PDB-5ma0: PCE reductive dehalogenase from S. multivorans in complex with 2,...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ma0

タイトル

PCE reductive dehalogenase from S. multivorans in complex with 2,6-dichlorophenol

要素

Tetrachloroethene reductive dehalogenase catalytic subunit PceA

キーワード

OXIDOREDUCTASE / organohalide respiration anaerobic crystallisation cobalamin

機能・相同性

機能・相同性情報

4 iron, 4 sulfur cluster binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfurospirillum multivorans DSM 12446 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Kunze, C. / Bommer, M. / Hagen, W.R. / Uksa, M. / Dobbek, H. / Schubert, T. / Diekert, G.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Cobamide-mediated enzymatic reductive dehalogenation via long-range electron transfer.
著者: Kunze, C. / Bommer, M. / Hagen, W.R. / Uksa, M. / Dobbek, H. / Schubert, T. / Diekert, G.

履歴

登録	2016年11月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ma0.cif.gz	373 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ma0.ent.gz	302.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ma0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ma0_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ma0_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	5ma0_validation.xml.gz	39.9 KB	表示
CIF形式データ	5ma0_validation.cif.gz	59.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/5ma0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/5ma0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5m2gC 5m8uC 5m8wC 5m8xC 5m8yC 5m8zC 5m90C 5m91C 5m92C 5ma1C 5ma2C 5maaC 4uquS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5m8z-d 5m90-d 5m8y-d 5obi-d 5m8w-d 5m2g-d 5obp-d 5m8u-d 5ma2-d 4ur2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (11) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (6) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (4) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (4) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (4) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (4) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (4) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (4)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (11)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (6)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (4)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (4)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (4)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (4)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (4)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (4)

登録構造単位

A: Tetrachloroethene reductive dehalogenase catalytic subunit PceA

B: Tetrachloroethene reductive dehalogenase catalytic subunit PceA

ヘテロ分子

109 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.577, 73.577, 184.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Tetrachloroethene reductive dehalogenase catalytic subunit PceA 分子量: 52164.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Sulfurospirillum multivorans DSM 12446 (バクテリア) Plasmid details: DSM-12446 / 参照: UniProt: W6EQP0

-
非ポリマー , 5種, 695分子

#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#3: 化合物	ChemComp-BVQ / NORPSEUDO-B12 分子量: 1305.267 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₇H₈₂CoN₁₆O₁₄P
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-DUB / 2,6-dichlorophenol / 2,6-ジクロロフェノ-ル分子量: 163.001 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₄Cl₂O
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 681 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 15 percent PEG 3350, 200 mM sodium malonate, 2 percent benzamidineHCl, and 50 mM TrisHCl, pH 7.5 under an atmosphere of 95 percent N2, 5 percent H2 and less than 10 ppm oxygen

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月22日
放射	モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→31 Å / Num. obs: 76268 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14.1 % / B_iso Wilson estimate: 25.15 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.0656 / Net I/σ(I): 32.33
反射シェル	解像度: 1.9→1.968 Å / 冗長度: 9.4 % / R_merge(I) obs: 0.7996 / Mean I/σ(I) obs: 2.69 / CC_1/2: 0.774 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS	January 10, 2014	データ削減
XDS	January 10, 2014	データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4UQU

4uqu

解像度: 1.9→30.992 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 15.32

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1672	3814	4.99 %	Random selection
R_work	0.1361	-	-	-
obs	0.1376	76268	99.14 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30.992 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6777	0	264	681	7722

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7318
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.93	9972
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.956	4355
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1040
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1326

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8996-1.9212	0.2877	226	0.2856	4354	X-RAY DIFFRACTION	90
1.9212-1.9438	0.2617	248	0.2531	4723	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9438-1.9675	0.2411	245	0.2106	4715	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9675-1.9924	0.2259	253	0.1807	4802	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9924-2.0186	0.2412	248	0.1769	4708	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0186-2.0462	0.1848	250	0.1537	4772	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0462-2.0755	0.189	254	0.1464	4833	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0755-2.1064	0.1715	254	0.1444	4808	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1064-2.1393	0.1748	250	0.1511	4724	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1393-2.1744	0.1813	249	0.143	4781	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1744-2.2119	0.1886	254	0.1323	4835	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2119-2.2521	0.1674	254	0.1357	4811	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2521-2.2954	0.1815	250	0.1288	4791	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2954-2.3422	0.1863	251	0.1306	4758	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3422-2.3932	0.1702	252	0.1337	4833	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3932-2.4488	0.1728	259	0.1293	4905	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4488-2.51	0.1539	250	0.1248	4734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.5778	0.1845	257	0.1313	4870	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5778-2.6537	0.1683	255	0.1331	4853	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6537-2.7393	0.166	255	0.1289	4825	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7393-2.8371	0.1788	257	0.1363	4842	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8371-2.9506	0.1946	252	0.1364	4798	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9506-3.0848	0.1644	253	0.1354	4813	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0848-3.2473	0.1764	251	0.1333	4820	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2473-3.4505	0.1451	256	0.1232	4851	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4505-3.7165	0.1545	252	0.1236	4816	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7165-4.0897	0.1432	255	0.1165	4870	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0897-4.6798	0.1258	252	0.1124	4801	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6798-5.8894	0.1616	257	0.1322	4851	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8894-30.9958	0.1463	253	0.1492	4796	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4811	0.1122	0.3833	0.6904	0.372	0.4934	-0.0705	-0.0419	0.1163	-0.131	0.0541	0.0645	-0.2043	-0.1302	-0.0002	0.2471	0.0191	-0.0263	0.1547	-0.0082	0.1983	-8.4676	-12.2172	-11.1819
2	0.1632	-0.0389	0.0574	0.6427	0.3547	0.7988	0.0034	0.0063	0.0109	-0.0686	-0.0059	0.0414	-0.0241	-0.1136	0.0001	0.1702	-0.0182	-0.024	0.1745	-0.0119	0.1777	-10.0492	-29.1056	-13.1256
3	0.2539	-0.2227	0.0161	0.7456	0.2999	0.488	0.0052	-0.0226	0.0181	-0.1277	-0.0375	0.1202	-0.1171	-0.1504	-0.0001	0.1987	-0.0081	-0.0556	0.2296	0.0012	0.2011	-16.3147	-23.1052	-15.9914
4	0.2436	-0.0298	-0.0594	0.6645	0.055	0.5797	0.0067	-0.0493	0.0124	0.0193	-0.0223	0.045	-0.072	-0.0887	-0	0.1635	-0.0015	-0.0279	0.1573	-0.0233	0.1462	-9.87	-23.0632	-3.7691
5	0.095	0.1187	0.1254	0.1396	0.1785	0.1174	0.0503	0.0151	0.1558	-0.0977	-0.0271	0.0166	-0.377	-0.1117	-0.0004	0.3401	0.0367	-0.0309	0.1561	-0.0273	0.2083	-9.6003	-3.8846	-7.0502
6	0.1138	0.038	-0.0283	0.1825	0.0686	0.119	-0.0671	-0.1404	0.031	-0.0044	-0.032	-0.0536	-0.1882	0.396	-0.0002	0.21	-0.0015	-0.0214	0.2238	-0.0099	0.1851	2.2281	-16.1279	5.1692
7	-0.0741	0.1576	0.0297	0.0558	0.1963	0.219	0.0111	-0.2353	0.0098	0.2056	0.0879	-0.1067	0.0396	0.2425	0.0232	0.2266	-0.0654	-0.0306	0.2586	-0.0604	0.2345	4.1554	-25.9313	3.3899
8	0.1379	0.1312	-0.3219	0.5297	-0.2279	0.6185	0.0333	-0.0452	-0.0728	-0.0018	0.0646	-0.2554	0.4151	0.1169	0.0501	0.3111	0.0414	-0.0164	0.2295	-0.0929	0.3233	8.8365	-56.555	-19.8502
9	0.0873	-0.0302	-0.1026	0.1263	0.1668	0.1113	0.0121	-0.0381	-0.0377	0.122	0.0093	0.0409	0.3096	-0.1025	0.0017	0.3314	-0.1015	-0.0367	0.187	0.0153	0.1963	-15.08	-55.2899	-8.5357
10	0.1034	-0.1127	-0.1231	0.3594	0.1063	0.5388	-0.0159	0.0636	-0.0377	-0.149	0.1113	-0.1478	-0.0109	0.0602	0.0001	0.2211	-0.0385	0.0085	0.1848	-0.0535	0.2134	7.2189	-35.6592	-24.8912
11	0.3247	0.0669	-0.0018	0.7645	0.3564	0.4035	0.0097	0.0745	-0.0787	-0.156	0.1147	-0.1661	0.0958	0.0425	0.0016	0.2243	-0.0379	-0.0013	0.1699	-0.0395	0.1738	2.8373	-45.7477	-27.4595
12	0.4558	0.2264	0.1437	0.8367	0.3838	0.9341	0.0344	0.0149	-0.0938	0.0508	0.1144	-0.2307	0.2181	0.1394	0.1304	0.229	0.0424	-0.0553	0.1533	-0.058	0.262	9.1281	-51.5185	-15.3363
13	0.1078	-0.1059	0.1871	0.2595	0.2547	0.4158	0.0517	-0.0744	-0.0224	0.211	0.048	-0.1359	0.1779	0.0782	0.0049	0.2587	-0.006	-0.0766	0.1759	-0.0062	0.206	4.8391	-43.6638	-1.5681

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 69 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 70 through 176 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 177 through 235 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 236 through 338 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 339 through 379 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 380 through 404 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 405 through 462 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 7 through 52 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 53 through 96 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 97 through 176 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 177 through 235 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 236 through 379 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 380 through 461 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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