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万見
- PDB-5mg0: Structure of PAS-GAF fragment of Deinococcus phytochrome by seria... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mg0
タイトルStructure of PAS-GAF fragment of Deinococcus phytochrome by serial femtosecond crystallography
要素Bacteriophytochrome
キーワードTRANSFERASE / phytochrome / photoreceptor / bilin / sfx
機能・相同性
機能・相同性情報


osmosensory signaling via phosphorelay pathway / detection of visible light / phosphorelay response regulator activity / protein kinase activator activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / GAF domain / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / PAS domain ...: / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / GAF domain / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / PAS domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / PAS domain superfamily / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LBV / NICKEL (II) ION / Bacteriophytochrome
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Burgie, E.S. / Fuller, F.D. / Gul, S. / Miller, M.D. / Young, I.D. / Brewster, A.S. / Clinger, J. / Aller, P. / Braeuer, P. / Hutchison, C. ...Burgie, E.S. / Fuller, F.D. / Gul, S. / Miller, M.D. / Young, I.D. / Brewster, A.S. / Clinger, J. / Aller, P. / Braeuer, P. / Hutchison, C. / Alonso-Mori, R. / Kern, J. / Yachandra, V.K. / Yano, J. / Sauter, N.K. / Phillips Jr., G.N. / Vierstra, R.D. / Orville, A.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science FoundationMCB-1329956 米国
引用ジャーナル: Nat. Methods / 年: 2017
タイトル: Drop-on-demand sample delivery for studying biocatalysts in action at X-ray free-electron lasers.
著者: Fuller, F.D. / Gul, S. / Chatterjee, R. / Burgie, E.S. / Young, I.D. / Lebrette, H. / Srinivas, V. / Brewster, A.S. / Michels-Clark, T. / Clinger, J.A. / Andi, B. / Ibrahim, M. / Pastor, E. / ...著者: Fuller, F.D. / Gul, S. / Chatterjee, R. / Burgie, E.S. / Young, I.D. / Lebrette, H. / Srinivas, V. / Brewster, A.S. / Michels-Clark, T. / Clinger, J.A. / Andi, B. / Ibrahim, M. / Pastor, E. / de Lichtenberg, C. / Hussein, R. / Pollock, C.J. / Zhang, M. / Stan, C.A. / Kroll, T. / Fransson, T. / Weninger, C. / Kubin, M. / Aller, P. / Lassalle, L. / Brauer, P. / Miller, M.D. / Amin, M. / Koroidov, S. / Roessler, C.G. / Allaire, M. / Sierra, R.G. / Docker, P.T. / Glownia, J.M. / Nelson, S. / Koglin, J.E. / Zhu, D. / Chollet, M. / Song, S. / Lemke, H. / Liang, M. / Sokaras, D. / Alonso-Mori, R. / Zouni, A. / Messinger, J. / Bergmann, U. / Boal, A.K. / Bollinger, J.M. / Krebs, C. / Hogbom, M. / Phillips, G.N. / Vierstra, R.D. / Sauter, N.K. / Orville, A.M. / Kern, J. / Yachandra, V.K. / Yano, J.
履歴
登録2016年11月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月15日Group: Database references
改定 1.22017年4月12日Group: Database references
改定 1.32017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.42018年11月14日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: diffrn / entity_src_gen
Item: _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.52024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriophytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8026
ポリマ－37,0241
非ポリマー7775
水2,864159
1
A: Bacteriophytochrome
ヘテロ分子

A: Bacteriophytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,60312
ポリマ－74,0492
非ポリマー1,55510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,y,-z1
Buried area6460 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area27200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.535, 53.385, 80.912
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.320, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Bacteriophytochrome / Phytochrome-like protein


分子量: 37024.250 Da / 分子数: 1 / 変異: Y307S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (strain ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422) (放射線耐性)
株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422
遺伝子: bphP, DR_A0050 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RZA4, histidine kinase

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非ポリマー , 5種, 164分子

#2: 化合物 ChemComp-LBV / 3-[2-[(Z)-[3-(2-carboxyethyl)-5-[(Z)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-4-methyl-pyrrol-1-ium -2-ylidene]methyl]-5-[(Z)-[(3E)-3-ethylidene-4-methyl-5-oxidanylidene-pyrrolidin-2-ylidene]methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-3- yl]propanoic acid / 2(R),3(E)- PHYTOCHROMOBILIN


分子量: 585.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H37N4O6
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.03 % / 解説: ~50 micron crystalline plates
結晶化温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 5.6 / 詳細: PEG 3350, isopropanol, glycerol, sodium citrate / Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Ambient temp details: room temperature / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: MFX / 波長: 1.265 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX170-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月30日 / 詳細: Compound refractive lenses
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.265 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→72.5 Å / Num. obs: 41877 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 72.62 % / CC1/2: 0.968 / Net I/σ(I): 62.83
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
3.5548-72.5237195.78371.6770.95199.81
2.8215-3.5548129.9116.9220.9391100
2.4648-2.8215101.250.6680.8911100
2.2394-2.464876.6930.1560.8691100
2.0789-2.239458.9718.7280.7941100
1.9563-2.078946.2211.7850.7711100
1.8583-1.956338.257.4340.6641100
1.7774-1.858331.514.890.4341100
1.709-1.777425.213.4980.191100
1.65-1.70917.052.4140.087199.93

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.54 Å32.24 Å
Translation6.54 Å32.24 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
cctbx.xfelデータ収集
cctbx.primeデータ削減
cctbx.xfelデータ削減
PHASER2.6.0位相決定
PHENIX精密化
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
psanaデータ削減
cctbx.primeデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 2O9C lacking the bilin and all neighboring side chains

2o9c


解像度: 1.65→32.243 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.3
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2026 1925 4.61 %
Rwork0.1723 --
obs0.1737 41718 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 135.18 Å2 / Biso mean: 42.0992 Å2 / Biso min: 19.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→32.243 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2468 0 50 160 2678
Biso mean--34.39 48.24 -
残基数----322
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062724
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9543744
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054420
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006492
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.9091648
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.65-1.69130.44041370.39422786292398
1.6913-1.7370.35121390.334227872926100
1.737-1.78810.33711220.286228232945100
1.7881-1.84580.29371490.257528513000100
1.8458-1.91180.28491390.234828102949100
1.9118-1.98830.26721390.211928302969100
1.9883-2.07880.23631230.198928462969100
2.0788-2.18840.22411500.181128563006100
2.1884-2.32540.21261220.180728312953100
2.3254-2.50490.21331530.186128513004100
2.5049-2.75690.26661320.184228472979100
2.7569-3.15550.19711370.175828442981100
3.1555-3.97440.15681420.142428833025100
3.9744-32.24940.1621410.134429483089100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 100.9954 Å / Origin y: 1.9081 Å / Origin z: 14.029 Å
111213212223313233
T0.1887 Å2-0.0227 Å2-0.0087 Å2-0.2497 Å20.0203 Å2--0.2363 Å2
L1.1604 °2-0.3475 °2-0.1544 °2-0.9966 °20.5285 °2--1.8662 °2
S0.0165 Å °-0.0612 Å °0.0122 Å °0.044 Å °-0.0187 Å °0.0417 Å °-0.0504 Å °0.0012 Å °0.0036 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain 'A' and (resid 4 through 550 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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