PDB-5m8u: PCE reductive dehalogenase from S. multivorans in complex with 4-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5m8u

タイトル

PCE reductive dehalogenase from S. multivorans in complex with 4-bromophenol

要素

Tetrachloroethene reductive dehalogenase catalytically active subunit

キーワード

OXIDOREDUCTASE / organohalide respiration anaerobic crystallisation cobalamin

機能・相同性

機能・相同性情報

tetrachloroethene reductive dehalogenase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfurospirillum multivorans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Kunze, C. / Bommer, M. / Hagen, W.R. / Uksa, M. / Dobbek, H. / Schubert, T. / Diekert, G.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Cobamide-mediated enzymatic reductive dehalogenation via long-range electron transfer.
著者: Kunze, C. / Bommer, M. / Hagen, W.R. / Uksa, M. / Dobbek, H. / Schubert, T. / Diekert, G.

履歴

登録	2016年10月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5m8u.cif.gz	379.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5m8u.ent.gz	307.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5m8u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5m8u_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5m8u_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	5m8u_validation.xml.gz	41.7 KB	表示
CIF形式データ	5m8u_validation.cif.gz	62.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/5m8u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/5m8u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5m2gC 5m8wC 5m8xC 5m8yC 5m8zC 5m90C 5m91C 5m92C 5ma0C 5ma1C 5ma2C 5maaC 4uquS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ma2-d 5obi-d 5m91-d 5m8w-d 5m8z-d 5m2g-d 5m8x-d 5obp-d 5m90-d 4uqu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (15) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (6) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (4) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (4) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (4) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (4) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (4) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (4)

PDBのページ

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (15)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (6)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (4)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (4)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (4)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (4)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (4)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (4)

登録構造単位

A: Tetrachloroethene reductive dehalogenase catalytically active subunit

B: Tetrachloroethene reductive dehalogenase catalytically active subunit

ヘテロ分子

110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.547, 73.547, 184.517
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Tetrachloroethene reductive dehalogenase catalytically active subunit 分子量: 52164.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Sulfurospirillum multivorans (バクテリア) Plasmid details: DSM-12446 / 参照: UniProt: O68252

-
非ポリマー , 6種, 801分子

#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#3: 化合物	ChemComp-BVQ / NORPSEUDO-B12 分子量: 1305.267 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₇H₈₂CoN₁₆O₁₄P
#4: 化合物	ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈N₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-BML / 4-BROMOPHENOL / 4-ブロモフェノ-ル分子量: 173.007 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅BrO
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 782 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 15 percent PEG 3350, 200 mM sodium malonate, 2 percent benzamidineHCl, and 50 mM TrisHCl, pH 7.5 under an atmosphere of 95 percent N2, 5 percent H2 and less than 10 ppm oxygen

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月3日
放射	モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→36.774 Å / Num. obs: 76785 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.7 % / B_iso Wilson estimate: 23.57 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.09902 / Net I/σ(I): 19.91
反射シェル	解像度: 1.9→1.968 Å / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.953 / Mean I/σ(I) obs: 2.31 / CC_1/2: 0.691 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS	November 3, 2014	データ削減
XDS	November 3, 2014	データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4UQU

4uqu

解像度: 1.9→36.774 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.07 / 位相誤差: 17.39

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1724	3838	4.99 %	Random selection
R_work	0.1464	-	-	-
obs	0.1477	76762	99.86 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→36.774 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6795	0	299	783	7877

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7390
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.911	10061
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.312	4413
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	1044
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1366

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9001-1.9217	0.2877	251	0.2645	4845	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9217-1.9443	0.2818	257	0.2606	4873	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9443-1.968	0.299	251	0.2527	4770	X-RAY DIFFRACTION	100
1.968-1.9929	0.2684	255	0.2422	4865	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9929-2.0191	0.2677	251	0.2515	4790	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0191-2.0468	0.2703	255	0.2268	4848	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0468-2.076	0.2609	254	0.2139	4838	X-RAY DIFFRACTION	100
2.076-2.107	0.2379	256	0.2059	4801	X-RAY DIFFRACTION	100
2.107-2.1399	0.2429	252	0.1917	4795	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1399-2.175	0.2285	253	0.1898	4817	X-RAY DIFFRACTION	100
2.175-2.2125	0.2251	257	0.1758	4843	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2125-2.2527	0.2055	254	0.1705	4796	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2527-2.2961	0.2119	252	0.1618	4817	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2961-2.3429	0.2074	254	0.1549	4772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3429-2.3939	0.1954	256	0.1548	4851	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3939-2.4495	0.2148	254	0.1561	4876	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4495-2.5108	0.1768	249	0.1412	4751	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5108-2.5786	0.1778	256	0.1419	4841	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5786-2.6545	0.1816	251	0.1387	4838	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6545-2.7402	0.182	253	0.1375	4837	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7402-2.8381	0.1615	254	0.1356	4834	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8381-2.9516	0.1784	250	0.1339	4781	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9516-3.0859	0.1523	253	0.1321	4815	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0859-3.2485	0.1663	256	0.1229	4833	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2485-3.4519	0.1456	252	0.1215	4818	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4519-3.7182	0.108	255	0.113	4831	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7182-4.0919	0.1306	255	0.1068	4835	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0919-4.683	0.1322	253	0.1072	4802	X-RAY DIFFRACTION	100
4.683-5.8962	0.1207	256	0.1251	4834	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8962-36.7804	0.1453	245	0.1447	4744	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.23	0.2203	0.0345	0.261	0.2243	0.1697	0.0676	-0.1431	0.0067	-0.0526	-0.0252	0.1362	0.1011	-0.308	0.0005	0.2116	0.0213	-0.0183	0.2383	-0.0648	0.2089	-15.3032	-17.48	4.1942
2	0.0754	0.1369	0.1481	0.6761	0.4623	0.5601	-0.0122	0.0295	-0.0052	-0.1344	-0.0348	0.0286	-0.1217	-0.0645	-0.009	0.1671	-0.0086	-0.0358	0.1162	-0.0089	0.1253	-7.7458	-23.3344	-16.2069
3	0.1074	-0.1337	-0.0482	0.7291	0.2164	0.3447	0.0142	0.0177	-0.0107	-0.1239	-0.1101	0.1153	-0.155	-0.1192	-0.0067	0.1664	0.0039	-0.0677	0.2055	-0.0417	0.18	-16.3808	-22.7562	-16.2239
4	0.1522	-0.1056	-0.0134	0.3809	0.0305	0.4739	0.0233	-0.0423	0.0193	0.0181	-0.0569	0.0259	-0.0632	-0.0854	-0	0.1519	-0.0188	-0.0304	0.1326	-0.0335	0.1266	-10.1458	-22.5094	-3.7528
5	0.0299	0.0354	0.0392	0.1262	0.0678	0.0991	0.0524	0.0614	0.1438	-0.0796	-0.0981	0.0533	-0.4236	-0.1239	-0.0051	0.3291	0.0343	-0.0468	0.1543	-0.042	0.2138	-9.7862	-3.5581	-7.2025
6	0.15	-0.0128	0.0188	0.0895	0.0521	0.0333	-0.1386	-0.0891	0.0138	-0.0779	-0.0477	-0.0453	-0.0586	0.1627	-0.0003	0.2103	-0.0231	-0.0266	0.1738	-0.0028	0.1855	1.9214	-16.0711	5.104
7	-0.0821	0.0981	0.0183	0.0567	0.1556	0.1177	-0.0548	-0.0567	-0.0007	0.1226	0.1221	-0.0588	0.0847	0.0774	0.0275	0.2074	-0.0688	-0.0341	0.2175	-0.024	0.207	3.7806	-25.6874	3.4263
8	0.0101	0.0351	-0.0179	0.151	-0.1802	0.1807	0.0883	0.0717	-0.2585	-0.1264	0.1719	-0.4363	0.2526	0.3316	0.0249	0.1235	0.0793	-0.0457	0.3036	-0.1576	0.4241	19.4619	-52.4478	-18.5524
9	0.142	0.2189	0.0348	0.443	0.4334	0.3376	0.0611	0.0286	-0.029	0.0513	-0.0197	-0.0057	0.22	-0.0698	0.0012	0.244	-0.0681	-0.047	0.1353	-0.0051	0.1598	-10.4742	-52.7296	-16.6062
10	0.0178	-0.0058	0.0096	0.0693	-0.0295	0.2439	-0.0172	0.0988	-0.0754	-0.1055	0.1346	-0.1112	-0.2147	0.1202	0.0489	0.2324	-0.0817	0.0106	0.1743	-0.0432	0.1837	11.0408	-25.3374	-23.3911
11	0.2176	-0.0121	0.0663	0.604	0.0385	0.1492	-0.0023	0.0561	-0.0311	-0.1681	0.0856	-0.1447	0.0115	0.0148	0.0049	0.2097	-0.0436	0.0139	0.1915	-0.0578	0.1792	6.3489	-44.7432	-30.583
12	0.1121	0.049	-0.0023	0.1704	0.1407	0.0949	0.0196	-0.0319	-0.0436	0.0176	0.0298	-0.1137	0.1159	0.0318	-0	0.1949	-0.0338	-0.0398	0.1213	-0.0257	0.159	0.2715	-41.7402	-12.2246
13	0.3898	0.2103	0.193	0.6859	0.4646	0.8632	0.0959	0.0133	-0.1227	0.1919	0.0872	-0.2191	0.2378	0.1297	0.0199	0.2186	0.034	-0.1055	0.1151	-0.0225	0.2461	9.0724	-51.4389	-10.9816

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 35 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 36 through 176 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 177 through 235 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 236 through 338 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 339 through 379 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 380 through 404 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 405 through 462 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 8 through 35 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 36 through 118 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 119 through 153 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 154 through 224 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 225 through 262 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 263 through 461 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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