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- PDB-5mby: Crystal Structure of Arg184Gln mutant of Human Prolidase with Mn ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mby
タイトルCrystal Structure of Arg184Gln mutant of Human Prolidase with Mn ions and GlyPro ligand
要素Xaa-Pro dipeptidase
キーワードHYDROLASE / prolidase / peptidase / hydrolysis / pita-bread / metalloenzyme / mutation
機能・相同性
機能・相同性情報


Xaa-Pro dipeptidase / proline dipeptidase activity / amino acid metabolic process / negative regulation of programmed cell death / metalloaminopeptidase activity / collagen catabolic process / metallocarboxypeptidase activity / peptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
: / Aminopeptidase P, N-terminal / Aminopeptidase P, N-terminal domain / Aminopeptidase P, N-terminal domain / Peptidase M24B, X-Pro dipeptidase/aminopeptidase P, conserved site / Aminopeptidase P and proline dipeptidase signature. / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Creatine Amidinohydrolase ...: / Aminopeptidase P, N-terminal / Aminopeptidase P, N-terminal domain / Aminopeptidase P, N-terminal domain / Peptidase M24B, X-Pro dipeptidase/aminopeptidase P, conserved site / Aminopeptidase P and proline dipeptidase signature. / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCINE / : / HYDROXIDE ION / PROLINE / Xaa-Pro dipeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Wilk, P. / Piwowarczyk, R. / Mueller, U. / Dobbek, H. / Weiss, M.S.
引用ジャーナル: FEBS J. / : 2018
タイトル: Structural basis for prolidase deficiency disease mechanisms.
著者: Wilk, P. / Uehlein, M. / Piwowarczyk, R. / Dobbek, H. / Mueller, U. / Weiss, M.S.
履歴
登録2016年11月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22018年9月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xaa-Pro dipeptidase
B: Xaa-Pro dipeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,90118
ポリマ-107,7142
非ポリマー1,18716
21,9601219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8120 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area34930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.568, 107.091, 217.373
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-687-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Xaa-Pro dipeptidase / X-Pro dipeptidase / Imidodipeptidase / Peptidase D / Proline dipeptidase / Prolidase


分子量: 53857.109 Da / 分子数: 2 / 変異: R184Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PEPD, PRD / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P12955, Xaa-Pro dipeptidase

-
非ポリマー , 6種, 1235分子

#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Mn
#3: 化合物 ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド


分子量: 17.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : HO
#4: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C2H5NO2
#5: 化合物 ChemComp-PRO / PROLINE / プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C5H9NO2
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1219 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.9 / 詳細: 100mM NaCacodylate, 690-760mM NaCitrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月25日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator Si-11
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.549→48.033 Å / Num. obs: 173821 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.74 % / Biso Wilson estimate: 18.33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 11.37
反射 シェル解像度: 1.55→1.64 Å / 冗長度: 6.58 % / Rmerge(I) obs: 1.375 / Mean I/σ(I) obs: 1.29 / % possible all: 99.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation7.74 Å44.15 Å
Translation7.74 Å44.15 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5M4J
解像度: 1.55→48.03 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.34
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.174 2100 1.21 %Random selection
Rwork0.156 ---
obs0.156 173801 99.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→48.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7526 0 68 1219 8813
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.017873
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.21910658
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6112902
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491157
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071395
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5492-1.58530.3361370.338511216X-RAY DIFFRACTION98
1.5853-1.62490.3121390.297311339X-RAY DIFFRACTION100
1.6249-1.66890.24421390.265311361X-RAY DIFFRACTION100
1.6689-1.7180.29241380.253411357X-RAY DIFFRACTION100
1.718-1.77340.2361400.242311431X-RAY DIFFRACTION100
1.7734-1.83680.25071390.220311321X-RAY DIFFRACTION100
1.8368-1.91030.20881400.190911471X-RAY DIFFRACTION100
1.9103-1.99730.16531390.168211377X-RAY DIFFRACTION100
1.9973-2.10260.16691400.151411410X-RAY DIFFRACTION100
2.1026-2.23430.16321400.140611454X-RAY DIFFRACTION100
2.2343-2.40680.18051400.135411474X-RAY DIFFRACTION100
2.4068-2.6490.16821400.134911492X-RAY DIFFRACTION100
2.649-3.03230.15381410.133611531X-RAY DIFFRACTION100
3.0323-3.82010.12741420.123211593X-RAY DIFFRACTION100
3.8201-48.05580.15031460.133711874X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4189-0.174-0.08950.3113-0.25690.4442-0.0490.1560.1373-0.2554-0.0064-0.1463-0.060.020100.22870.0080.05520.21290.00750.213238.38432.29162.0806
20.46570.00920.01020.54790.00840.21020.0241-0.0074-0.05110.04080.0087-0.20790.00390.039800.16820.0034-0.01190.1794-00.216737.594326.004277.4296
30.3945-0.19310.08430.61030.13140.53210.03940.0885-0.2185-0.0276-0.0176-0.34180.04140.01650.00010.18350.00550.0290.2196-0.01450.270843.316417.632468.9864
40.3742-0.11620.16110.4563-0.32440.2365-0.0638-0.0712-0.00950.06180.0661-0.22370.01160.055900.15910.0121-0.01490.2168-0.0330.316848.300528.31278.5872
50.8283-0.3398-0.0290.97920.03310.0923-0.00760.03610.05-0.0620.0149-0.1753-0.0130.0087-0.00010.17820.0125-0.00080.18520.01310.160633.799635.532871.6116
60.12660.0488-0.0670.6958-0.15080.10960.0110.03850.0205-0.0623-0.00560.1686-0.0315-0.026400.17330.0128-0.02450.20490.00220.185710.639630.478872.2085
70.7038-0.0543-0.08721.14940.01320.24470.02080.06080.0471-0.0608-0.01330.2223-0.0443-0.0503-00.15920.0238-0.02940.17650.0130.17679.192942.268672.8507
81.1994-0.216-0.4511.21920.17730.50440.0025-0.11390.33480.05220.0449-0.1984-0.08130.05380.00010.17240.0131-0.01510.1622-0.01190.222720.339455.96978.391
90.1878-0.2483-0.11370.88040.08220.1205-0.0351-0.05350.12260.0990.0342-0.0286-0.07460.0258-00.20390.0233-0.00390.199-0.00620.20216.073254.30981.8048
100.21930.32970.13720.8743-0.07490.27480.07810.12760.2322-0.0883-0.01360.2023-0.0426-0.12240.02220.16280.02140.01140.17180.03550.225911.482150.790573.4748
110.2089-0.1341-0.0710.230.08020.09710.12750.41540.0777-0.412-0.11330.2837-0.0002-0.06110.16740.27840.0502-0.09230.28910.03710.22017.996644.200660.118
120.44920.3317-0.03840.37010.18470.43680.0232-0.0994-0.14690.28550.08140.3661-0.0525-0.219-0.3560.2720.01450.09580.21990.04380.22885.183215.014896.9572
130.1651-0.1425-0.03910.6187-0.17910.2689-0.03750.01950.04380.19660.0248-0.0174-0.06390.045500.24920.0044-0.00570.19740.01090.137919.677722.427995.8215
140.7693-0.16220.1950.38780.08450.5689-0.0584-0.03880.12740.35570.0550.1171-0.1931-0.1448-0.04030.35930.03180.05020.24640.01180.199210.536430.6261100.7407
150.30160.22950.19050.307-0.10050.5761-0.0251-0.12390.01410.37770.0854-0.1102-0.1140.08040.00150.42550.0189-0.02510.2489-0.00670.142321.493621.4958106.0246
160.2226-0.216-0.27130.8251-0.24680.7334-0.036-0.067-0.07090.24230.0230.09950.0302-0.1254-0.00040.22390.01660.01330.16410.01470.164814.397712.100992.966
170.3613-0.2129-0.0950.99760.17840.20980.02240.0752-0.0984-0.0811-0.01850.10110.0034-0.0495-00.16620.0026-0.02710.1922-0.02030.17116.08528.065569.0401
180.5466-0.1792-0.40860.7940.24870.9745-0.0374-0.0639-0.22180.2250.04840.00850.16670.0681-00.21070.0048-0.01760.17670.01150.232522.6932-8.016682.5128
190.34210.03990.10990.6288-0.30470.38240.07570.0473-0.1598-0.0235-0.0242-0.14520.0550.13050.00150.15840.0112-0.02170.2127-0.04560.266330.1558-8.79268.0877
200.5117-0.27850.06460.7533-0.0160.49180.01460.1335-0.1408-0.026-0.07350.2191-0.0004-0.1049-0.03330.1562-0.0099-0.02710.2158-0.02750.23788.47582.199970.7763
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 6 THROUGH 36 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 37 THROUGH 82 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 83 THROUGH 124 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 125 THROUGH 156 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 157 THROUGH 212 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 213 THROUGH 252 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'A' AND (RESID 253 THROUGH 319 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'A' AND (RESID 320 THROUGH 396 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'A' AND (RESID 397 THROUGH 436 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'A' AND (RESID 437 THROUGH 464 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'A' AND (RESID 465 THROUGH 490 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'B' AND (RESID 6 THROUGH 36 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'B' AND (RESID 37 THROUGH 82 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'B' AND (RESID 83 THROUGH 124 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'B' AND (RESID 125 THROUGH 159 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN 'B' AND (RESID 160 THROUGH 212 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN 'B' AND (RESID 213 THROUGH 319 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN 'B' AND (RESID 320 THROUGH 407 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN 'B' AND (RESID 408 THROUGH 443 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN 'B' AND (RESID 444 THROUGH 489 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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