PDB-5mf4: Tubulin-Dictyostatin complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mf4

タイトル

Tubulin-Dictyostatin complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Uncharacterized protein

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / tubulin binding / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Trigili, C. / Barasoain, I. / Sanchez-Murcia, P.A. / Bargsten, K. / Redondo-Horcajo, M. / Nogales, A. / Gardner, N.M. / Meyer, A. / Naylor, G.J. / Gomez-Rubio, E. ...

資金援助

スペイン,

スイス, 3件

組織	認可番号	国
Spanish Ministry of Economy and Competitiveness	BIO2013-42984-R ; SAF2012-39760-C02-02	スペイン
Comunidad Autonoma de Madrid	S2010/BMD-2457 BIPEDD2	スペイン
Swiss National Science Foundation	310030B_138659 ; 31003A_166608	スイス

引用

ジャーナル: ACS Omega / 年: 2016
タイトル: Structural Determinants of the Dictyostatin Chemotype for Tubulin Binding Affinity and Antitumor Activity Against Taxane- and Epothilone-Resistant Cancer Cells.
著者: Trigili, C. / Barasoain, I. / Sanchez-Murcia, P.A. / Bargsten, K. / Redondo-Horcajo, M. / Nogales, A. / Gardner, N.M. / Meyer, A. / Naylor, G.J. / Gomez-Rubio, E. / Gago, F. / Steinmetz, M.O. ...

履歴

登録	2016年11月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年9月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mf4.cif.gz	910.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mf4.ent.gz	748.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mf4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5mf4_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5mf4_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	5mf4_validation.xml.gz	81.7 KB	表示
CIF形式データ	5mf4_validation.cif.gz	108.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/5mf4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/5mf4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4i4tS 5lxs 5lxt S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5xkf-d 5lxs-d 5xaf-d 7jfr-d 5h74-d 5xkg-d 6lsm-d 6y4n-d 6f7c-d 6qtn-d 6bs2-d 6k9v-d 5zxh-d 7daf-d 6agk-d 6y6d-d 5xp3-d 5yl2-d 5ylj-d 4yj2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

266 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.010, 156.510, 179.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 9種, 161分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#10: 化合物	ChemComp-7LZ / (3~{Z},5~{E},7~{R},8~{S},10~{S},11~{Z},13~{S},14~{R},15~{S},17~{S},20~{R},21~{S},22~{S})-22-[(2~{S},3~{Z})-hexa-3,5-dien-2-yl]-7,13,15,17,21-pentamethyl-8,10,14,20-tetrakis(oxidanyl)-1-oxacyclodocosa-3,5,11-trien-2-one / ジクチオスタチン分子量: 532.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₅₂O₆
#11: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#12: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#13: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.84 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.7 詳細: 5% PEG, 12% GLYCEROL, 30 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 30 MM CALCIUM CHLORIDE, 0.1M MES/0.1M IMIDAZOLE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→67.854 Å / Num. obs: 129857 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.4 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 18.7
反射シェル	解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 12.6 % / R_merge(I) obs: 4.25 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / CC_1/2: 0.262 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4I4T

4i4t

解像度: 2.3→67.854 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.15

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2325	6488	5 %
R_work	0.1834	-	-
obs	0.1859	129857	99.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→67.854 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17214	0	270	143	17627

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	17857
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.928	24191
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.56	10655
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	2653
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3120

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3262	0.4173	211	0.3956	4028	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3262-2.3535	0.4022	209	0.3677	4037	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3535-2.3822	0.4084	214	0.352	4058	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3822-2.4124	0.3398	212	0.33	4054	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4124-2.4441	0.3347	216	0.3127	4064	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4441-2.4776	0.3418	214	0.3045	4083	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4776-2.513	0.3588	211	0.2914	4041	X-RAY DIFFRACTION	100
2.513-2.5505	0.3502	216	0.2824	4099	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5505-2.5904	0.3243	215	0.2674	4088	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5904-2.6328	0.341	214	0.267	4063	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6328-2.6782	0.3031	214	0.2492	4081	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6782-2.727	0.321	216	0.2332	4105	X-RAY DIFFRACTION	100
2.727-2.7794	0.2774	213	0.2229	4037	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7794-2.8361	0.267	217	0.2145	4128	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8361-2.8978	0.2636	216	0.2059	4110	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8978-2.9652	0.2663	214	0.2037	4068	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9652-3.0394	0.2673	218	0.2013	4121	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0394-3.1215	0.261	214	0.2013	4085	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1215-3.2134	0.2711	218	0.1978	4103	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2134-3.3171	0.2581	216	0.1858	4112	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3171-3.4357	0.2317	216	0.1749	4118	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4357-3.5732	0.2182	217	0.1622	4128	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5732-3.7358	0.2323	217	0.1629	4106	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7358-3.9328	0.1981	218	0.1631	4142	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9328-4.1791	0.2137	217	0.1567	4157	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1791-4.5018	0.1822	218	0.1442	4151	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5018-4.9547	0.1837	221	0.1423	4180	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9547-5.6713	0.2189	220	0.1657	4176	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6713-7.144	0.2332	223	0.1901	4245	X-RAY DIFFRACTION	100
7.144-67.8836	0.1906	233	0.1553	4401	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3249	-0.1088	-0.9147	3.4696	0.7753	3.1504	0.0902	0.1198	0.3654	-0.4618	0.1601	-0.3366	-0.6969	0.3606	-0.2466	0.6169	-0.0813	0.0972	0.5375	-0.175	0.5496	31.7975	87.5491	51.5889
2	2.5763	-0.7152	-0.5613	4.0038	0.9718	3.7293	0.0326	-0.1326	0.2499	0.3829	0.0511	0.1665	-0.2024	-0.0694	-0.0833	0.4689	0.0269	0.0646	0.4302	-0.1056	0.4627	19.6642	81.3365	65.6507
3	0.8043	-1.0617	0.1218	5.6813	2.0462	3.5135	-0.1765	-0.3416	0.2541	1.0292	0.1859	0.1591	-0.0917	-0.0876	-0.0322	0.5771	0.0431	0.1595	0.5573	-0.1051	0.5433	18.928	82.4242	73.1449
4	3.1555	-3.7605	-4.0539	7.8279	7.3641	7.4058	-0.1797	-0.0977	-0.1667	0.7049	0.4211	-0.3085	1.1981	1.0751	-0.3292	0.4874	0.1483	-0.0986	0.5005	-0.076	0.5918	33.0547	61.258	60.3887
5	6.7862	-1.1977	-0.5935	5.9493	1.4306	4.5841	-0.0707	0.2827	0.8136	-0.8557	-0.12	0.4558	-1.1617	-0.4537	0.1779	0.724	0.1243	-0.0672	0.4971	-0.0188	0.5504	16.0458	69.3798	18.9881
6	4.6476	0.5706	-1.5749	5.4392	1.4067	4.7258	0.0397	0.4898	0.0689	-0.8169	0.2161	-0.4328	-0.6288	0.2086	-0.2836	0.4694	-0.0339	0.05	0.5662	-0.0878	0.4098	29.2313	55.9176	14.3338
7	3.7379	1.4304	0.8284	5.5354	2.8843	5.1418	-0.1818	-0.1391	0.1498	-0.0259	0.0706	0.1669	-0.129	0.0793	0.1108	0.3313	0.0781	0.0285	0.3751	-0.087	0.4695	24.7247	52.7374	25.9581
8	7.7499	-2.6288	-0.4367	2.6512	-2.5094	3.9926	0.3728	-0.771	-0.6166	-0.0654	-0.2354	0.7729	0.6689	-1.7886	-0.0305	0.4863	-0.0943	0.0782	0.9395	-0.2597	0.6409	5.5165	50.3811	28.2062
9	3.0926	-0.2425	0.2115	2.2075	0.2698	3.5519	0.0471	-0.1647	0.0186	-0.1714	-0.2011	0.6935	-0.2643	-0.8514	0.143	0.4716	0.1156	0.0273	0.5941	-0.2144	0.6527	8.5054	60.6989	34.7374
10	4.7011	-1.878	2.1705	3.1592	-1.4227	4.7057	-0.4742	-0.2398	-0.0122	0.6688	-0.0543	0.5039	-0.3593	-1.3322	0.4864	0.6181	0.0749	0.1259	0.803	-0.248	0.6661	6.4673	59.9605	44.4492
11	4.2036	-5.7174	-3.9456	9.3466	7.2298	5.4332	-0.0664	0.1064	-0.2632	0.3185	-0.5248	0.9799	0.7298	-0.5341	0.5918	0.5772	-0.0695	0.0706	0.4893	-0.0731	0.496	15.9653	41.5057	34.0748
12	2.242	-1.844	-2.2641	7.907	7.6565	8.8199	-0.3165	-0.2656	-0.3527	1.1782	0.2459	0.0605	1.6099	0.6545	0.0296	0.524	0.0321	-0.0648	0.3971	-0.0279	0.557	26.1533	37.6877	30.8829
13	1.6463	-0.7446	-0.2135	3.6744	0.3311	1.8465	-0.0308	0.2391	0.1686	-0.3745	0.1523	0.0677	-0.307	0.1031	-0.1138	0.4169	-0.1241	0.0154	0.5089	-0.0075	0.4555	20.3673	32.4756	-11.8387
14	0.8359	-0.4289	0.3079	1.8519	0.8408	2.1659	-0.0517	-0.0584	0.1158	0.113	0.0368	0.2317	-0.0206	-0.295	0.0206	0.4121	-0.0825	0.0544	0.4626	-0.0337	0.5478	8.2968	25.3416	3.3734
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16	2.7001	0.0772	-0.579	1.5563	0.1867	3.2614	-0.3631	0.7136	-0.5285	-0.599	0.3718	-0.3685	0.6479	0.1081	-0.048	0.8754	-0.2247	0.1537	0.986	-0.3107	0.6129	25.1196	-4.602	-36.9976
17	2.4484	-0.1391	-1.891	6.0092	-0.8225	2.2328	0.1908	0.9609	0.0966	-0.0586	-0.1296	0.4932	0.1914	-0.2335	0.165	0.7161	-0.1266	-0.033	0.8049	-0.0558	0.5494	10.8545	2.0955	-33.9167
18	3.1792	0.0307	0.5519	2.4991	-0.4954	3.0249	0.0536	0.6335	-0.097	-0.3603	0.276	0.0963	0.4217	-0.2628	-0.3319	0.5765	-0.1739	0.0091	0.87	-0.1749	0.4836	10.396	2.0815	-24.7202
19	2.6917	-0.8729	-0.3396	3.7025	-0.4047	2.9136	-0.2783	0.6654	-0.2885	-0.202	0.2604	0.1602	0.4947	-0.4442	0.0482	0.617	-0.2202	0.0507	0.6682	-0.104	0.4751	9.2595	-4.2571	-21.2405
20	4.1819	-2.6223	-3.103	5.3312	3.4276	2.6344	-0.6259	0.2336	-1.1483	-0.0777	0.2103	-0.3799	1.1097	0.6406	0.0809	0.9407	0.0224	0.1233	0.8333	-0.4036	0.9827	30.4256	-16.7962	-24.3533
21	4.0844	-4.6888	-0.7567	5.3142	1.5122	2.0076	-0.4628	-0.6012	0.6367	0.873	0.962	-0.9978	-0.2011	0.7307	-0.4286	1.283	-0.0424	-0.1556	0.8883	-0.2512	0.8494	27.5359	91.9157	81.8667
22	0.4168	-0.1262	-0.4371	2.1888	2.3122	3.0111	-0.1814	0.0622	-0.0414	0.4812	0.8518	-0.6022	0.6833	1.131	-1.0383	0.507	0.0954	-0.0293	0.8327	-0.2953	0.7833	43.2827	27.9272	4.1501
23	6.8318	1.5899	-2.9385	5.6372	-0.0089	3.931	-0.6869	0.6639	-1.0342	-0.1827	0.2949	-0.088	1.5706	-0.3581	0.3366	1.2744	-0.0816	0.1937	0.7269	-0.1623	0.716	6.3391	53.7904	69.3423
24	3.7555	0.5259	-0.0615	4.5708	-2.3573	5.7401	-0.049	-1.1878	-0.7507	0.5993	-0.3306	-0.773	0.4921	1.6465	0.4193	0.8585	0.2551	0.0096	1.3593	0.2411	0.8622	14.4461	57.3171	105.4359
25	3.4702	0.5323	-1.959	1.8924	-1.251	3.5181	-0.5663	-0.091	-0.877	0.0102	0.2188	-0.0791	1.2093	-0.119	0.1258	1.1441	0.0316	0.2059	0.5748	0.0791	0.7946	-2.0367	53.73	92.2727

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 180)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 181 through 311)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 312 through 401)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 402 through 436)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 88)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 89 through 127)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 128 through 197)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 198 through 223)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 224 through 295)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 296 through 373)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 374 through 401)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 402 through 438)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 1 through 197)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 198 through 440)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 2 through 88)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 89 through 228)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 230 through 240)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 242 through 295)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 296 through 401)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 402 through 441)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 6 through 46)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 47 through 144)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 1 through 66)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 67 through 198)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resid 199 through 384)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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