性Thiolase / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / Thiolase-like / benzene-1,3,5-triol / : / : / 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein PhlC
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas protegens (バクテリア)
Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.44 Å
データ登録者Pavkov-Keller, T. / Schmidt, N.G. / Kroutil, W. / Gruber, K.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2019
タイトル: Structure and Catalytic Mechanism of a Bacterial Friedel-Crafts Acylase.
著者: Pavkov-Keller, T. / Schmidt, N.G. / Zadlo-Dobrowolska, A. / Kroutil, W. / Gruber, K.
履歴
登録2016年11月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年2月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase
B: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein
C: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein PhlC
D: Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase
E: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein
F: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein PhlC
G: Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase
H: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein
I: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein PhlC
J: Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase
K: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein
L: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein PhlC
M: Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase
N: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein
O: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein PhlC
P: Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase
Q: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein
R: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein PhlC
S: Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase
T: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein
U: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein PhlC
V: Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase
W: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein
X: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein PhlC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)783,53936
ポリマ－782,51124
非ポリマー1,02812
水1,11762
1
A: Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase
B: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein
C: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein PhlC
D: Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase
E: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein
F: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein PhlC
J: Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase
K: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein
L: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein PhlC
M: Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase
N: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein
O: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein PhlC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)391,89519
ポリマ－391,25512
非ポリマー6407
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area69300 Å2
ΔGint-321 kcal/mol
Surface area93080 Å2
手法PISA
2
G: Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase
H: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein
I: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein PhlC
P: Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase
Q: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein
R: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein PhlC
S: Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase
T: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein
U: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein PhlC
V: Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase
W: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein
X: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein PhlC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)391,64317
ポリマ－391,25512
非ポリマー3885
水19811
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area69500 Å2
ΔGint-357 kcal/mol
Surface area93190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.793, 229.775, 311.129
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ADGJMPSV

#1: タンパク質
Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase


分子量: 38565.480 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas protegens (バクテリア)
遺伝子: CEP86_09500 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Z3SPL2

-
2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis ... , 2種, 16分子 BEHKNQTWCFILORUX

#2: タンパク質
2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein


分子量: 16666.434 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas protegens (バクテリア)
遺伝子: CEP86_09490 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Z3SPP2
#3: タンパク質
2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein PhlC


分子量: 42581.941 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (strain ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5) (バクテリア)
株: ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5 / 遺伝子: phlC, PFL_5955 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4K420

-
非ポリマー , 3種, 74分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-13X / benzene-1,3,5-triol / Phloroglucinol / フロログルシノ-ル


分子量: 126.110 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.62 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Index screen #55 (0.05 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550). 12mg/ml in potassium phosphate buffer, 50 mM, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.44→49.72 Å / Num. obs: 99724 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.97 / Rmerge(I) obs: 0.268 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 3.44→3.56 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 2.57 / CC1/2: 0.81 / % possible all: 93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5M3K

5m3k


解像度: 3.44→49.725 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2206 4986 5 %
Rwork0.1654 --
obs0.1682 99696 99.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.44→49.725 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数54406 0 44 62 54512
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00455530
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55575132
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.31233665
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0428315
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0049849
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4401-3.47910.33611290.25372467X-RAY DIFFRACTION78
3.4791-3.52010.27571650.22513133X-RAY DIFFRACTION100
3.5201-3.5630.29261660.21763138X-RAY DIFFRACTION100
3.563-3.60810.29881670.20153190X-RAY DIFFRACTION100
3.6081-3.65550.28071640.19293107X-RAY DIFFRACTION100
3.6555-3.70560.25031660.19043162X-RAY DIFFRACTION100
3.7056-3.75850.26591660.19353137X-RAY DIFFRACTION100
3.7585-3.81460.2561650.18893135X-RAY DIFFRACTION100
3.8146-3.87420.25551660.18283155X-RAY DIFFRACTION100
3.8742-3.93770.22971650.18193147X-RAY DIFFRACTION100
3.9377-4.00550.23211670.17083160X-RAY DIFFRACTION100
4.0055-4.07830.21071650.16883134X-RAY DIFFRACTION100
4.0783-4.15680.19831660.15063153X-RAY DIFFRACTION100
4.1568-4.24160.19751660.14983162X-RAY DIFFRACTION100
4.2416-4.33370.19421670.14453175X-RAY DIFFRACTION100
4.3337-4.43450.20011660.14523151X-RAY DIFFRACTION100
4.4345-4.54530.19151660.14373149X-RAY DIFFRACTION100
4.5453-4.66810.19641670.14283174X-RAY DIFFRACTION100
4.6681-4.80540.2091670.14733176X-RAY DIFFRACTION100
4.8054-4.96030.22421670.15223181X-RAY DIFFRACTION100
4.9603-5.13750.22771670.15373167X-RAY DIFFRACTION100
5.1375-5.34290.19591680.15943197X-RAY DIFFRACTION100
5.3429-5.58580.20121670.15943171X-RAY DIFFRACTION100
5.5858-5.87980.2161700.16693226X-RAY DIFFRACTION100
5.8798-6.24760.22391670.16783174X-RAY DIFFRACTION100
6.2476-6.72890.26661690.17583201X-RAY DIFFRACTION100
6.7289-7.4040.17061710.14763249X-RAY DIFFRACTION100
7.404-8.47090.16491700.13163241X-RAY DIFFRACTION100
8.4709-10.65510.17731730.12873284X-RAY DIFFRACTION100
10.6551-49.72980.22651810.18953414X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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