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- EMDB-3491: Cryo-EM structure of the PSII supercomplex from Arabidopsis thaliana -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3491
タイトルCryo-EM structure of the PSII supercomplex from Arabidopsis thaliana
マップデータ
試料
  • 複合体: C2S2M2 supercomplex of Photosystem II
    • タンパク質・ペプチド: x 20種
  • リガンド: x 5種
キーワードphotosynthesis / photosystem II supercomplex / single particle analysis
機能・相同性
機能・相同性情報


photoinhibition / photosystem II antenna complex / PSII associated light-harvesting complex II / nonphotochemical quenching / : / chloroplast stromal thylakoid / plastid thylakoid membrane / thylakoid lumen / plastoglobule / thylakoid membrane ...photoinhibition / photosystem II antenna complex / PSII associated light-harvesting complex II / nonphotochemical quenching / : / chloroplast stromal thylakoid / plastid thylakoid membrane / thylakoid lumen / plastoglobule / thylakoid membrane / chloroplast thylakoid / thylakoid / apoplast / photosystem II oxygen evolving complex / chloroplast thylakoid lumen / photosystem II assembly / photosynthesis, light harvesting / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / chloroplast envelope / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / photosystem I / response to herbicide / photosystem II / plastid / poly(U) RNA binding / chloroplast stroma / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / phosphate ion binding / photosynthesis, light reaction / : / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / chloroplast / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / protein domain specific binding / mRNA binding / heme binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 ...Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II PsbK / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / : / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic / Oxygen-evolving enhancer protein 1-1, chloroplastic / Photosystem II D2 protein / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II CP43 reaction center protein / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II reaction center protein L ...Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic / Oxygen-evolving enhancer protein 1-1, chloroplastic / Photosystem II D2 protein / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II CP43 reaction center protein / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II reaction center protein T / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein M / Photosystem II protein D1 / Chlorophyll a-b binding protein CP29.1, chloroplastic / Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Expressed protein / Chlorophyll a-b binding protein CP26, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.3 Å
データ登録者van Bezouwen LS / Caffarri S
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2017
タイトル: Subunit and chlorophyll organization of the plant photosystem II supercomplex.
著者: Laura S van Bezouwen / Stefano Caffarri / Ravindra S Kale / Roman Kouřil / Andy-Mark W H Thunnissen / Gert T Oostergetel / Egbert J Boekema /
要旨: Photosystem II (PSII) is a light-driven protein, involved in the primary reactions of photosynthesis. In plant photosynthetic membranes PSII forms large multisubunit supercomplexes, containing a ...Photosystem II (PSII) is a light-driven protein, involved in the primary reactions of photosynthesis. In plant photosynthetic membranes PSII forms large multisubunit supercomplexes, containing a dimeric core and up to four light-harvesting complexes (LHCs), which act as antenna proteins. Here we solved a three-dimensional (3D) structure of the CSM supercomplex from Arabidopsis thaliana using cryo-transmission electron microscopy (cryo-EM) and single-particle analysis at an overall resolution of 5.3 Å. Using a combination of homology modelling and restrained refinement against the cryo-EM map, it was possible to model atomic structures for all antenna complexes and almost all core subunits. We located all 35 chlorophylls of the core region based on the cyanobacterial PSII structure, whose positioning is highly conserved, as well as all the chlorophylls of the LHCII S and M trimers. A total of 13 and 9 chlorophylls were identified in CP26 and CP24, respectively. Energy flow from LHC complexes to the PSII reaction centre is proposed to follow preferential pathways: CP26 and CP29 directly transfer to the core using several routes for efficient transfer; the S trimer is directly connected to CP43 and the M trimer can efficiently transfer energy to the core through CP29 and the S trimer.
履歴
登録2016年11月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年6月21日-
マップ公開2017年6月21日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5mdx
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3491.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3491.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 391 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.11 Å/pix.
x 468 pix.
= 517.14 Å		1.11 Å/pix.
x 468 pix.
= 517.14 Å		1.11 Å/pix.
x 468 pix.
= 517.14 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.105 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.06522754 - 0.16893475
平均 (標準偏差)0.00003392252 (±0.006831716)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ468468468
Spacing468468468
セルA=B=C: 517.14 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1051.1051.105
M x/y/z468468468
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z517.140517.140517.140
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS468468468
D min/max/mean-0.0650.1690.000

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_3491_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_3491_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : C2S2M2 supercomplex of Photosystem II

全体名称: C2S2M2 supercomplex of Photosystem II
要素
  • 複合体: C2S2M2 supercomplex of Photosystem II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II protein D1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP47 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP43 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II D2 protein
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit beta (PsbF)
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein H
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein K
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein L
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein M
    • タンパク質・ペプチド: Oxygen-evolving enhancer protein 1-1, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein T
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein X
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Z
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein CP29.1, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein CP26, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
  • リガンド: FE (II) ION
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHEOPHYTIN A
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: CHLOROPHYLL B

+
超分子 #1: C2S2M2 supercomplex of Photosystem II

超分子名称: C2S2M2 supercomplex of Photosystem II / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#20
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

+
分子 #1: Photosystem II protein D1

分子名称: Photosystem II protein D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 38.003234 KDa
配列文字列: TAILERRESE SLWGRFCNWI TSTENRLYIG WFGVLMIPTL LTATSVFIIA FIAAPPVDID GIREPVSGSL LYGNNIISGA IIPTSAAIG LHFYPIWEAA SVDEWLYNGG PYELIVLHFL LGVACYMGRE WELSFRLGMR PWIAVAYSAP VAAATAVFLI Y PIGQGSFS ...文字列:
TAILERRESE SLWGRFCNWI TSTENRLYIG WFGVLMIPTL LTATSVFIIA FIAAPPVDID GIREPVSGSL LYGNNIISGA IIPTSAAIG LHFYPIWEAA SVDEWLYNGG PYELIVLHFL LGVACYMGRE WELSFRLGMR PWIAVAYSAP VAAATAVFLI Y PIGQGSFS DGMPLGISGT FNFMIVFQAE HNILMHPFHM LGVAGVFGGS LFSAMHGSLV TSSLIRETTE NESANEGYRF GQ EEETYNI VAAHGYFGRL IFQYASFNNS RSLHFFLAAW PVVGIWFTAL GISTMAFNLN GFNFNQSVVD SQGRVINTWA DII NRANLG MEVMHERNAH NFPLDLA

UniProtKB: Photosystem II protein D1

+
分子 #2: Photosystem II CP47 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP47 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 55.960625 KDa
配列文字列: GLPWYRVHTV VLNDPGRLLA VHIMHTALVA GWAGSMALYE LAVFDPSDPV LDPMWRQGMF VIPFMTRLGI TNSWGGWNIT GGTITNPGL WSYEGVAGAH IVFSGLCFLA AIWHWVYWDL EIFCDERTGK PSLDLPKIFG IHLFLSGVAC FGFGAFHVTG L YGPGIWVS ...文字列:
GLPWYRVHTV VLNDPGRLLA VHIMHTALVA GWAGSMALYE LAVFDPSDPV LDPMWRQGMF VIPFMTRLGI TNSWGGWNIT GGTITNPGL WSYEGVAGAH IVFSGLCFLA AIWHWVYWDL EIFCDERTGK PSLDLPKIFG IHLFLSGVAC FGFGAFHVTG L YGPGIWVS DPYGLTGKVQ PVNPAWGVEG FDPFVPGGIA SHHIAAGTLG ILAGLFHLSV RPPQRLYKGL RMGNIETVLS SS IAAVFFA AFVVAGTMWY GSATTPIELF GPTRYQWDQG YFQQEIYRRV SAGLAENQSL SEAWAKIPEK LAFYDYIGNN PAK GGLFRA GSMDNGDGIA VGWLGHPVFR NKEGRELFVR RMPTFFETFP VVLVDGDGIV RADVPFRRAE SKYSVEQVGV TVEF YGGEL NGVSYSDPAT VKKYARRAQL GEIFELDRAT LKSDGVFRSS PRGWFTFGHA SFALLFFFGH IWHGARTLFR DVFAG IDPD LDAQVEFGAF QKLGDPTTKR QAV

UniProtKB: Photosystem II CP47 reaction center protein

+
分子 #3: Photosystem II CP43 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP43 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 50.086324 KDa
配列文字列: TLFNGTLALA GRDQETTGFA WWAGNARLIN LSGKLLGAHV AHAGLIVFWA GAMNLFEVAH FVPEKPMYEQ GLILLPHLAT LGWGVGPGG EVIDTFPYFV SGVLHLISSA VLGFGGIYHA LLGPETLEES FPFFGYVWKD RNKMTTILGI HLILLGVGAF L LVFKALYF ...文字列:
TLFNGTLALA GRDQETTGFA WWAGNARLIN LSGKLLGAHV AHAGLIVFWA GAMNLFEVAH FVPEKPMYEQ GLILLPHLAT LGWGVGPGG EVIDTFPYFV SGVLHLISSA VLGFGGIYHA LLGPETLEES FPFFGYVWKD RNKMTTILGI HLILLGVGAF L LVFKALYF GGVYDTWAPG GGDVRKITNL TLSPSVIFGY LLKSPFGGEG WIVSVDDLED IIGGHVWLGS ICIFGGIWHI LT KPFAWAR RALVWSGEAY LSYSLAALSV CGFIACCFVW FNNTAYPSEF YGPTGPEASQ AQAFTFLVRD QRLGANVGSA QGP TGLGKY LMRSPTGEVI FGGETMRFWD LRAPWLEPLR GPNGLDLSRL KKDIQPWQER RSAEYMTHAP LGSLNSVGGV ATEI NAVNY VSPRSWLSTS HFVLGFFLFV GHLWHAGRAR AAAAGFEKGI DRDFEPVLSM TPLN

UniProtKB: Photosystem II CP43 reaction center protein

+
分子 #4: Photosystem II D2 protein

分子名称: Photosystem II D2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 39.444082 KDa
配列文字列: TIALGKFTKD EKDLFDIMDD WLRRDRFVFV GWSGLLLFPC AYFALGGWFT GTTFVTSWYT HGLASSYLEG CNFLTAAVST PANSLAHSL LLLWGPEAQG DFTRWCQLGG LWAFVALHGA FALIGFMLRQ FELARSVQLR PYNAIAFSGP IAVFVSVFLI Y PLGQSGWF ...文字列:
TIALGKFTKD EKDLFDIMDD WLRRDRFVFV GWSGLLLFPC AYFALGGWFT GTTFVTSWYT HGLASSYLEG CNFLTAAVST PANSLAHSL LLLWGPEAQG DFTRWCQLGG LWAFVALHGA FALIGFMLRQ FELARSVQLR PYNAIAFSGP IAVFVSVFLI Y PLGQSGWF FAPSFGVAAI FRFILFFQGF HNWTLNPFHM MGVAGVLGAA LLCAIHGATV ENTLFEDGDG ANTFRAFNPT QA EETYSMV TANRFWSQIF GVAFSNKRWL HFFMLFVPVT GLWMSALGVV GLALNLRAYD FVSQEIRAAE DPEFETFYTK NIL LNEGIR AWMAAQDQPH ENLIFPEEVL PRGNAL

UniProtKB: Photosystem II D2 protein

+
分子 #5: Cytochrome b559 subunit alpha

分子名称: Cytochrome b559 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 9.393501 KDa
配列文字列:
MSGSTGERSF ADIITSIRYW VIHSITIPSL FIAGWLFVST GLAYDVFGSP RPNEYFTESR QGIPLITGRF DSLEQLDEFS RSF

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit alpha

+
分子 #6: Cytochrome b559 subunit beta (PsbF)

分子名称: Cytochrome b559 subunit beta (PsbF) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 4.428228 KDa
配列文字列:
MTIDRTYPIF TVRWLAVHGL AVPTVSFLGS ISAMQFIQR

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit beta

+
分子 #7: Photosystem II reaction center protein H

分子名称: Photosystem II reaction center protein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 7.575691 KDa
配列文字列:
ATQTVEDSSR SGPRSTTVGK LLKPLNSEYG KVAPGWGTTP LMGVAMALFA VFLSIILEIY NSSVLLDGIS VN

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein H

+
分子 #8: Photosystem II reaction center protein I

分子名称: Photosystem II reaction center protein I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 4.170891 KDa
配列文字列:
MLTLKLFVYT VVIFFVSLFI FGFLSNDPGR NPGREE

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein I

+
分子 #9: Photosystem II reaction center protein K

分子名称: Photosystem II reaction center protein K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 4.239112 KDa
配列文字列:
KLPEAYAFLN PIVDVMPVIP LFFLLLAFVW QAAVSFR

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein K

+
分子 #10: Photosystem II reaction center protein L

分子名称: Photosystem II reaction center protein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 4.471075 KDa
配列文字列:
MTQSNPNEQS VELNRTSLYW GLLLIFVLAV LFSNYFFN

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein L

+
分子 #11: Photosystem II reaction center protein M

分子名称: Photosystem II reaction center protein M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 3.783538 KDa
配列文字列:
MEVNILAFIA TALFILVPTA FLLIIYVKTV SQND

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein M

+
分子 #12: Oxygen-evolving enhancer protein 1-1, chloroplastic

分子名称: Oxygen-evolving enhancer protein 1-1, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 26.594639 KDa
配列文字列: EGAPKRLTYD EIQSKTYMEV KGTGTANQCP TIDGGSETFS FKPGKYAGKK FCFEPTSFTV KADSVSKNAP PEFQNTKLMT RLTYTLDEI EGPFEVASDG SVNFKEEDGI DYAAVTVQLP GGERVPFLFT VKQLDASGKP DSFTGKFLVP SYRGSSFLDP K GRGGSTGY ...文字列:
EGAPKRLTYD EIQSKTYMEV KGTGTANQCP TIDGGSETFS FKPGKYAGKK FCFEPTSFTV KADSVSKNAP PEFQNTKLMT RLTYTLDEI EGPFEVASDG SVNFKEEDGI DYAAVTVQLP GGERVPFLFT VKQLDASGKP DSFTGKFLVP SYRGSSFLDP K GRGGSTGY DNAVALPAGG RGDEEELVKE NVKNTAASVG EITLKVTKSK PETGEVIGVF ESLQPSDTDL GAKVPKDVKI QG VWYGQLE

UniProtKB: Oxygen-evolving enhancer protein 1-1, chloroplastic

+
分子 #13: Photosystem II reaction center protein T

分子名称: Photosystem II reaction center protein T / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 3.825642 KDa
配列文字列:
MEALVYTFLL VSTLGIIFFA IFFREPPKIS TKK

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein T

+
分子 #14: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic

分子名称: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 6.036749 KDa
配列文字列:
LVDERMSTEG TGLPFGLSNN LLGWILFGVF GLIWTFFFVY TSSLEEDEES GLSL

UniProtKB: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic

+
分子 #15: Photosystem II reaction center protein X

分子名称: Photosystem II reaction center protein X / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 11.826013 KDa
配列文字列:
MASTSAMSLV TPLNQTRSSP FLKPLPLKPS KALVATGGRA QRLQVKALKM DKALTGISAA ALTASMVIPE IAEAAGSGIS PSLKNFLLS IASGGLVLTV IIGVVVGVSN FDPVKRT

UniProtKB: Expressed protein

+
分子 #16: Photosystem II reaction center protein Z

分子名称: Photosystem II reaction center protein Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 6.569768 KDa
配列文字列:
MTIAFQLAVF ALIITSSILL ISVPVVFASP DGWSSNKNVV FSGTSLWIGL VFLVGILNSL IS

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein Z

+
分子 #17: Chlorophyll a-b binding protein CP29.1, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein CP29.1, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 27.302855 KDa
配列文字列: AAPKKSAKKT VTTDRPLWYP GAISPDWLDG SLVGDYGFDP FGLGKPAEYL QFDIDSLDQN LAKNLAGDVI GTRTEAADAK STPFQPYSE VFGIQRFREC ELIHGRWAML ATLGALSVEW LTGVTWQDAG KVELVDGSSY LGQPLPFSIS TLIWIEVLVI G YIEFQRNA ...文字列:
AAPKKSAKKT VTTDRPLWYP GAISPDWLDG SLVGDYGFDP FGLGKPAEYL QFDIDSLDQN LAKNLAGDVI GTRTEAADAK STPFQPYSE VFGIQRFREC ELIHGRWAML ATLGALSVEW LTGVTWQDAG KVELVDGSSY LGQPLPFSIS TLIWIEVLVI G YIEFQRNA ELDSEKRLYP GGKFFDPLGL AADPEKTAQL QLAEIKHARL AMVAFLGFAV QAAATGKGPL NNWATHLSDP LH TTIIDTF SSS

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein CP29.1, chloroplastic

+
分子 #18: Chlorophyll a-b binding protein CP26, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein CP26, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 25.232754 KDa
配列文字列: SKAVSETSDE LAKWYGPDRR IFLPDGLLDR SEIPEYLNGE VAGDYGYDPF GLGKKPENFA KYQAFELIHA RWAMLGAAGF IIPEALNKY GANCGPEAVW FKTGALLLDG NTLNYFGKNI PINLVLAVVA EVVLLGGAEY YRITNGLDFE DKLHPGGPFD P LGLAKDPE ...文字列:
SKAVSETSDE LAKWYGPDRR IFLPDGLLDR SEIPEYLNGE VAGDYGYDPF GLGKKPENFA KYQAFELIHA RWAMLGAAGF IIPEALNKY GANCGPEAVW FKTGALLLDG NTLNYFGKNI PINLVLAVVA EVVLLGGAEY YRITNGLDFE DKLHPGGPFD P LGLAKDPE QGALLKVKEI KNGRLAMFAM LGFFIQAYVT GEGPVENLAK HLSDPFGNNL LTVIAGTAER APTL

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein CP26, chloroplastic

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分子 #19: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 23.97191 KDa
配列文字列: GPSGSPWYGS DRVKYLGPFS GESPSYLTGE FPGDYGWDTA GLSADPETFA RNRELEVIHS RWAMLGALGC VFPELLARNG VKFGEAVWF KAGSQIFSDG GLDYLGNPSL VHAQSILAIW ATQVILMGAV EGYRVAGNGP LGEAEDLLYP GGSFDPLGLA T DPEAFAEL ...文字列:
GPSGSPWYGS DRVKYLGPFS GESPSYLTGE FPGDYGWDTA GLSADPETFA RNRELEVIHS RWAMLGALGC VFPELLARNG VKFGEAVWF KAGSQIFSDG GLDYLGNPSL VHAQSILAIW ATQVILMGAV EGYRVAGNGP LGEAEDLLYP GGSFDPLGLA T DPEAFAEL KVKELKNGRL AMFSMFGFFV QAIVTGKGPI ENLADHLADP VNNNAWAFAT NFVPGK

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic

+
分子 #20: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 23.014051 KDa
配列文字列: AAAAQPKKSW IPAVKGGGNF LDPEWLDGSL PGDFGFDPLG LGKDPAFLKW YREAELIHGR WAMAAVLGIF VGQAWSGVAW FEAGAQPDA IAPFSFGSLL GTQLLLMGWV ESKRWVDFFN PDSQSVEWAT PWSKTAENFA NYTGDQGYPG GRFFDPLGLA G KNRDGVYE ...文字列:
AAAAQPKKSW IPAVKGGGNF LDPEWLDGSL PGDFGFDPLG LGKDPAFLKW YREAELIHGR WAMAAVLGIF VGQAWSGVAW FEAGAQPDA IAPFSFGSLL GTQLLLMGWV ESKRWVDFFN PDSQSVEWAT PWSKTAENFA NYTGDQGYPG GRFFDPLGLA G KNRDGVYE PDFEKLERLK LAEIKHSRLA MVAMLIFYFE AGQGKTPLGA LG

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #21: FE (II) ION

分子名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 2 / 式: FE2
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #22: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 212 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #23: PHEOPHYTIN A

分子名称: PHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 4 / 式: PHO
分子量理論値: 871.2 Da
Chemical component information

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)

+
分子 #24: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 2 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #25: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 96 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度3.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系球面収差補正装置: Microscope had a Cs corrector
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-7 / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 5198 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 38.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: The RANSAC method is used (Vargas 2014)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) / 使用した粒子像数: 23434
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細Initial fitting of the subunits in the cryo-EM map was performed by rigid body real space refinement, using as templates the high resolution crystal structures of Thermosynechococcus vulcanus PSII (PDB code 3WU2), pea LHC-II (PDB code 2BHW for the S- and M-trimers, and spinach CP29 (PDB code 3PL9) for CP29, CP26 and CP24. Local fitting and adjustment of the subunits in the cryo-EM maps was performed using manual rebuilding and restrained real space refinement as explained in the primary reference. Due to large differences in local resolution of the cryo-EM map, refinement of the PSII core, the S-trimer with CP26/CP29 and the M-trimer with CP24 was performed separately in excised parts of the cryo-EM map. The core was refined at 4.5 angstrom, the S-trimer+CP26+CP29 at 5.5 angstrom and the M-trimer+CP24 at 6.5 angstrom. Core: chains A,B,C,D,E,F,H,I,J,K,L,M,O,T,W,X,Z and a,b,c,d,e,f,h,i,j,k,l,m,o,t,w,x,z. S-trimer+CP26+CP29: chains G,N,Y,S,R and g,n,y,s,r. M-trimer+CP24: chains 1,2,3,4 and 5,6,7,8.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-5mdx:
Cryo-EM structure of the PSII supercomplex from Arabidopsis thaliana

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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