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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5me6 | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of eiF4E from C. melo bound to a CAP analog | |||||||||
![]() | Eukaryotic transcription initiation factor 4E | |||||||||
![]() | TRANSLATION / eIF4E / CAP analog / C. melo | |||||||||
機能・相同性 | ![]() eukaryotic translation initiation factor 4F complex / RNA 7-methylguanosine cap binding / translational initiation / translation initiation factor activity / defense response to virus / RNA binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Querol-Audi, J. / Silva, C. / Miras, M. / Aranda-Regules, M. / Verdaguer, N. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of eIF4E in Complex with an eIF4G Peptide Supports a Universal Bipartite Binding Mode for Protein Translation. 著者: Miras, M. / Truniger, V. / Silva, C. / Verdaguer, N. / Aranda, M.A. / Querol-Audi, J. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 298.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 242.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 963.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 971.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21348.967 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.11 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: sodium potassium tartrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月16日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.564→81.475 Å / Num. all: 24722 / Num. obs: 24722 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 5.1 % / Rpim(I) all: 0.12 / Rrim(I) all: 0.274 / Rsym value: 0.244 / Net I/av σ(I): 2.241 / Net I/σ(I): 4.2 / Num. measured all: 125316 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 135.57 Å2 / Biso mean: 52.133 Å2 / Biso min: 20.81 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.9→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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