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- PDB-5m99: Functional Characterization and Crystal Structure of Thermostable... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m99
タイトルFunctional Characterization and Crystal Structure of Thermostable Amylase from Thermotoga petrophila, reveals High Thermostability and an Archaic form of Dimerization
要素(Alpha-amylase) x 2
キーワードHYDROLASE / Hydrolase Glycosyl hydrolase 13 family alpha amylase activity
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-amylase activity => GO:0004556 / cation binding / alpha-amylase / alpha-amylase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 / Alpha amylase / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel ...Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 / Alpha amylase / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Thermotoga petrophila RKU-1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Hameed, U. / Price, I. / Mirza, O.A.
引用ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2017
タイトル: Functional characterization and crystal structure of thermostable amylase from Thermotoga petrophila, reveals high thermostability and an unusual form of dimerization.
著者: Hameed, U. / Price, I. / Ke, A. / Wilson, D.B. / Mirza, O.
履歴
登録2016年11月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-amylase
B: Alpha-amylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,59831
ポリマ－119,1402
非ポリマー1,45829
水18,6461035
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7970 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area35230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.237, 153.237, 143.056
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Alpha-amylase


分子量: 59627.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga petrophila RKU-1 (バクテリア)
プラスミド: a pHIS-parallel1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): codon plus / 参照: UniProt: A0A059TXD8, alpha-amylase
#2: タンパク質 Alpha-amylase


分子量: 59513.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga petrophila RKU-1 (バクテリア)
プラスミド: pHIS-parallel1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A059TXD8, alpha-amylase

-
非ポリマー , 6種, 1064分子

#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1035 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.78 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Tris, 1.2 M Na/K tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→50.16 Å / Num. obs: 136221 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 5.3 % / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 1.96→2 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.96→50.159 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.92
Rfactor反射数%反射
Rfree0.184 1929 1.48 %
Rwork0.152 --
obs0.1525 130271 95.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→50.159 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8448 0 84 1035 9567
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078966
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99712181
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4533230
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451201
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051576
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9597-2.00870.25081200.23288208X-RAY DIFFRACTION86
2.0087-2.0630.24781330.21598477X-RAY DIFFRACTION89
2.063-2.12370.25771330.2088679X-RAY DIFFRACTION90
2.1237-2.19230.24341350.20198872X-RAY DIFFRACTION93
2.1923-2.27060.24921350.18329110X-RAY DIFFRACTION95
2.2706-2.36150.22321380.17139124X-RAY DIFFRACTION95
2.3615-2.4690.20921390.16999285X-RAY DIFFRACTION97
2.469-2.59920.19011380.16659279X-RAY DIFFRACTION97
2.5992-2.7620.18421460.16669378X-RAY DIFFRACTION98
2.762-2.97520.21211440.16379492X-RAY DIFFRACTION99
2.9752-3.27460.19851450.15639597X-RAY DIFFRACTION100
3.2746-3.74830.17281420.13379552X-RAY DIFFRACTION100
3.7483-4.72190.14161400.11249617X-RAY DIFFRACTION100
4.7219-50.1750.13571410.13099672X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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