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万見
- PDB-5m9z: Second zinc-binding domain from yeast Pcf11 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m9z
タイトルSecond zinc-binding domain from yeast Pcf11
要素Protein PCF11
キーワードRNA BINDING PROTEIN / zinc-binding / mRNA / RNA processing
機能・相同性
機能・相同性情報


termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / termination of RNA polymerase II transcription, exosome-dependent / mRNA cleavage factor complex / mRNA 3'-end processing / termination of RNA polymerase II transcription / RNA polymerase II complex binding / mRNA binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Pfc11 Rna14/15 interacting domain / Subunit of cleavage factor IA Pcf11, C-terminal / Protein PCF11-like / : / : / Pcf11, Clp1-interaction domain / Pcf11, C-terminal domain / CID domain / RPR ...: / Pfc11 Rna14/15 interacting domain / Subunit of cleavage factor IA Pcf11, C-terminal / Protein PCF11-like / : / : / Pcf11, Clp1-interaction domain / Pcf11, C-terminal domain / CID domain / RPR / CID domain / CID domain profile. / ENTH/VHS
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Mackereth, C.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Distinct roles of Pcf11 zinc-binding domains in pre-mRNA 3'-end processing.
著者: Guegueniat, J. / Dupin, A.F. / Stojko, J. / Beaurepaire, L. / Cianferani, S. / Mackereth, C.D. / Minvielle-Sebastia, L. / Fribourg, S.
履歴
登録2016年11月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年1月31日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_spectrometer / Item: _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_dist_value

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein PCF11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9042
ポリマ－10,8391
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area100 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area4230 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 40structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Protein PCF11 / protein 1 of CF I


分子量: 10838.987 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 530-626 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PCF11, YDR228C, YD9934.13C / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): LysY / 参照: UniProt: P39081
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic22D 1H-15N HSQC
123isotropic23D HNCO
133isotropic23D HN(CA)CO
143isotropic23D HNCA
153isotropic23D CBCA(CO)NH
163isotropic23D HN(CA)CB
172isotropic23D HNHA
184isotropic12D 1H-13C HSQC
193isotropic23D H(CCO)NH
1104isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1114isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1125isotropic12D 1H-13C HSQC CT
1132isotropic23D 1H-15N NOESY
1142isotropic22D 1H-15N HMBC
1154isotropic13D 1H-13C NOESY
1161isotropic22D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1360 uM Pcf11, 50 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 50 uM zinc acetate, 90% H2O/10% D2Ounlabeled90% H2O/10% D2O
solution2250 uM [U-99% 15N] Pcf11, 50 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 50 uM zinc acetate, 90% H2O/10% D2O15N_sample90% H2O/10% D2O
solution3230 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Pcf11, 50 mM na TRIS, 150 mM na sodium chloride, 50 uM zinc acetate, 90% H2O/10% D2O13C_15N_sample90% H2O/10% D2O
solution4230 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Pcf11, 50 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 50 uM zinc acetate, 100% D2O13C_15N_D2O100% D2O
solution5100 uM [U-10% 13C; U-99% 15N] Pcf11, 50 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 50 uM zinc acetate, 90% H2O/10% D2O10_percent_13C90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
360 uMPcf11natural abundance1
50 mMTRISnatural abundance1
150 mMsodium chloridenatural abundance1
50 uMzinc acetatenatural abundance1
250 uMPcf11[U-99% 15N]2
50 mMTRISnatural abundance2
150 mMsodium chloridenatural abundance2
50 uMzinc acetatenatural abundance2
230 uMPcf11[U-99% 13C; U-99% 15N]3
50 mMTRISna3
150 mMsodium chloridena3
50 uMzinc acetatenatural abundance3
230 uMPcf11[U-99% 13C; U-99% 15N]4
50 mMTRISnatural abundance4
150 mMsodium chloridenatural abundance4
50 uMzinc acetatenatural abundance4
100 uMPcf11[U-10% 13C; U-99% 15N]5
50 mMTRISnatural abundance5
150 mMsodium chloridenatural abundance5
50 uMzinc acetatenatural abundance5
試料状態イオン強度: 200 mM / Label: condition_1 / pH: 7.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpinBruker Biospincollection
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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