PDB-5m92: PCE reductive dehalogenase from S. multivorans in complex with 2,...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5m92

タイトル

PCE reductive dehalogenase from S. multivorans in complex with 2,4-dibromophenol

要素

Tetrachloroethene reductive dehalogenase catalytic subunit PceA

キーワード

OXIDOREDUCTASE / organohalide respiration anaerobic crystallisation cobalamin

機能・相同性

機能・相同性情報

4 iron, 4 sulfur cluster binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfurospirillum multivorans DSM 12446 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.785 Å

データ登録者

Kunze, C. / Bommer, M. / Hagen, W.R. / Uksa, M. / Dobbek, H. / Schubert, T. / Diekert, G.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Cobamide-mediated enzymatic reductive dehalogenation via long-range electron transfer.
著者: Kunze, C. / Bommer, M. / Hagen, W.R. / Uksa, M. / Dobbek, H. / Schubert, T. / Diekert, G.

履歴

登録	2016年10月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5m92.cif.gz	377.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5m92.ent.gz	305.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5m92.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5m92_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5m92_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	5m92_validation.xml.gz	41.4 KB	表示
CIF形式データ	5m92_validation.cif.gz	61.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/5m92 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/5m92	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5m2gC 5m8uC 5m8wC 5m8xC 5m8yC 5m8zC 5m90C 5m91C 5ma0C 5ma1C 5ma2C 5maaC 4uquS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5maa-d 4ur1-d 4ur3-1 4ur2-d 5m8y-d 4ur3-2 4ur3-3 2bpo-2 5m8z-d 1one-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (15) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (6) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (4) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (4) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (4) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (4) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (4) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (4)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (15)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (6)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (4)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (4)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (4)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (4)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (4)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (4)

登録構造単位

A: Tetrachloroethene reductive dehalogenase catalytic subunit PceA

B: Tetrachloroethene reductive dehalogenase catalytic subunit PceA

ヘテロ分子

110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.944, 73.944, 185.109
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Tetrachloroethene reductive dehalogenase catalytic subunit PceA 分子量: 52164.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Sulfurospirillum multivorans DSM 12446 (バクテリア) Plasmid details: DSM-12446 / 参照: UniProt: W6EQP0

-
非ポリマー , 7種, 752分子

#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#3: 化合物	ChemComp-BVQ / NORPSEUDO-B12 分子量: 1305.267 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₇H₈₂CoN₁₆O₁₄P
#4: 化合物	ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン分子量: 120.152 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈N₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-Y8I / 2,4-bis(bromanyl)phenol / 2,4-ジブロモフェノ-ル分子量: 251.903 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₄Br₂O
#7: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 731 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 15 percent PEG 3350, 200 mM sodium malonate, 2 percent benzamidineHCl, and 50 mM TrisHCl, pH 7.5 under an atmosphere of 95 percent N2, 5 percent H2 and less than 10 ppm oxygen

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月3日
放射	モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.785→47.4 Å / Num. obs: 93436 / % possible obs: 99.49 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.56 % / B_iso Wilson estimate: 24.06 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 22
反射シェル	解像度: 1.785→1.849 Å / 冗長度: 13.41 % / R_merge(I) obs: 0.951 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / CC_1/2: 0.752 / % possible all: 94.94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS	November 3, 2014	データ削減
XDS	November 3, 2014	データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4UQU

4uqu

解像度: 1.785→47.375 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 17.92

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.178	1059	1.13 %	Random selection
R_work	0.149	-	-	-
obs	0.1493	93432	99.42 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.785→47.375 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6795	0	316	731	7842

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7398
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.928	10074
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.821	4385
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	1043
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1340

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7846-1.8261	0.3284	128	0.2796	11231	X-RAY DIFFRACTION	91
1.8261-1.8718	0.3119	141	0.2515	12227	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8718-1.9224	0.2497	142	0.2289	12325	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9224-1.979	0.2507	139	0.2018	12302	X-RAY DIFFRACTION	100
1.979-2.0428	0.2339	142	0.186	12316	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0428-2.1158	0.1997	142	0.1716	12303	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1158-2.2006	0.1998	139	0.168	12247	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2006-2.3007	0.1928	141	0.1581	12339	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3007-2.422	0.2538	140	0.1543	12231	X-RAY DIFFRACTION	100
2.422-2.5737	0.1738	140	0.1498	12255	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5737-2.7724	0.1528	143	0.1432	12367	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7724-3.0514	0.1678	142	0.1401	12286	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0514-3.4928	0.1625	142	0.1311	12316	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4928-4.4001	0.1363	141	0.1147	12270	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4001-47.3921	0.1436	140	0.1321	12285	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3297	0.2974	-0.0194	0.3292	0.457	0.4096	0.037	-0.1388	0.0524	0.0684	-0.0551	0.1556	-0.0477	-0.2748	0.0002	0.2323	0.0132	-0.0003	0.258	-0.0657	0.2197	-15.3733	-17.6698	4.4419
2	0.2395	0.0358	0.0483	0.717	0.2939	0.439	-0.0103	0.0228	0.0419	-0.1196	-0.0316	0.0389	-0.1026	-0.0448	-0.0005	0.2097	-0.0229	-0.0386	0.1535	-0.012	0.1586	-7.8328	-23.3466	-16.2246
3	0.2351	0.0906	-0.0534	1.029	0.243	0.7273	-0.0213	0.0402	0.0639	-0.1214	-0.055	0.1745	-0.1389	-0.1688	0	0.1841	0.0063	-0.0599	0.2065	-0.0281	0.1949	-17.0247	-22.9172	-16.4685
4	0.1795	0.1614	0.004	0.7755	0.1811	0.6795	0.0234	-0.0513	0.0313	0.0487	-0.0653	0.0685	-0.0292	-0.0845	0	0.1803	-0.012	-0.036	0.1622	-0.0326	0.1502	-10.2039	-22.5408	-3.7131
5	0.1244	0.1822	0.2053	0.1938	0.217	0.2435	-0.0184	0.0205	0.1699	-0.0694	-0.052	0.0322	-0.3505	-0.0697	0	0.3182	0.022	-0.0526	0.1491	-0.0363	0.2114	-9.8776	-3.48	-7.1379
6	0.1716	0.1216	0.0464	0.1561	0.1427	0.0859	-0.094	-0.1171	-0.0133	-0.0272	-0.0662	-0.0163	-0.1159	0.1614	-0.0001	0.2189	-0.0178	-0.0237	0.1982	-0.0022	0.1933	1.892	-16.0545	5.1718
7	-0.2726	0.2612	-0.1176	0.0773	0.385	0.3613	-0.0277	-0.121	-0.0082	0.1791	0.1139	-0.0622	0.1251	0.1258	0.0217	0.1918	-0.0537	-0.0516	0.214	-0.0345	0.2151	3.7889	-25.6959	3.4743
8	-0.0343	0.1849	-0.1511	0.79	-0.0877	0.6565	0.0187	0.1183	-0.0888	0.0744	0.1162	-0.2565	0.3414	0.1549	0.0178	0.2667	0.0378	-0.04	0.202	-0.091	0.3093	8.6978	-56.4463	-19.7554
9	0.2417	-0.1078	-0.1026	0.2028	0.3029	0.2401	0.0608	-0.0226	-0.039	0.15	-0.0502	0.0417	0.1789	-0.1069	0.0227	0.2754	-0.0847	-0.031	0.1365	0.0019	0.1751	-15.1296	-54.4605	-9.0531
10	0.2181	0.0097	0.1086	0.4984	0.3131	0.6974	-0.0211	0.0784	-0.0284	-0.1428	0.1079	-0.1998	-0.0875	0.0777	0.0001	0.2139	-0.0443	0.0035	0.1982	-0.0355	0.2188	7.539	-35.4125	-25.0049
11	0.3606	0.1128	-0.0108	0.963	0.4877	0.3486	0.0083	0.099	-0.0816	-0.127	0.0846	-0.1462	0.0556	0.0722	0.0008	0.2213	-0.0392	-0.004	0.1975	-0.0248	0.1974	2.7626	-45.6249	-27.4324
12	0.1904	0.2019	0.1546	0.8719	0.2282	0.6817	0.0571	0.0358	-0.1007	0.0873	0.0691	-0.2331	0.165	0.1332	0.0167	0.2194	0.0276	-0.0742	0.1484	-0.046	0.2586	8.922	-51.3887	-15.1859
13	0.0423	0.0067	0.1386	0.1788	0.2047	0.4406	0.0916	-0.0584	-0.0591	0.2663	0.0005	-0.1418	0.1362	0.0411	0.0009	0.2822	-0.0129	-0.095	0.1828	0.0099	0.2433	4.4826	-43.5227	-1.4264

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 35 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 36 through 176 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 177 through 235 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 236 through 338 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 339 through 379 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 380 through 404 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 405 through 462 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 7 through 52 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 53 through 98 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 99 through 176 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 177 through 235 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 236 through 379 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 380 through 461 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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