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万見
- PDB-5mcs: Solution structure and dynamics of the outer membrane cytochrome ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mcs
タイトルSolution structure and dynamics of the outer membrane cytochrome OmcF from Geobacter sulfurreducens
要素Lipoprotein cytochrome c, 1 heme-binding site
キーワードELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / Geobacter sulfurreducens / outer membrane cytochrome / redox protein (酸化還元反応) / solution structure
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived thylakoid lumen / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c6 / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Lipoprotein cytochrome c, 1 heme-binding site
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacter sulfurreducens (バクテリア)
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Dantas, J.M. / Silva, M.A. / Morgado, L. / Pantoja-Uceda, D. / Turner, D.L. / Bruix, M. / Salgueiro, C.A.
資金援助 ポルトガル, 2件
組織認可番号国
Fundacao FCTPTDC/BBB-BQB/3554/2014 ポルトガル
Fundacao FCTUID/Multi/04378/2013 ポルトガル
引用ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2017
タイトル: Solution structure and dynamics of the outer membrane cytochrome OmcF from Geobacter sulfurreducens.
著者: Dantas, J.M. / Silva, M.A. / Pantoja-Uceda, D. / Turner, D.L. / Bruix, M. / Salgueiro, C.A.
履歴
登録2016年11月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection
カテゴリ: pdbx_nmr_software / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipoprotein cytochrome c, 1 heme-binding site
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9432
ポリマ－8,3241
非ポリマー6191
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1160 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area5140 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #20target function

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要素

#1: タンパク質 Lipoprotein cytochrome c, 1 heme-binding site / Outer membrane protein / OmcF


分子量: 8324.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter sulfurreducens (strain ATCC 51573 / DSM 12127 / PCA) (バクテリア)
遺伝子: omcF, GSU2432 / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) / 参照: UniProt: Q74AE4
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C / Heme C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic23D CBCA(CO)NH
121isotropic23D HNCA
131isotropic23D HN(CA)CB
141isotropic23D HN(CO)CA
151isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1111isotropic22D 1H-15N HSQC
2102isotropic22D 1H-1H COSY
292isotropic22D 1H-1H TOCSY
282isotropic22D 1H-1H NOESY
373isotropic12D 1H-1H COSY
363isotropic12D 1H-1H TOCSY
3123isotropic12D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution12 mM [U-13C; U-15N] Outer membrane protein, OmcF, 90% H2O/10% D2O15N_13C_OmcF90% H2O/10% D2O
solution22 mM Outer membrane protein, OmcF, 90% H2O/10% D2O1H_OmcF90% H2O/10% D2O
solution32 mM Outer membrane protein, OmcF, 100% D2O1H_OmcF100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2 mMOuter membrane protein, OmcF[U-13C; U-15N]1
2 mMOuter membrane protein, OmcFnatural abundance2
2 mMOuter membrane protein, OmcFnatural abundance3
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1100 mM15N_13C7 1 atm298 K
2100 mM1H7 1 atm298 K
3100 mM1H_D2O7 1 atm298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
DYANAGuntert P.精密化
DYANAGuntert, Braun and Wuthrichstructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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