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- PDB-5mc7: Crystal structure of Truncated Human Coatomer Protein Complex, su... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mc7
タイトルCrystal structure of Truncated Human Coatomer Protein Complex, subunit Z1 (CopZ1)
要素Coatomer subunit zeta-1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Cancer / Dormant Cells / Human COPI / CopZ1
機能・相同性
機能・相同性情報


COPI vesicle coat / intra-Golgi vesicle-mediated transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / transport vesicle / intracellular protein transport / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta-Lactamase - #60 / Coatomer subunit zeta / Clathrin adaptor complex, small chain / Clathrin adaptor complexes small chain signature. / AP complex, mu/sigma subunit / Clathrin adaptor complex small chain / Longin-like domain superfamily / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Coatomer subunit zeta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Lunev, S. / Groves, M.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)1P20GM109091 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of truncated human coatomer protein complex subunit zeta 1 (Cop zeta 1).
著者: Lunev, S. / Semmelink, M.F. / Xian, J.L. / Ma, K.Y. / Leenders, A.J. / Domling, A.S. / Shtutman, M. / Groves, M.R.
履歴
登録2016年11月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月18日Group: Database references
改定 1.22022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coatomer subunit zeta-1
B: Coatomer subunit zeta-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3902
ポリマ－33,3902
非ポリマー00
水2,090116
1
A: Coatomer subunit zeta-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6951
ポリマ－16,6951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Coatomer subunit zeta-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6951
ポリマ－16,6951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)109.360, 65.403, 37.273
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.58, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _ / Auth seq-ID: 12 - 150 / Label seq-ID: 9 - 147

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Coatomer subunit zeta-1 / Zeta-1-coat protein / Zeta-1 COP


分子量: 16695.096 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-177 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COPZ1, COPZ, CGI-120, HSPC181 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 pLysS / 参照: UniProt: P61923
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: Thin plates of rectangular shape
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: 2.2 M DL-Malic acid 0.2 M Na Malonate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月29日
詳細: LN2 cooled double crystal monochromator and two horizontal deflecting and one vertical deflecting X-ray mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→56.03 Å / Num. obs: 33495 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.0246 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / CC1/2: 0.883 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HF6

2hf6


解像度: 1.6→56.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 5.234 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 1619 4.8 %RANDOM
Rwork0.21041 ---
obs0.21243 31877 97.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.047 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.48 Å20 Å20.21 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3---0.51 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.6→56.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2224 0 0 116 2340
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.030.0192256
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022204
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5691.9823044
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.28435066
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.155276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.67325108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.80415422
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.911512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1870.2354
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.022524
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02496
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9230.9511110
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9130.951109
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3761.4231384
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.3771.4241385
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5731.1571146
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.5731.1581147
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.3661.6551661
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.52918.7659461
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.51118.6089397
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 8444 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.15 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.601→1.643 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 113 -
Rwork0.268 2310 -
obs--96.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.49050.22360.36922.02570.06082.7389-0.01910.02510.06480.02810.01110.0475-0.06290.05820.00790.0278-0.0049-0.00270.029-0.00720.006612.02190.272913.5597
23.6387-0.4915-0.03073.3418-0.00172.2423-0.00620.12460.1826-0.1538-0.0597-0.0526-0.0647-0.02020.06590.06670.0080.00550.0702-0.00650.024417.4591-25.0179-4.3407
31.9760.5035-0.24922.7652-0.45242.2269-0.0305-0.0325-0.11390.043-0.01070.02560.0982-0.05560.04120.0410.0093-0.01610.055-0.00180.03159.5089-32.63233.4194
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A12 - 150
2X-RAY DIFFRACTION2B12 - 60
3X-RAY DIFFRACTION3B61 - 150

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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