PDB-5m90: PCE reductive dehalogenase from S. multivorans in complex with 3,...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5m90

タイトル

PCE reductive dehalogenase from S. multivorans in complex with 3,4,5-trifluorophenol

要素

Tetrachloroethene reductive dehalogenase catalytic subunit PceA

キーワード

OXIDOREDUCTASE / organohalide respiration anaerobic crystallisation cobalamin

機能・相同性

機能・相同性情報

4 iron, 4 sulfur cluster binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfurospirillum multivorans DSM 12446 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.599 Å

データ登録者

Kunze, C. / Bommer, M. / Hagen, W.R. / Uksa, M. / Dobbek, H. / Schubert, T. / Diekert, G.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Cobamide-mediated enzymatic reductive dehalogenation via long-range electron transfer.
著者: Kunze, C. / Bommer, M. / Hagen, W.R. / Uksa, M. / Dobbek, H. / Schubert, T. / Diekert, G.

履歴

登録	2016年10月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5m90.cif.gz	375.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5m90.ent.gz	304.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5m90.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5m90_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5m90_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	5m90_validation.xml.gz	41.5 KB	表示
CIF形式データ	5m90_validation.cif.gz	62.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/5m90 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/5m90	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5m2gC 5m8uC 5m8wC 5m8xC 5m8yC 5m8zC 5m91C 5m92C 5ma0C 5ma1C 5ma2C 5maaC 4uquS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ma0-d 5m8z-d 5m8w-d 5m8y-d 5obi-d 5m2g-d 5m8u-d 5obp-d 5ma2-d 4ur2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (12) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (6) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (4) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (4) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (4) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (4) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (4) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (4)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (12)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (6)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (4)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (4)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (4)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (4)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (4)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (4)

登録構造単位

A: Tetrachloroethene reductive dehalogenase catalytic subunit PceA

B: Tetrachloroethene reductive dehalogenase catalytic subunit PceA

ヘテロ分子

110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.631, 73.631, 185.137
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Tetrachloroethene reductive dehalogenase catalytic subunit PceA 分子量: 52164.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Sulfurospirillum multivorans DSM 12446 (バクテリア) Plasmid details: DSM-12446 / 参照: UniProt: W6EQP0

-
非ポリマー , 6種, 810分子

#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#3: 化合物	ChemComp-BVQ / NORPSEUDO-B12 分子量: 1305.267 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₇H₈₂CoN₁₆O₁₄P
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン分子量: 120.152 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈N₂
#6: 化合物	ChemComp-JIF / 3,4,5-tris(fluoranyl)phenol / 3,4,5-トリフルオロフェノ-ル分子量: 148.083 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₃F₃O
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 793 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 15 percent PEG 3350, 200 mM sodium malonate, 2 percent benzamidineHCl, and 50 mM TrisHCl, pH 7.5 under an atmosphere of 95 percent N2, 5 percent H2 and less than 10 ppm oxygen

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月17日
放射	モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.599→47.3 Å / Num. obs: 129218 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 19.54 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.0483 / Net I/σ(I): 24.94
反射シェル	解像度: 1.599→1.656 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.6321 / Mean I/σ(I) obs: 2.84 / CC_1/2: 0.834 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS	November 3, 2014	データ削減
XDS	November 3, 2014	データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4UQU

4uqu

解像度: 1.599→47.297 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.04 / 位相誤差: 15.89

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1667	6460	5.01 %	Random selection
R_work	0.1428	-	-	-
obs	0.144	129216	99.56 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.599→47.297 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6758	0	296	793	7847

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7343
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.977	10007
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.463	4372
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1038
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1356

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5991-1.6172	0.2916	411	0.2559	7802	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6172-1.6363	0.2684	432	0.2408	8143	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6363-1.6562	0.2477	425	0.2256	8028	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6562-1.6772	0.2514	433	0.2208	8228	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6772-1.6993	0.2133	424	0.2105	8068	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6993-1.7225	0.2221	427	0.1968	8106	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7225-1.7471	0.2055	425	0.1913	8083	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7471-1.7732	0.2147	426	0.1773	8081	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7732-1.8009	0.2021	432	0.1756	8197	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8009-1.8305	0.1984	430	0.1696	8133	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8305-1.862	0.1996	430	0.1622	8165	X-RAY DIFFRACTION	100
1.862-1.8959	0.1814	427	0.1586	8092	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8959-1.9324	0.1873	431	0.1557	8122	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9324-1.9718	0.1717	427	0.1508	8086	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9718-2.0147	0.182	422	0.146	8020	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0147-2.0615	0.176	433	0.1409	8222	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0615-2.1131	0.1558	426	0.137	8081	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1131-2.1702	0.1572	430	0.1337	8178	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1702-2.2341	0.1612	429	0.1346	8101	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2341-2.3062	0.1686	425	0.1337	8082	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3062-2.3886	0.1725	426	0.1351	8091	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3886-2.4843	0.1605	426	0.1399	8117	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4843-2.5973	0.1685	430	0.1367	8109	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5973-2.7342	0.1532	433	0.1364	8146	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7342-2.9055	0.1597	423	0.1325	8049	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9055-3.1298	0.1604	431	0.1355	8138	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1298-3.4447	0.1574	427	0.1303	8134	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4447-3.9429	0.1482	424	0.1249	8063	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9429-4.9668	0.1386	434	0.1205	8149	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9668-47.3176	0.152	422	0.1433	8042	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2926	0.0906	0.213	0.3163	0.2784	0.2315	-0.03	-0.0927	0.1268	-0.0394	-0.0338	0.091	-0.1427	-0.1801	-0	0.2017	0.0309	-0.0348	0.1853	-0.0275	0.2048	-13.2278	-12.5682	-6.479
2	0.1201	-0.0638	-0.0448	0.1037	0.0642	0.1638	-0.0798	0.0912	0.0027	-0.2212	0.0918	-0.119	-0.1841	0.0986	0.0067	0.2627	-0.0757	0.0084	0.167	-0.0197	0.1852	8.0517	-13.9817	-21.9938
3	0.0611	0.0131	0.0448	0.3404	0.3435	0.3034	-0.0002	-0.0152	0.0167	-0.0328	-0.0501	0.089	0.0286	-0.122	-0	0.1618	-0.0234	-0.0337	0.1834	-0.0238	0.1711	-17.3227	-33.0208	-11.0617
4	0.1119	-0.1739	-0.0985	0.5332	0.1749	0.2576	-0.0131	0.0082	-0.0047	-0.1203	-0.0304	0.0866	-0.1182	-0.094	-0.0001	0.1602	-0.0047	-0.0605	0.1803	-0.0173	0.1542	-16.3644	-22.9479	-16.0932
5	0.1417	0.0415	0.0165	0.4027	0.0347	0.4375	0.0032	-0.0614	0.0227	-0.0076	-0.0231	0.0312	-0.0572	-0.0799	0	0.1481	-0.0042	-0.0313	0.1499	-0.03	0.1424	-9.9528	-22.6456	-3.6756
6	0.0595	0.0587	0.0887	0.0456	0.0795	0.0964	0.0051	-0.0125	0.1662	-0.0992	-0.0304	0.0655	-0.3273	-0.0783	-0.0003	0.2923	0.0319	-0.0457	0.1552	-0.0431	0.21	-9.6545	-3.6439	-7.1992
7	0.0428	0.054	0.0231	0.0396	0.013	0.0695	-0.0667	-0.123	0.0425	-0.0446	-0.0033	-0.0126	-0.043	0.1675	0.0009	0.1979	0.0029	-0.0206	0.1957	-0.0205	0.1601	2.1316	-15.98	5.1698
8	-0.0247	0.0501	-0.0011	0.1228	0.1665	0.1404	-0.0001	-0.1476	-0.0019	0.1565	0.0776	-0.073	0.0706	0.1454	0.0205	0.1974	-0.0475	-0.0374	0.2269	-0.0481	0.2003	4.0364	-25.8088	3.4541
9	0.0341	0.0771	-0.0614	0.3879	-0.0648	0.5574	-0.0015	-0.0157	-0.0335	0.0239	0.1185	-0.1492	0.4006	0.0519	0.0862	0.2848	0.0175	-0.0483	0.1765	-0.0732	0.2512	0.9866	-57.7907	-19.0447
10	0.1627	0.0351	0.0126	0.3406	0.3102	0.1881	0.015	0.0236	-0.052	-0.0015	0.0167	-0.0375	0.1547	-0.0816	0.0036	0.2018	-0.0437	-0.0382	0.1355	-0.0105	0.1448	-8.6664	-46.5439	-15.5127
11	0.0741	-0.0349	-0.0125	0.1118	0.1064	0.1228	0.0082	0.0403	-0.0128	-0.1119	0.103	-0.117	-0.1195	0.0701	0.0103	0.2061	-0.048	0.0162	0.1848	-0.0501	0.2089	11.4214	-25.2654	-23.3539
12	0.1211	0.066	0.0477	0.3852	-0.0307	0.2428	-0.0191	0.0835	-0.0427	-0.1501	0.1332	-0.1803	0.0814	0.056	0.1818	0.2308	-0.0328	0.0148	0.2	-0.0687	0.2021	6.1657	-45.0579	-30.8049
13	0.1407	0.0682	0.0222	0.1818	0.1535	0.0935	0.0278	-0.0033	-0.0351	0.0287	0.0429	-0.0845	0.1133	0.061	0.0004	0.1987	-0.0107	-0.0404	0.1364	-0.0262	0.1673	0.4166	-41.882	-12.2564
14	0.1884	0.1742	0.0738	0.3061	0.2532	0.2229	0.0458	0.0412	-0.0946	-0.0137	0.1248	-0.2471	0.176	0.1779	0.0568	0.2084	0.0472	-0.0665	0.1668	-0.0586	0.2783	13.6904	-48.7214	-14.2386
15	0.1556	-0.0387	0.0566	0.092	-0.0371	0.7029	0.1358	-0.0272	-0.3895	0.132	0.1247	-0.1848	0.76	-0.2568	0.3274	0.4186	0.1412	-0.1472	-0.0572	-0.1263	0.3588	6.5695	-64.8909	-16.0408
16	0.1432	0.0011	0.1516	0.163	0.1785	0.2528	0.1017	-0.0804	-0.04	0.2204	0.0163	-0.123	0.1743	0.0815	0.0325	0.2442	-0.0041	-0.0792	0.1684	-0.0088	0.198	4.7552	-43.6087	-1.5162

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 52 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 53 through 98 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 99 through 176 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 177 through 235 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 236 through 338 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 339 through 379 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 380 through 404 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 405 through 462 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 10 through 69 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 70 through 119 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 120 through 153 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 154 through 224 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 225 through 262 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 263 through 338 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 339 through 379 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 380 through 461 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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