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万見
- PDB-5mbv: Cryo-EM structure of Lambda Phage protein GamS bound to RecBCD. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mbv
タイトルCryo-EM structure of Lambda Phage protein GamS bound to RecBCD.
要素
  • Host-nuclease inhibitor protein gam
  • RecBCD enzyme subunit RecB
  • RecBCD enzyme subunit RecC
  • RecBCD enzyme subunit RecD
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Inhibitor / Complex / DNA repair / Helicase/Nuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated evasion of DNA end degradation by host / exodeoxyribonuclease V / exodeoxyribonuclease V activity / exodeoxyribonuclease V complex / deoxyribonuclease inhibitor activity / clearance of foreign intracellular DNA / DNA translocase activity / DNA 5'-3' helicase / single-stranded DNA helicase activity / recombinational repair ...symbiont-mediated evasion of DNA end degradation by host / exodeoxyribonuclease V / exodeoxyribonuclease V activity / exodeoxyribonuclease V complex / deoxyribonuclease inhibitor activity / clearance of foreign intracellular DNA / DNA translocase activity / DNA 5'-3' helicase / single-stranded DNA helicase activity / recombinational repair / DNA 3'-5' helicase / 3'-5' DNA helicase activity / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA helicase activity / DNA endonuclease activity / double-strand break repair via homologous recombination / helicase activity / response to radiation / 5'-3' DNA helicase activity / DNA recombination / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / DNA damage response / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Host-nuclease inhibitor protein Gam / Host-nuclease inhibitor Gam / Host-nuclease inhibitor Gam superfamily / Host-nuclease inhibitor protein Gam / Arc Repressor Mutant, subunit A - #990 / Recbcd, chain B, domain 2 / Recbcd, chain B, domain 2 / Rossmann fold - #10930 / RecBCD complex, subunit RecD, N-terminal domain / Arc Repressor Mutant, subunit A - #160 ...Host-nuclease inhibitor protein Gam / Host-nuclease inhibitor Gam / Host-nuclease inhibitor Gam superfamily / Host-nuclease inhibitor protein Gam / Arc Repressor Mutant, subunit A - #990 / Recbcd, chain B, domain 2 / Recbcd, chain B, domain 2 / Rossmann fold - #10930 / RecBCD complex, subunit RecD, N-terminal domain / Arc Repressor Mutant, subunit A - #160 / PCRA; domain 4 / PCRA; domain 4 / RecBCD enzyme subunit RecB / RecBCD enzyme subunit RecD / RecBCD enzyme subunit RecC / RecC, C-terminal / RecBCD enzyme subunit RecD, N-terminal domain / : / Exodeoxyribonuclease V, gamma subunit / RecC C-terminal domain / RecBCD enzyme subunit RecD, N-terminal domain / Lambda Exonuclease; Chain A - #10 / PD-(D/E)XK endonuclease-like domain, AddAB-type / PD-(D/E)XK nuclease superfamily / Lambda Exonuclease; Chain A / AAA domain / DExx box DNA helicase domain superfamily / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD-like DNA helicase C-terminal domain profile. / UvrD-like DNA helicase, C-terminal / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD/REP helicase N-terminal domain / PD-(D/E)XK endonuclease-like domain superfamily / UvrD-like DNA helicase ATP-binding domain profile. / DNA helicase, UvrD/REP type / UvrD-like helicase, ATP-binding domain / AAA domain / Restriction endonuclease type II-like / : / Arc Repressor Mutant, subunit A / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Host-nuclease inhibitor protein gam / RecBCD enzyme subunit RecD / RecBCD enzyme subunit RecC / RecBCD enzyme subunit RecB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Enterobacteria phage lambda (λファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Wilkinson, M. / Chaban, Y. / Wigley, D.B.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Structural basis for the inhibition of RecBCD by Gam and its synergistic antibacterial effect with quinolones.
著者: Martin Wilkinson / Luca Troman / Wan Ak Wan Nur Ismah / Yuriy Chaban / Matthew B Avison / Mark S Dillingham / Dale B Wigley /
要旨: Our previous paper (Wilkinson , 2016) used high-resolution cryo-electron microscopy to solve the structure of the RecBCD complex, which acts in both the repair of double-stranded DNA breaks and the ...Our previous paper (Wilkinson , 2016) used high-resolution cryo-electron microscopy to solve the structure of the RecBCD complex, which acts in both the repair of double-stranded DNA breaks and the degradation of bacteriophage DNA. To counteract the latter activity, bacteriophage λ encodes a small protein inhibitor called Gam that binds to RecBCD and inactivates the complex. Here, we show that Gam inhibits RecBCD by competing at the DNA-binding site. The interaction surface is extensive and involves molecular mimicry of the DNA substrate. We also show that expression of Gam in or increases sensitivity to fluoroquinolones; antibacterials that kill cells by inhibiting topoisomerases and inducing double-stranded DNA breaks. Furthermore, fluoroquinolone-resistance in clinical isolates is reversed by expression of Gam. Together, our data explain the synthetic lethality observed between topoisomerase-induced DNA breaks and the RecBCD gene products, suggesting a new co-antibacterial strategy.
履歴
登録2016年11月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月23日Group: Data collection / Experimental preparation / Refinement description
カテゴリ: em_3d_fitting / em_sample_support / em_software
Item: _em_3d_fitting.target_criteria / _em_sample_support.details ..._em_3d_fitting.target_criteria / _em_sample_support.details / _em_sample_support.grid_type / _em_software.name
改定 1.22018年3月28日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32019年10月23日Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3460
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: RecBCD enzyme subunit RecB
C: RecBCD enzyme subunit RecC
D: RecBCD enzyme subunit RecD
A: Host-nuclease inhibitor protein gam
E: Host-nuclease inhibitor protein gam


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)353,5135
ポリマ－353,5135
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area25710 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area129280 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 RecBCD enzyme subunit RecB / Exodeoxyribonuclease V 135 kDa polypeptide / Exodeoxyribonuclease V beta chain / Exonuclease V ...Exodeoxyribonuclease V 135 kDa polypeptide / Exodeoxyribonuclease V beta chain / Exonuclease V subunit RecB / ExoV subunit RecB / Helicase/nuclease RecBCD subunit RecB


分子量: 134167.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: recB, ior, rorA, b2820, JW2788 / プラスミド: pETduet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P08394, exodeoxyribonuclease V
#2: タンパク質 RecBCD enzyme subunit RecC / Exodeoxyribonuclease V 125 kDa polypeptide / Exodeoxyribonuclease V gamma chain / Exonuclease V ...Exodeoxyribonuclease V 125 kDa polypeptide / Exodeoxyribonuclease V gamma chain / Exonuclease V subunit RecC / ExoV subunit RecC


分子量: 128974.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: recC, b2822, JW2790 / プラスミド: pRSFduet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P07648, exodeoxyribonuclease V
#3: タンパク質 RecBCD enzyme subunit RecD / Exodeoxyribonuclease V 67 kDa polypeptide / Exodeoxyribonuclease V alpha chain / Exonuclease V ...Exodeoxyribonuclease V 67 kDa polypeptide / Exodeoxyribonuclease V alpha chain / Exonuclease V subunit RecD / ExoV subunit RecD / Helicase/nuclease RecBCD subunit RecD


分子量: 67047.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: recD, hopE, b2819, JW2787 / プラスミド: pCDFduet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P04993, exodeoxyribonuclease V
#4: タンパク質 Host-nuclease inhibitor protein gam


分子量: 11661.924 Da / 分子数: 2 / Mutation: L79I same as crystal structure / 由来タイプ: 組換発現
詳細: GamL is cleaved at position Y44 when expressed in E.coli into GamS (see paper - pubmed id 17544443). We had the GamS gene synthesised to start at M41 for this project. It purifies as a dimer.
由来: (組換発現) Enterobacteria phage lambda (λファージ)
遺伝子: gam, gamma / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03702

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1RecBCD complex bound to inhibitory protein lambda GamSCOMPLEXRecBCD and GamS were expressed and purified separately. They were mixed with an excess of GamS then passed through a size exclusion column to separate out free GamS.#1-#50MULTIPLE SOURCES
2RecBCD helicase/nuclease complexCOMPLEX#1-#31RECOMBINANT
3Lambda GamSCOMPLEX#4-#51RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.35 MDaNO
220.33 MDaNO
330.02 MDaNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli (大腸菌)562
33Enterobacteria phage lambda (λファージ)10710
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株プラスミド
22Escherichia coli (大腸菌)562BL21(DE3)Multiple
33Escherichia coli (大腸菌)562BL21(DE3)pET22b
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 mMTris-HCl1
250 mMSodium chloride1
30.5 mMTCEP-HCl1
試料濃度: 1.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Grids were thinned by glow discharge in 30s steps with 1 minute wait in between treatments. Then left for 1-2 weeks prior to overnight treatment with 1 mM Ampiphol A8-35 to render surface ...詳細: Grids were thinned by glow discharge in 30s steps with 1 minute wait in between treatments. Then left for 1-2 weeks prior to overnight treatment with 1 mM Ampiphol A8-35 to render surface hydrophilic. Grids were washed with 5 drops of water prior to use. EMS
グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 3 ul sample applied Blot force of -4 for 1 s

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 倍率（補正後）: 37313 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Calibrated defocus min: 600 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2900 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 0.4 sec. / 電子線照射量: 1.4 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 334
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 動画フレーム数/画像: 25 / 利用したフレーム数/画像: 1-25

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.10.1_2155: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1Gautomatch粒子像選択Template-free using circles with diameter of 140 Angstroms
2EPU画像取得Focused every 5 um
4Gctf0.5CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9RELION1.4初期オイラー角割当
10RELION1.4最終オイラー角割当
11RELION1.4分類
12RELION1.4３次元再構成
13REFMACモデル精密化Jelly body refinement
14PHENIXモデル精密化Real-space refinement
画像処理詳細: Frames were aligned using motioncorr prior to processing.
CTF補正詳細: CTF correction done at start of processing / タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 134124
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 122796 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDプロトコルTarget criteria
1RIGID BODY FITCross-correlation coefficient
2RIGID BODY FITCross-correlation coefficient
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
15LD2

5ld2

15LD21PDBexperimental model
22UUZ

2uuz

22UUZ2PDBexperimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00124635
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.42733407
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.51414917
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0363657
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0034402

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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