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- PDB-5mdx: Cryo-EM structure of the PSII supercomplex from Arabidopsis thaliana -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mdx
タイトルCryo-EM structure of the PSII supercomplex from Arabidopsis thaliana
要素
  • (Chlorophyll a-b binding protein ...) x 3
  • (Cytochrome b559 subunit ...) x 2
  • (Photosystem II ...) x 13
  • Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
  • Oxygen-evolving enhancer protein 1-1, chloroplastic
キーワードPHOTOSYNTHESIS / photosystem II supercomplex / single particle analysis
機能・相同性
機能・相同性情報


plastid thylakoid membrane / regulation of protein dephosphorylation / photoinhibition / photosystem II antenna complex / nonphotochemical quenching / sequestering of metal ion / PSII associated light-harvesting complex II / chloroplast stromal thylakoid / thylakoid lumen / thylakoid membrane ...plastid thylakoid membrane / regulation of protein dephosphorylation / photoinhibition / photosystem II antenna complex / nonphotochemical quenching / sequestering of metal ion / PSII associated light-harvesting complex II / chloroplast stromal thylakoid / thylakoid lumen / thylakoid membrane / chloroplast thylakoid / plastoglobule / chloroplast thylakoid lumen / photosystem II assembly / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / apoplast / thylakoid / chloroplast envelope / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosystem I / photosynthetic electron transport chain / poly(U) RNA binding / response to herbicide / photosystem II / plastid / chlorophyll binding / chloroplast stroma / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / chloroplast / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / protein domain specific binding / mRNA binding / heme binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 ...Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / PHEOPHYTIN A / Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic / Oxygen-evolving enhancer protein 1-1, chloroplastic / Photosystem II D2 protein / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II CP43 reaction center protein ...CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / PHEOPHYTIN A / Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic / Oxygen-evolving enhancer protein 1-1, chloroplastic / Photosystem II D2 protein / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II CP43 reaction center protein / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II reaction center protein T / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein M / Photosystem II protein D1 / Chlorophyll a-b binding protein CP29.1, chloroplastic / Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Expressed protein / Chlorophyll a-b binding protein CP26, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.3 Å
データ登録者van Bezouwen, L.S. / Caffarri, S. / Kale, R.S. / Kouril, R. / Thunnissen, A.M.W.H. / Oostergetel, G.T. / Boekema, E.J.
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2017
タイトル: Subunit and chlorophyll organization of the plant photosystem II supercomplex.
著者: Laura S van Bezouwen / Stefano Caffarri / Ravindra S Kale / Roman Kouřil / Andy-Mark W H Thunnissen / Gert T Oostergetel / Egbert J Boekema /
要旨: Photosystem II (PSII) is a light-driven protein, involved in the primary reactions of photosynthesis. In plant photosynthetic membranes PSII forms large multisubunit supercomplexes, containing a ...Photosystem II (PSII) is a light-driven protein, involved in the primary reactions of photosynthesis. In plant photosynthetic membranes PSII forms large multisubunit supercomplexes, containing a dimeric core and up to four light-harvesting complexes (LHCs), which act as antenna proteins. Here we solved a three-dimensional (3D) structure of the CSM supercomplex from Arabidopsis thaliana using cryo-transmission electron microscopy (cryo-EM) and single-particle analysis at an overall resolution of 5.3 Å. Using a combination of homology modelling and restrained refinement against the cryo-EM map, it was possible to model atomic structures for all antenna complexes and almost all core subunits. We located all 35 chlorophylls of the core region based on the cyanobacterial PSII structure, whose positioning is highly conserved, as well as all the chlorophylls of the LHCII S and M trimers. A total of 13 and 9 chlorophylls were identified in CP26 and CP24, respectively. Energy flow from LHC complexes to the PSII reaction centre is proposed to follow preferential pathways: CP26 and CP29 directly transfer to the core using several routes for efficient transfer; the S trimer is directly connected to CP43 and the M trimer can efficiently transfer energy to the core through CP29 and the S trimer.
履歴
登録2016年11月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Data collection / Experimental preparation / Refinement description
カテゴリ: em_3d_fitting / em_sample_support / em_software
Item: _em_3d_fitting.target_criteria / _em_sample_support.grid_type ..._em_3d_fitting.target_criteria / _em_sample_support.grid_type / _em_software.details / _em_software.name
改定 1.22019年4月24日Group: Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: em_admin / pdbx_database_proc ...em_admin / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_validate_chiral / struct_site / struct_site_gen
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3491
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem II protein D1
B: Photosystem II CP47 reaction center protein
C: Photosystem II CP43 reaction center protein
D: Photosystem II D2 protein
E: Cytochrome b559 subunit alpha
F: Cytochrome b559 subunit beta (PsbF)
H: Photosystem II reaction center protein H
I: Photosystem II reaction center protein I
K: Photosystem II reaction center protein K
L: Photosystem II reaction center protein L
M: Photosystem II reaction center protein M
O: Oxygen-evolving enhancer protein 1-1, chloroplastic
T: Photosystem II reaction center protein T
W: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic
X: Photosystem II reaction center protein X
Z: Photosystem II reaction center protein Z
a: Photosystem II protein D1
b: Photosystem II CP47 reaction center protein
d: Photosystem II D2 protein
e: Cytochrome b559 subunit alpha
f: Cytochrome b559 subunit beta (PsbF)
h: Photosystem II reaction center protein H
i: Photosystem II reaction center protein I
k: Photosystem II reaction center protein K
l: Photosystem II reaction center protein L
m: Photosystem II reaction center protein M
o: Oxygen-evolving enhancer protein 1-1, chloroplastic
x: Photosystem II reaction center protein X
z: Photosystem II reaction center protein Z
w: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic
t: Photosystem II reaction center protein T
c: Photosystem II CP43 reaction center protein
R: Chlorophyll a-b binding protein CP29.1, chloroplastic
S: Chlorophyll a-b binding protein CP26, chloroplastic
G: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic
N: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic
Y: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic
r: Chlorophyll a-b binding protein CP29.1, chloroplastic
s: Chlorophyll a-b binding protein CP26, chloroplastic
g: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic
n: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic
y: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic
1: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic
2: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic
3: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic
4: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
5: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic
6: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic
7: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic
8: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,272,947366
ポリマ－991,58050
非ポリマー281,366316
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Photosystem II ... , 13種, 26分子 AaBbCcDdHhIiKkLlMmTtWwXxZz

#1: タンパク質 Photosystem II protein D1 / PSII D1 protein / Photosystem II Q(B) protein


分子量: 38003.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P83755, photosystem II
#2: タンパク質 Photosystem II CP47 reaction center protein / PSII 47 kDa protein / Protein CP-47


分子量: 55960.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P56777
#3: タンパク質 Photosystem II CP43 reaction center protein / PSII 43 kDa protein / Protein CP-43


分子量: 50086.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P56778
#4: タンパク質 Photosystem II D2 protein / PSII D2 protein / Photosystem Q(A) protein


分子量: 39444.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P56761, photosystem II
#7: タンパク質 Photosystem II reaction center protein H / PSII-H / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein


分子量: 7575.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P56780
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein I / PSII-I / PSII 4.8 kDa protein


分子量: 4170.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P62100
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein K / PSII-K


分子量: 4239.112 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P56782
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein L / PSII-L


分子量: 4471.075 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P60129
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein M / PSII-M


分子量: 3783.538 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P62109
#13: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein T / PSII-T


分子量: 3825.642 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P61839
#14: タンパク質 Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic / PSII 6.1 kDa protein


分子量: 6036.749 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q39194
#15: タンパク質 Photosystem II reaction center protein X / PSBX / Photosystem II subunit X / Putative PSII-X protein / Putative uncharacterized protein ...PSBX / Photosystem II subunit X / Putative PSII-X protein / Putative uncharacterized protein At2g06520 / T12H3.7


分子量: 11826.013 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SKI3
#16: タンパク質 Photosystem II reaction center protein Z / PSII-Z


分子量: 6569.768 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P56790

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Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf

#5: タンパク質 Cytochrome b559 subunit alpha / PSII reaction center subunit V


分子量: 9393.501 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P56779
#6: タンパク質・ペプチド Cytochrome b559 subunit beta (PsbF)


分子量: 4428.228 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P62095

-
タンパク質 , 2種, 4分子 Oo48

#12: タンパク質 Oxygen-evolving enhancer protein 1-1, chloroplastic / OEE1 / 33 kDa subunit of oxygen evolving system of photosystem II / 33 kDa thylakoid membrane ...OEE1 / 33 kDa subunit of oxygen evolving system of photosystem II / 33 kDa thylakoid membrane protein / Manganese-stabilizing protein 1 / MSP-1 / OEC 33 kDa subunit


分子量: 26594.639 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P23321
#20: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 23014.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9LMQ2

-
Chlorophyll a-b binding protein ... , 3種, 16分子 RrSsGNYgny123567

#17: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein CP29.1, chloroplastic / LHCB4.1 / LHCII protein 4.1


分子量: 27302.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q07473
#18: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein CP26, chloroplastic / LHCB5 / LHCIIc / Light-harvesting complex II protein 5


分子量: 25232.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9XF89
#19: タンパク質
Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic / Chlorophyll a-b protein 140 / CAB-140 / LHCII type I CAB-1


分子量: 23971.910 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P04778

-
非ポリマー , 5種, 316分子

#21: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#22: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#23: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)


分子量: 871.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5
#24: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#25: 化合物...
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: C2S2M2 supercomplex of Photosystem II / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#20 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 3.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 38 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 5198
電子光学装置球面収差補正装置: Microscope had a Cs corrector
画像スキャン動画フレーム数/画像: 7 / 利用したフレーム数/画像: 1-7

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_2474: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2EPU画像取得
4RELION1.3CTF補正
7Coot0.8.6モデルフィッティング
9RELION1.3初期オイラー角割当
10RELION1.3最終オイラー角割当
11RELION1.3分類
12RELION1.3３次元再構成
19PHENIXdev_2474モデル精密化phenix.real_space_refine
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 5.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 23434 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
詳細: Initial fitting of the subunits in the cryo-EM map was performed by rigid body real space refinement, using as templates the high resolution crystal structures of Thermosynechococcus vulcanus ...詳細: Initial fitting of the subunits in the cryo-EM map was performed by rigid body real space refinement, using as templates the high resolution crystal structures of Thermosynechococcus vulcanus PSII (PDB code 3WU2), pea LHC-II (PDB code 2BHW for the S- and M-trimers, and spinach CP29 (PDB code 3PL9) for CP29, CP26 and CP24. Local fitting and adjustment of the subunits in the cryo-EM maps was performed using manual rebuilding and restrained real space refinement as explained in the primary reference. Due to large differences in local resolution of the cryo-EM map, refinement of the PSII core, the S-trimer with CP26/CP29 and the M-trimer with CP24 was performed separately in excised parts of the cryo-EM map. The core was refined at 4.5 angstrom, the S-trimer+CP26+CP29 at 5.5 angstrom and the M-trimer+CP24 at 6.5 angstrom. Core: chains A,B,C,D,E,F,H,I,J,K,L,M,O,T,W,X,Z and a,b,c,d,e,f,h,i,j,k,l,m,o,t,w,x,z. S-trimer+CP26+CP29: chains G,N,Y,S,R and g,n,y,s,r. M-trimer+CP24: chains 1,2,3,4 and 5,6,7,8.
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0069546
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.94113919
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.3284386
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0551098
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0171587

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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